Perl 版Circos -绘图篇-scatter plot绘图

Posted 2021-04-17 作图丫

正如之前介绍的一样，plot绘图包括scatter, line, histogram, heatmap等绘图模式。今天小编从scatter散点图开始介绍plot的绘图内容。

首先大家来看看具体block图：

从图中可以很明显的看到这个”<plots> </plots>”来定义 block，这与其他的绘图block定义是相似的，只不过是换关键词而已，并且plot中通过“type”可以定义绘图模式。在这个block中会有一个或多个<plot> </plot>”来声明每个plot的模式类型（type）、位置（r0,r1）、填充颜色(color)的信息。

（1） show是plot是否绘制的设置。

（2） type是绘制类型的选择，包括scatter, line, histogram, heatmap等。

（3） file是展示的位置区段文件，第四列可以是SNP、Indel、GC含量以及比对read数量或密度，格式如图:

（4）r1代表环形外圈的值。

（5）r0代表环形内圈的值。

（6）max代表绘制散点的最大值，超过最大值将不会绘制出来。

（7）min代表绘制散点的最小值，同样的低于最小值也不会绘制出来。

（8）glyph代表绘制点的类型，包括 circle,rectangle 和 triangle三种。

（9）glyph_size代表绘制点的大小。

（10）color代表图形内部区域填充的颜色。

（11）stroke_color代表图形边框的颜色。

（12）stroke_thickness代表图形边框的粗细。

此外，在plot block中还可以插入不同的backgroud，axis和rule等block来控制背景、坐标轴和显示图形的规则。

三个block具体如下图：

backgrounds 定义环形区域的背景色，每个区域是由y0和y1来定义。由于scatter中可以设置min和max,因此背景色的区域划分需要根据min，max，y0和y1这四个值得大小来进行划分。具体解释如下：

<backgrounds><background>#最外圈背景区域，没有定义y1,因此y1为max或数据最大值，颜色为vvlgreencolor = vvlgreen y0 = 0.006</background><background>#次外圈背景区域，定义了y0和y1,区域为0.002~0.006,颜色为vlgreycolor = vlgreyy1 = 0.006y0 = 0.002 </background><background>#最内的背景区域，没有定义y0,因此y0为min或数据最小值，区域为min~0.002，颜色为vvlredcolor = vvlred y1        = 0.002  </background></backgrounds>

axis 定义了Y轴的刻度，同背景一样，有y0和y1来定义区域，spacing来定义刻度间隔。color定义颜色,thickness来定义刻度粗细。如下代码所示：

<axes><axis>color = lgreenthickness = 1spacing = 0.05ry0 = 0.006</axis><axis>color = dgreenthickness = 2spacing = 0.1ry0 = 0.006</axis><axis>color = lgreythickness = 1spacing = 0.05ry1 = 0.006y0 = 0.002</axis><axis>color = dgreythickness = 2spacing = 0.1ry1 = 0.006y0 = 0.002</axis><axis>color = lredthickness = 1spacing = 0.05ry1 = 0.002</axis><axis>color = dredthickness = 2spacing = 0.1ry1 = 0.002</axis></axes>

上述代码定义了三个区域：

最外圈0.006~max或数据最大值，定义了两种刻度线，一种是0.1r,颜色为dgreen,粗细为2；另一种为0.05r,颜色为lgreen,粗细为1。

次外圈为0.002~0.006，定义了两种刻度，一种是0.1r,颜色为dgrey,粗细为2；另一种为0.05r,颜色为lgrey,粗细为1。

最内圈数据最小值或min~0.002，定义了两种刻度，一种是0.1r,颜色为dred,粗细为2；另一种为0.05r,颜色为lred,粗细为1。

rule代表规则模块，同其他模块一样也是由多个rule构成；在每个rule中，conditioon设置规则，满足规则的往下继续执行。如下代码所示：

<rules><rule>condition = var(value) > 0.006stroke_color = dgreenfill_color = greenglyph = rectangleglyph_size = 8</rule><rule>condition = var(value) < 0.002stroke_color = dredfill_color = redglyph = triangle</rule></rules>

整体来看设置了两个rule block，分别是var(value) > 0.006和var(value) < 0.002，满足规则的分别进行stroke_color，fill_color，glyph等设置。

最终展现的scatter图如下：

今天的scatter 图绘制是不是也挺简单的呢？在了解了circos绘图的思想后这些block的理解还是挺容易的，不过还是需要调整设置练习一下最好，那样会记忆更加深刻。