Perl高级应用教程

Posted 2021-04-17 组学生物

Perl在生物信息分析领域，主要是做数据预处理、文本处理和格式转换、对算法效率要求不高的分析流程开发，系统管理和pipeline搭建等工作，学会perl一定会提高你数据分析的效率和能力，达到事半功倍的效果。课程主要内容如下：

正则表达式

正则表达式的使用，避开晦涩难懂的表达式符号，从实际应用出发理解表达式的应用，并且在Windows可视化的环境下操作，没有编程基础也可以学会，学会了正则表达式不用编程也能处理文本文件。例如，可以将以下文件在几分钟之内相互转换（fasta转换为表格方便查看，表格转换为fasta方便数据处理），只需正则表达式就可以完成，无需编程，完成之后您一定会爱上正则表达式强大的功能。

Perl引用用法

Perl引用的用法，解决复杂数据的读入与存储的问题，实现数据的抽象化。数组中可以放数组，甚至哈希；哈希中可以放数组或者放哈希自身，实现自由存储数据，再也不会被perl中标量，数组，哈希常规存储方式所约束，激发你无限的想象力；

Bioperl使用

学会bioperl，理解bioperl使用原理，轻松处理fasta序列文件，包括序列的截取，反向互补，蛋白质翻译等等操作，菜鸟秒变大咖。

流程搭建

Perl作为胶水语言，最适合搭建生物信息分析流程，以植物SSR数据库文章（PMDBase发表在NAR上 IF在10分左右）中的方法为例，搭建全基因组SSR序列的查找及引物设计自动化分析流程，让数据分析可以在喝个茶或者看个电影的功夫就能轻松搞定。

精心准备的perl语言高级教程，讲了那么长时间，口渴了，现在只求一瓶饮料解解渴。

视频教程观看方式：

电脑上打开网易云课堂（网址 http://study.163.com/）。搜索“组学生物”，即可找到相关视频。

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