第一条perl单行命令---获取blastdb所有数据库的下载地址

Posted 2021-04-17 潇湘蘑菇

 

进入blastdb数据库的ftp下载页面（ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/），页面信息如下：

 

 

 

按F12进入开发模式，获取页面源代码。页面源码截图如下：

 

首先，将源码文本全部拷贝下来粘贴到txt文本文档中，并将其命名为“ncbi_ftpsource.txt”。

然后在Ubuntu的bash shell命令行界面下将工作目录切换到“ncbi_ftpsource.txt”文件所在目录。通过perl单行命令，利用正则表达式匹配，对目标字段进行匹配与替换，并输出到文件。整个代码如下：

perl -ne 'print "$2\t\tftp:\/\/ftp\.ncbi\.nlm\.nih\.gov$1\n"if /.*?(\/blast\/db.+?tar\.gz)">(.+?tar\.gz)<.*/'./ncbi_ftpsource.txt >ncbi_ftpdownsites.txt

#简单介绍一下这行代码:”perl”表示调用perl语言程序，-n参数表示逐行从标准输入（键盘）或者文件读取内容；-e表示其后是可执行的脚本；print表示输出；"$2\t\tftp:\/\/ftp\.ncbi\.nlm\.nih\.gov$1\n"，其中$2与$1分别为if后面正则表达式中第二个和第一个括号中匹配到的内容；./ncbi_ftpsource.txt为输入文件；>为重定向写入文件，即将程序的运行结果写入到其后的ncbi_ftpdownsites.txt（创建新文件或者覆盖原有文件）中。输出文件布局如下：

 

那么，获得的下载列表该怎样批量下载呢？请移步我之前介绍的一种通过wget批量下载的方法：。

 

其实，这条代码很简单，但是我捉摸了很久才写得自己十分满意，算是自己的第一条perl单行命令（还没学会走就想跑了）。Perl单行命令的优势在于不用保存脚本文件，直接在命令行界面运行程序，且格式简洁，特别是不必写出完整的循环、条件判断语句等，而正则表达式语法在单行命令中显得尤为重要。感兴趣的可以尝试一下。

 

最后还是那句，吾尝终日而思矣，不如须臾之所学也！