Perl在Linux系统下，快速拼接多个文件

Posted 2021-04-17 presentlife

在下载了人类参考基因组数据（22条常染色体、X、Y一共3G）之后，其实我是知道可以用cat命令的，类似:

$ cat chr1.fa >> hg19.fa;

连续进行24次追加之后就OK了，但是还是想写个循环简化一下。shell的语法还没学过，所以就用perl来写了。

随便写了三个文件file1、file2、file3，类容依次是1、2、3，测试下面的代码：

是对的，进行下一步。

#! /root/miniconda3/bin/perl

$filename = "hg19.fa";

$n = 1;

my $file_fh;

my $out_fh;

open $out_fh, '>', $filename;

for ($n ; $n <= 22; $n++) {

$s = "chr".$n.".fa";

open $file_fh, '<', $s;

while (<$file_fh>) {

print $out_fh $_;

  }

}

程序运行得很快，近3G的数据一分多钟就跑完了。

第一次惊叹于Linux下的速度。