固定原子坐标perl小脚本xsd2pos

Posted 2021-04-17 学术之友

xsd2pos_v2.pl脚本功能介绍：

• xsd2pos.pl V 1.0, Author: Professor Yan Zhao at WHUT, [e-mail]

• xsd2pos.pl V 1.1, 11/14/2018 a bug fix to the order of the elements.

• v2.0, 3/21/2019 freezing the individual x, y, z components of an atom is enabled. In order to do so, do not check "Fix fractional position". 

• This is perl script for converting the Materials Studio xsd file to the POSCAR file for VASP. 

• xsd2pos.pl can read the constraints information from the xsd file, and write the constraints to the POSCAR file.

• Usage: Change the $filename variable to your xsd file, and it will generate a POSCAR.txt file in the VASP input format. You may copy and paste the text in POSCAR.txt to your POSCAR file.

  
  

  
  

使用方法：

1、打开Materials Studio (MS)软件，将准备好的cif文件和xsd2pos_v2.pl脚本拖入到MS工作区

2、将xsd2pos_v2.pl脚本中$filename值改为cif文件名(cif文件拖入MS软件后是xsd后缀)

3、选择需要固定的原子(黄色部分)，然后点击菜单栏Modify，选择下拉菜单Constraints，然后在弹出的对话框选择需要固定的原子坐标，最新版可以选择性固定x, y, z (即可以固定一个，二个或者全部固定)

4、点击工具栏倒三角形图标运行xsd2pos_v2.pl脚本

5、运行成功后会生成POSCAR.txt，大家可以检查下结果，如果没有问题可以上传到服务器进行VASP计算

脚本作者介绍：

赵焱，武汉大学，工业科学研究院教授、博导、PI，国家第十三批“千人计划”特聘专家和湖北省第七批“百人计划”专家。主要从事计算化学、材料模拟和3D打印的研究工作，赵焱是美国惠普公司3D打印技术的主创人员之一，获美国和国际专利25项，在其研究领域的国际权威刊物上发表高水平研究论文73篇, SCI引用超过32000余次, 其中一篇论文单篇引用超过10000次，H因子为51，10年来的高被引文章(Highly Cited Papers)为9篇，2014-2017连续4年都被美国汤森路透集团和科睿唯安公司列入全球高被引科学家名单。

赵老师个人主页：(感兴趣可以报考博士生)

http://technology.whu.edu.cn/view/449.html

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