干货数据处理中的Linux基础指令

Posted 2021-04-15 功能磁共振

关键词：Linux、磁共振、数据处理

相信FSL、FreeSurfer、SPM这些针对磁共振数据处理的软件（工具包）大家并不陌生。然而，相对SPM来讲，FSL和FreeSurfer对于磁共振数据处理新手来说并不是那么友好，原因只有一个：SPM是基于MATLAB的工具包，且MATLAB有Windows版，而FSL和FreeSurfer这两款软件都不能在Windows下使用。

这就导致我们不仅仅要学习数据处理的相关知识，还需要了解Linux操作系统或者Mac OS的基本运行指令。

为了让大家能够快速上手基于Linux或Mac OS的数据处理软件。今天，功能磁共振就来简单介绍一下Linux的常用基础指令。

注：由于具体的Linux发行版本非常多：CentOS、Ubuntu、Fedora、Debian等等等等，这里以CentOS为例，其余发行版指令基本一致。

注注：作为属于BSD(Unix)家族的Mac OS，其指令也和类Unix的Linux相似，考虑大多数人还是使用发行版的Linux操作系统，这里就主要介绍Linux指令。

ls命令

ls（list）命令是非常常用的命令，用来显示当前目录中的文件和子目录列表。ls的使用非常简单，只需要在终端中输入ls，然后回车，终端就会显示当前目录中的所有文件及子目录列表。如果还需要显示隐藏文件，则需要在ls后面增加参数-a。一般在数据处理中用到ls，不需要附加任何参数给ls。

cd命令

cd (change directory) 切换目录命令。具体形式如下（注，下划线“_”这里代表空格，花括号“{}”仅起说明作用，在使用时需要去掉。下同）：

cd_{需要切换到的目录路径}

在数据处理中，我们常常需要在终端对工作路径进行转换，此时就需要用到cd命令。

pwd命令

pwd (print working dircetory) 显示当前所在的工作目录命令。和ls命令的使用一样，只需要在终端中输入pwd，然后回车，终端就会显示当前的工作目录。在处理数据中，有时会多次切换目录，经常到后面就忘记自己在哪一个目录下工作，从而导致后续处理执行不下去。此时pwd就能发挥它的作用。

mkdir命令

mkdir (make directories) 创建新目录命令。具体形式如下：

mkdir_{需要创建的目录名称}

如果在数据处理时，需要将处理的结果放在新的目录中。那么就可以使用mkdir命令来创建新的目录。比如：mkdir_newfolder 就会在当前目录创建一个名字为newfolder的目录。

touch命令

touch创建新文件命令。具体形式如下：

touch_{需要创建的文件名称}

如果我们需要创建一个新的文件。那么就可以使用touch命令。使用touch命令的好处在于它可以创建任何系统所允许的文件类型。

mv命令

mv (move) 移动、更改名称命令。具体形式如下：

mv_{源文件或目录}_{目标目录}

由于mv命令有两个功能，因此，使用的时候相对灵活许多。如果我们仅仅想移动某个文件或者目录，则只需要在第二个参数：目标目录中输入路径。如：mv_fileA_directoryX。其中directoryX代表需要移动到的目标目录的路径。如果我们想更改名称，则需要将directoryX改为具体的名称，如：mv_fileA_fileB。同时实现移动和更改名称，大家想想怎么做~

rm命令

rm (remove) 删除文件命令。具体形式如下：

rm_-r_{文件或目录}

这里-r这个参数的意思是recursive，它用来指示rm命令将后续列出的全部目录和子目录均递归地删除。如果是删除文件，则-r不是必须的。当然，rm还有其他的参数可以控制rm的具体操作过程，作为入门和数据处理，了解-r足矣。

cp命令

cp (copy) 复制文件或目录命令。具体形式如下：

cp_-R_{源文件或目录}_{目标目录}

结合mv和rm命令，不难理解cp命令中所有的参数意义。-R同rm中一样，用于复制目录及目录内的所有项目。如：cp_-R_directoryA_directoryX是将目录A所有项目复制到目录B。

从上面介绍的Linux基本命令中不难发现，每一个参数间均有空格作为辨识符号。这个常常是新手最容易忽略的。大家往往将命令、参数一股脑全部输入到终端，然后回车发现莫名错误。其实，只需要在每个参数间添加一个空格，问题就全部解决~

最后再看看如何同时实现移动和更改名称的mv命令：mv_fileA_directoryX/fileB。

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