生信分析Linux基础和R绘图——玩转公司反馈的测序报告和数据表

Posted 2021-04-15 生信宝典

开了多期 转录组、扩增子和宏基因组等 (后台回复 转录组 获取视频连接)实战培训，发现绝大部分实验室手中都有测序公司返回的数据分析报告，并且有一些分析是基于这些报告，但部分情况是拿到报告，老师们不知道如何利用公司测序报告中的数据表做后续个性化分析。

出现这一困境的原因只有一个：时间不够用。

为了加速大家的分析进程，我们这次推出生信分析Linux基础和R绘图课，包含常见组学技术的原理、应用和概念，R语言基础绘图，Windows下使用Linux命令快速提取数据和准备绘图所需的文件，常见组学图形的解读和绘制等，希望能促进快速分析手上的数据，把数据表格转变为发表级的分析图。

比起之前的生信实战课，本次课程内容将不涉及高通量数据标准分析流程，但是报名后会赠送一门往期实战分析网课一门（测试数据和代码可下载）。

本期课程是贴近定制分析的一门技能课，我们将带你体验在终端运行代码来处理数据矩阵的快感，再也不用担心你的Excel因庞大的数据而断片，助你成为实验室高效率的人，在别人重启电脑的时间完成数据转换和出图！

课程设计内容主要如下

每节课1小时一个主题，理论结合实战，学懂原理，实战实操，全是老司机多年经验和代码的无私分享。下面是课程安排，如11代表第一天第一节课，26代表第二天第六节课，(实际上课会有调整，理论和实战穿插调和)41为两周后的线上集中视频答疑。

编号	主题	简介
11	生物信息是什么	能解决哪些问题，有哪些应用
12	高通量技术概述	高通量测序应用的种类、概念、原理和用途介绍，二代三代测序的优缺点
13	组学和生物调控	案例解析
14		Cytoscape,模式和非模式生物
15	GSEA富集分析	GSEA本地富集分析工具使用
16	常见数据库使用介绍	多组学分析
17	绘制miRNA、基因、转录因子调控网络，菌群共存	公共数据库获取数据转换格式,文献挖掘
21	R语言基础知识	数据读取转换
22	R语言绘制常见图形	线图、柱状图、韦恩图
23	R语言绘制常见图形	箱线图、火山图、富集分析泡泡图
24	PCA富集分析	数据准备、代码解析和结果解读
25	分组、时间序列和数量性状GSE	原理、操作和结果解读
26	绘制常见图形和排版	可自己提需求
31	Linux基础操作	常用命令解析，windows下操作
32	Linux软件安装	服务器操作
33	Sed,awk操作	ID转换、文件格式转换
34	Linux命令练习	准备常见绘图所需文件
35	WGCNA基因共表达分析	表型关联
36	扩增子和宏基因组扩充	基本概念及应用，和常见图表解读
37	考试、圆桌论坛	自评学习效果、知识点回顾
41	答疑-线上	答疑、考试内容串讲

生物信息基本知识和概念

生物信息基本知识和概念

1. 生物信息是什么，能解决哪些问题，有哪些应用

2. 高通量测序有哪些类型和应用，smRNA-seq，RNA-seq, GRO-seq, ChIP-seq, ATAC-seq, Hi-C，scRNA-seq, ChIA-PET, FAIRE-seq, Ribo-seq, ChIRP, CAGE-seq, Clip-seq等等很多为解决特定问题而生的技术。

3. 不同代次高通量测序技术的原理和优缺点

4. 从细胞和DNA结构阐释生信在解析生物分子调控中的应用

5. 其它您想了解的生信知识 (可报名时提出，也可现场提出)

