Perl学习17之生信简单运用

Posted 2021-04-17 pythonic生物人

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正文开始啦

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1、计算一条DNA序列中的ATGC个数GC含量格式化输出

• gccount_read.pl

#!/usr/bin/perluse strict;use warnings;my $read = "AACAAACCCCTTTTCTCTATTAAAAAATACAAAATAGCTTAGCTGCGGCATAGTGGAGCACG";my $G = ($read =~ s/G/G/g);#s为匹配表示匹配,($read =~ s/G/G/g)返回匹配次数个数my $C = ($read =~ s/C/C/g);my $A = ($read =~ s/A/A/g);my $T = ($read =~ s/T/T/g);my $total = $G + $C + $A +$T;my $GC_P = ($G + $C)/$total;
#格式化输出printfprintf "$G:%d
$C:%d
$A:%d
$T:%d
$total:%d
$GC_P:%.2f
",($G,$C,$A,$T,$total,$GC_P);
#sprintf格式化不输出my $result = sprintf("$G:%d
$C:%d
$A:%d
$T:%d
$total:%d
$GC_P:%.2f
",($G,$C,$A,$T,$total,$GC_P));
#输出到文件GC.fileopen OUT,">","./GC.file";print OUT $result;close OUT;

• perl gccount_read.pl

$G:10

$C:14

$A:23

$T:15

$total:62

$GC_P:0.39 

cat GC.file

$G:10

$C:14

$A:23

$T:15

$total:62

$GC_P:0.39

2、 每一行数据求和，每个数使用各自行和归一化

输入文件 ： sumfile

a       1       2       3       4       5       6

b       1       2       3       4       5       6

目的 ：分别求a，b行中所有数之和，每个数在该行所占比例格式化输出

脚本 ：sum1.pl

#!/usr/bin/perluse strict;use warnings; open IN,"./sumfile";while(<IN>){ chomp; my @t=split; my $sum=0;  for my $i (1..5){ $sum+=$t[$i]; } print "$t[0]	$sum	";#求和  for my $i (1..5){ my $percent=$t[$i]/$sum; printf "%.2f	","$percent"; } print "
";#换行  }

perl sum1.pl

a 15 0.07 0.13 0.20 0.27 0.33

b 15 0.07 0.13 0.20 0.27 0.33

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