Perl处理Fasta序列的又一实例
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篇首语:本文由小常识网(cha138.com)小编为大家整理,主要介绍了Perl处理Fasta序列的又一实例相关的知识,希望对你有一定的参考价值。
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今天再来分享一小段Perl脚本,其实是比较简单的。主要是用来处理Fasta格式的序列。把一个fasta文件按两条序列一组分成若干个fasta文件。
如果不懂fasta文件,可以再看一下解释:
或是查看: Fasta格式的详细说明
其中标识符就是大于号’>’。按两个为一组分成若干个文件。大意上是这样。
分割FASTA
注:in_fasta是指要处理的fasta文件。
out_file是指输出的文件。
(如命名为out, 则生成的文件名为out_1, out_2, out_3等)
主要是利用循环嘛,第一步是按大于号’>’来统计个数。再用$j来循环输出文件名。
执行命令 perl kk.pl aa.fasta out
”
以上是关于Perl处理Fasta序列的又一实例的主要内容,如果未能解决你的问题,请参考以下文章