6. CNS多组学文章2篇解读 (转录组、表观修饰组和突变组)

7. CNS常见生物信息图形含义解读、适用范围和在线绘制

扩增子和宏基因组

1. 扩增子和宏基因组研究基本概念

2. 扩增子和宏基因组研究基本分析思路

3. 扩增子和宏基因组研究图标解读

4. 微生物物种和功能组成CNS文章套路解读

常见分析和图形绘制

1. 利用常见数据库挖掘基因的功能、表达模式和互作蛋白

2. 从在线数据库获取细胞类型特异高表达的基因

3. 在线数据库挖掘基因的转录因子调控信息和表观修饰信息

4. Cytoscape绘制网络图

5. Cytoscape绘制KEGG/Reactome通路图并进行表达属性可视化

6. Cytoscape绘制转录调控网络和蛋白蛋白互作网络

7. Cytoscape进行

8. Cytoscape进行，探索基因功能

9. GSEA本地软件使用和结果解读

10. 其它软件后续补充

13. R语言数据处理和绘图入门

多组学数据分析

1. 在线基因组浏览器加载公共数据解析多组学数据, 联合发布的转录组、表观修饰和三维结构数据查找基因的调控关系.

生信Linux基础

1. 生信软件安装基本概念和操作

3. 在windows下如何利用简单命令转换文件格式，提取序列，ID匹配，为常用软件提供数据输入格式等

4. 生信分析软件举例和适用范围介绍

当然，以上列出的也只是一部分内容，更多的还希望各位朋友踊跃提出，定制专属课程。

(如果基础薄弱，报名付款成功后，可免费领取基础程序课，做好准备工作, 。)

往期精彩回顾

主讲教师

刘永鑫，博士。2008年毕业于东北农大微生物学专业。2014年中科院遗传发育所获生物信息学博士学位，2016年博士后出站留所工作，任宏基因组学实验室工程师，目前主要研究方向为宏基因组学数据分析与可重复计算。发表论文10余篇，SCI收录7篇。2017年7月创办，目前分享宏基因组、扩增子原创文章185篇，关注人数2.3万人，累计阅读近300万次。

助教团队

十余名中国科学院、清华、北大博士(含在读)，轮值讲师和助教，辅助学员学习和矫正培训过程中不足的点。

授课模式

本课程以讲解流程和实际操作为主，采用独创四段式教学，封装好的代码全部分享，随处可用：

• 第一阶段 3天集中授课；

• 第二阶段 自行练习2周；

• 第三阶段 在线直播答疑；

• 第四阶段 培训视频继续学习；

• 实现教-练-答-用四个环节的统一协调。

培训时间

2018-12-14 到 2018-12-16 (线下讲解实战)
每天早9点到晚6点，半封闭式教学 (最后1小时为集中讨论时间，最后一天会稍微提前一些，多留出时间讨论，也方便老师乘车返回)
报到时间：提前一天或者当天都可以

授课地点

北京市西城区鼓楼明德大厦 (北京市旧鼓楼大街47号院2号楼2010)。

课程价格

1. 截止 2018-12-8  4199 元/人

2. 名额有限，每次课程报名满40人后自动关闭报名通道

3. 提供易汉博基因科技实习机会或工作机会

4. 课程连报有优惠，具体见报名网站

课程福利

1. 座位按报名并缴费或预付款成功顺序从前到后龙摆尾式排序

2. 赠送程序基础课和对应课程往期视频课一份 (http://bioinfo.ke.qq.com)

3. 多人 (N，10>N>1) 组团报名并同时缴费，每人还可减免N-1百元 (最高500)

4. 赠送金士顿U盘一个（32G含培训数据和脚本）

注意事项 *

1. 需自备笔记本电脑，推荐使用win10系统，4G以上内存(推荐8G)。课程实践根据需要会提供云计算平台

2. 培训班所有数据，文档为内部资料，仅供参阅，未经允许不得翻印外传登刊

3. 上课期间禁止录音，录像

4. 成功付款的学员，若临时有紧急事情不能到来的，可申请延期，更换后续培训班；也可申请退款

5. 若开课2周 (含) 前申请退款可退还85%费用；开课3个工作日 (含) 前申请退款退还70%的费用 (若已开发票需承担相应手续费)

6. 不可先延期再退款
   更多课程的详细介绍，请扫描下方二维码。

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http://www.ehbio.com/Training/ 或
点击阅读原文跳转报名页，成为实验中不可或缺的人，赶快报名吧！

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