学习一点perl单行命令知识

Posted 2021-04-17 生信星球

 今天是生信星球陪你的第566天

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   大神一句话，菜鸟跑半年。我不是大神，但我可以缩短你走弯路的半年~

   就像歌儿唱的那样，如果你不知道该往哪儿走，就留在这学点生信好不好~

   这里有豆豆和花花的学习历程，从新手到进阶，生信路上有你有我！

豆豆写于2020.3.13
啊，这两天收拾新家，真是累并快乐着！每天都要拿几十个快递~_~
从地基到封顶，从精装到收楼，每次都在期盼。不过这一天终于来了
住进来顿时踏实了，也准备迎接第一批客人啦~~
安心工作，舒心生活
推荐一本书：《Perl One-liners：130 Programs That Get Things Done》
Perl one-liners will make you a shell warrior

必须了解的参数

• -e：表示运行（execute）

• -p：运行后打印输出

• -i：直接将修改内容替换原文（很像sed的-i参数）
  如果感觉不保险，可以使用-i.bak来做个备份，这样perl先会创建一个bak备份文件，然后再修改源文件：perl -pi.bak -e 's/you/me/g' file1 file2 file3

• -n：表示循环运行每一行，但和-p不同，它不自动输出（要输出需要和print连用）

• -a：自动将一行的内容按空格分隔（默认是空格）

• -F：修改分隔符

• -l：加换行符 (remove the newline at the end)

• $_：表示当前行

• $.：当前行号

• $\：输出分隔符（就像AWK的OFS）
  prints the contents of $_ and appends $\ at the end of the output

• .：连接两个字符串

• unless：if not

• -s : 任意空白字符

• -S: 非空白字符

perl的一个强大之处在于它的模块库：CPAN，包括超过100,000的模块，其中一个就是List::Util，用来调用其他的实用功能（例如sum）。不过这个不需要安装，它是perl自带的

基础的语句

只有匹配到带有特定字符的行，才替换

perl -pi -e 's/you/me/g if /we/' file

只有包含数字的行，才替换

perl -pi -e 's/you/me/g if/\d/' file

统计出现重复的行

perl -ne 'print if $a{$_}++' file

得到每行的行号

默认使用空格，如果把$. 和$_放一起，就是空格分隔，左边是行号，右边是每行信息；当然可以用其他分隔符，例如：$.:$_

perl -ne 'print "$. $_"' fle

它等同于：perl -pe '$_ = "$. $_"' file ，就是把$. $_的内容赋值给了原来的$_，然后再输出

得到重复的行和行号 =》 组合上面两个单行命令

perl -ne 'print "$. $_" if $a{$_}++'

加和

perl -MList::Util=sum -alne 'print sum @F'
12 13 # 这里输入
25 #这里输出

其中-MList::Util 表示导入模块；-a参数把输入的内容按空格分隔后，存到了@F中，然后求和

找某天的日期

# 100天前
perl -MPOSIX -le '@t = localtime; $t[3] -= 100; print scalar localtime mktime @t'
# 100天后
perl -MPOSIX -le '@t = localtime; $t[3] += 100; print scalar localtime mktime @t'

获得8位字母的密码

perl -le 'print map { ("a".."z")[rand 26] } 1..8'

"a".."z"获得a-z字母；随机挑一个；挑了8次

数学计算

perl -lane '$sum += $F[0]; END { print $sum }'

-a参数将行拆分成许多fields，存到@F中；然后将第一列$F[0]  加和：$sum+=$F[0] ；运行结束后，输出最后结果

以冒号为分隔符，获取第一列

perl -F: -alne 'print $F[0]' file

加个换行符（多空出来一行）

# 方法一：$\ = OFS in awk (output filed seperator)
perl -pe '$\ = "\n"' file
# 方法二：
perl -pe 'BEGIN { $\ = "\n" }' file
# 方法三：
perl -pe '$_ .= "\n"' file
# 方法四（最清爽的方法）：
perl -pe 's/$/\n/' file

加两个换行符是这样

# 方法1. set output seperator 
perl -pe '$\ = "\n\n"'
# 方法2. connect at last
perl -pe '$_ .= "\n\n"'
# 方法3. replace
perl -pe 's/$/\n\n/'

一般单行命令是通过管道接受前面的结果，然后进行处理

打印同一字符串多次

# 1. inserts seven newlines after each line
perl -pe '$_ .= "\n"x7'
# 2. print several times
perl -e 'print "foo"x5'
# or
perl -e 'print "a"x1024'

行前加换行符

# s/regex/replace/
perl -pe 's/^/\n/'

移除空行

Note：Windows uses two characters for the newline.

# -n just execute not print(-p)
perl -ne 'print unless /^$/'

or

# use -l (chomp automatically, to remove the newline at the end)
perl -lne 'print if length'
# means: print the line if it has some length

or remove all spaces/tab (if contains any white character)

perl -ne 'print if /\S/'

Perl’s motto is There’s More Than One Way To Do It 【TIMTOWTDI and pronounced “Tim Toady“】

去掉空格

perl -pe 's/ +//g'

or remove all spaces, tabs, newlines…

perl -pe 's/\s+//g'

or change multi spaces into one

perl -pe 's/ +/ /g'

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