Perl基础与生物信息学笔记19篇合集

Posted 2021-04-17 pythonic生物人

"pythonic生物人"的第124篇分享。

本文汇总之前写的「Perl基础笔记19篇」。

往期精彩

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本文目录

Perl笔记目录
Perl笔记简介
    1、Perl基础
    2、深入Perl模块安装
    3、Perl与生物信息

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Perl笔记目录

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Perl笔记简介

1、Perl基础

「Perl学习01之标量数据」

• 详细介绍Perl中 「数字标量」和 「字符串标量」的相关基础知识。

「1 数字」
浮点数
整数
数字操作符
「2 字符串」
单引号（A single-quoted string literal）
双引号（A single-quoted string literal）
字符串操作符
重复操作符
数字与字符串之间的转换
「3 标量变量」
变量命名规则
标量等号赋值
标量双目赋值符赋值
字符串变量内插
数值标量与字符标量比较操作符
chomp函数
chop函数
substr函数
split函数

「Perl学习02数组和哈希使用」

• 本篇详细介绍Perl的两种数据结构： 「数组（Arrays）「及」哈希（Hash）」

「1.数组（ Arrays）」
数组定义
数组元素连接
数组长度，方法一
数组长度，方法二
遍历数组，方法一
遍历数组，方法二
数组末尾增加元素：push
数组末尾删除元素：pop
数组开头增加元素：unshift
#数组开头删除元素：shift
颠倒数组元素顺序：reverse
数组元素排序，sort，不会修改原数组
从小到大排序
数字从小到大排序，<=>两端传入数字
按字符长度排序，长度相同时按数字大小排序
可以自定义排序规则函数，sort sub_fun @array1

「2.哈希（Hash）」
哈希定义
调用哈希元素
新增或更改某个键值对
返回哈希所有键，返回哈希所有值
遍历哈希键值对
判断哈希是否存在某个键

「Perl学习03之流程控制结构」

• 本文详细介绍Perl语言中的 「布尔运算、条件判断、循环和循环控制语句」。

「1、布尔值及逻辑运算符」
Perl语言布尔值（Boolean Values）
逻辑运算符

「2、条件判断」
条件判断1：if....elsif....else
条件判断2：unless...else....
条件判断3：三目运算符

「3、循环」
循环1：while
循环2：for
循环3：foreach
循环4：each

「4、循环控制模块」
last
next
redo
表达式后面加流程控制语句

「Perl学习04之IO及文件读写」

• 本文详细Perl中 「print say printf sprintf」的使用方法；
• Perl中 「格式化输出」；
• Perl中文件的读写（ 「open函数」， 「文件句柄」（file handle））。

「1、Perl中IO操作」
print say printf sprintf区别
print
say
printf
sprintf
Perl格式化输出
I/O实例，格式化实例

「2、Perl中读写文件操作」

「Perl学习05之正则表达式」

• Perl中 「正则表达式」基础使用。

「1、正则表达式基础知识」
元字符（Metacharacters）
字符集
反斜线字符
单词相关字符
锚定
分组捕获和反向引用
特殊符号存储匹配内容
「2、正则表达式使用之匹配」

「3、正则表达式使用之替换」

「Perl学习06之一行式操作」

• Perl 「一行式」使用

「1、一行式选项」
「2、特殊字符」
「3、一行式使用实例」
例1：每一行后面加空行
例2：每一行后加空行，空行除外
例3：连续输出多个相等字符
例4：行前加空行
例5：输出非空行
例6：移除单词间所有空白
例7：每行单词间连续空白压缩为单空格
例8：原地修改拷贝
例9：所有行行号
例10：非空行行号递增，全部输出
例11：非空行行号递增，只输出非空行
例12：计数单词个数，为每个单词编号
例13：计算每行单词个数，每行单独编号

「Perl学习07之自增（++）自减（--）」

• 深拔Perl中**自增（++）自减（--）**的使用方法

「1、自增自减规则」
「2、数值自增/自减举例」
「3、字符串自增/自减举例」

「Perl学习08之子程序」

• Perl中 「子程序（子函数）「定义、调用、参数传递及子程序中」return函数」使用。

「1、子程序定义」
「2、调用子程序」
「3、子程序传递参数（arguments）」
「4、子程序使用举例」
「5、子程序中return函数使用」

「Perl学习09之文件目录操作」

• Perl操作文件和目录；
• File::Basename模块；
• stats函数。

「1、文件目录操作常用操作符」
「2、stat函数」
「3、文件目录常用操作」
创建文件
删除文件
创建目录
删除目录
切换目录
「4、File::Basename模块操控路径」

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2、深入Perl模块安装

「Perl学习10之perl模块详解（一）」

• Perl模块基础知识；
• 手动编译安装perl模块。

「1、模块基础知识」
查看某模块是否安装
列出所有模块
Perl脚本中导入模块
Perl脚本中导入模块中指定的函数
将路径下模块添加到Perl环境变量
执行程序时显式指定模块查找路径
查看Perl模块安装目录
「2、手动编译安装Perl模块」
https://metacpan.org下载
linux终端安装
检查模块是否安装成功
模块路径添加到PERL5LIB环境变量中
方法一
方法二

「Perl学习11之perl模块详解（二）」

• 非root权限下linux中安装perl包

「1、配置个人cpan」
「2、cpan下载模块」
「3、cpan常用参数介绍和配置」
「4、cpan下载源」
常用国内下载源
cpan下载源配置

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3、Perl生物信息简单使用

「Perl学习12之defined undef使用」

「1、undef」
「2、defined()函数」

「Perl学习13之路径获取模块：Cwd、FindBin和File::Basename」

• perl中路径获取模块，Cwd、FindBin和File::Basename模块

「1、FindBin」

Script

「2、Cwd」
getcwd() cwd() fastcwd() fastgetcwd()
abs_path

「3、File::Basename」

「Perl学习14之$0,ARGV,use warnings,use stricts,die使用」

• $0
• ARGV
• use warnings
• use stricts
• die

「Perl学习15之perl读excel表格」

• Perl如何 「读取excel」数据并简单输出

「Perl学习16之读文件，存入哈希，输出到文件」

• perl如何读取文件，存入哈希，调用哈希，存入文件。

「Perl学习17之生信简单运用（一）」

• 1、计算一条DNA序列中的ATGC个数GC含量格式化输出
• 2、每一行数据求和，每个数使用各自行和归一化

「Perl学习18之生信简单运用（二）」

• Perl计算sam文件每个染色体匹配reads数，GC碱基数，GC含量。

「Perl学习19之生信简单运用（三）」

• Perl计算SAM文件中reads落在，每个1M bin区间中的reads数目，GC碱基数目，GC比。

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