Perl处理Fasta序列的又一实例

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篇首语:本文由小常识网(cha138.com)小编为大家整理,主要介绍了Perl处理Fasta序列的又一实例相关的知识,希望对你有一定的参考价值。

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PERL小程序

       今天再来分享一小段Perl脚本,其实是比较简单的。主要是用来处理Fasta格式的序列。把一个fasta文件按两条序列一组分成若干个fasta文件。

如果不懂fasta文件,可以再看一下解释:
或是查看: Fasta格式的详细说明

Perl处理Fasta序列的又一实例

其中标识符就是大于号’>’。按两个为一组分成若干个文件。大意上是这样。

分割FASTA

Perl处理Fasta序列的又一实例

注:in_fasta是指要处理的fasta文件。

           out_file是指输出的文件。

        (如命名为out, 则生成的文件名为out_1, out_2, out_3等)

       主要是利用循环嘛,第一步是按大于号’>’来统计个数。再用$j来循环输出文件名。

执行命令  perl kk.pl aa.fasta out



以上是关于Perl处理Fasta序列的又一实例的主要内容,如果未能解决你的问题,请参考以下文章

新手求助:用perl处理fasta文件

Perl去重fasta序列

perl脚本:读取fasta序列

perl 多fasta文件匹配,并提取匹配文件第一条序列

perl实战-fasta多序列文件GC含量的计算

如何从大fasta文件中找出自己想要的序列