ks在生物化学与分子生物学啥意思

Posted 2023-05-18

ks在生物化学与分子生物学什么意思

Ks值表示ES 的解离常数。 参考技术A 1、GSH
即谷胱甘肽，是由谷氨酸，半胱氨酸和甘氨酸通过肽键缩合而成的三肽。
2、蛋白质变性(protein denaturation)
蛋白质在某些物理和化学因素作用下其特定的空间构象被改变，从而导致其理化性质的改变和生物活性的丧失，这种现象称为蛋白质变性。
3、α-螺旋(α-helix)
蛋白质中常见的一种二级结构，肽链主链绕假想的中心轴盘绕成螺旋状，一般都是右手螺旋结构，螺旋是靠链内氢键维持的。每个氨基酸残基(第n个)的羰基氧与多肽链C端方向的第3个残基(第n＋3个)的酰胺氮形成氢键。在典型的右手α-螺旋结构中，螺距为0.54nm，每一圈含有3.6个氨基酸残基，每个残基沿着螺旋的长轴上升0.15nm。
4、β-折叠片层(β-sheet)
是蛋白质中的常见的二级结构，是由伸展的多肽链组成的。折叠片的构象是通过一个肽键的羰基氧和位于同一个肽链或相邻肽链的另一个酰胺氢之间形成的氢键维持的。氢键几乎都垂直伸展的肽链，这些肽链可以是平行排列(走向都是由N到C方向)；或者是反平行排列(肽链反向排列)。
5、β-转角(β-turn)
也是多肽链中常见的二级结构，连接蛋白质分子中的二级结构(α-螺旋和β-折叠)，使肽链走向改变的一种非重复多肽区，一般含有2～16个氨基酸残基。含有5个氨基酸残基以上的转角又常称之环(loops)。常见的转角含有4个氨基酸残基，有两种类型。转角I的特点是：第1个氨基酸残基羰基氧与第4个残基的酰胺氮之间形成氢键；转角II的第3个残基往往是甘氨酸。这两种转角中的第2个残基大都是脯氨酸。
6、功能蛋白质组(functional proteome)
指的是特定时间、特定环境和实验各种下，基因组活跃表达的蛋白质。
7、肽键(peptide bond )
在蛋白质分子中，一分子氨基酸的α-羧基与另一分子氨基酸的α-氨基脱水缩合后而形成的酰胺键称为肽键。
8、基序/模体(motif)
模体属于蛋白质的超二级结构，由2个或2个以上具有二级结构的的肽段，在空间上相互接近，形成一个特殊的空间构象，并发挥专一的功能。一种类型的模体总有其特征性的氨基酸序列。
9、结构域(domain)
在蛋白质三级结构内的独立折叠单元。结构域通常都是几个超二级结构单元的组合。
10、氨基酸残基
在多肽链中的氨基酸，由于其部分基团参与了肽键的形成，剩余的结构部分则称氨基酸残基。它是一个分子的一部分，而不是一个分子。
11、蛋白质二级结构(secondary structure of protein)
指某段多肽链中主链骨架在局部空间有规律的盘绕和折叠，即蛋白质分子中某段肽链主链原子的相对空间位置，不包括与其他链段的相互关系及侧链构象的内容。
12、蛋白质三级结构(Tertiary structure of protein)
指在二级结构、模体的基础上，由于侧链R基团的相互作用，整条肽链进一步折叠和盘曲成球状分子，即整条肽链所有原子在三维空间的排布位置。
13、蛋白质四级结构(Quaternary structure of protein)
由两条或两条以上具有独立三级结构的多肽链以非共价键连接的空间排布和接触部位的布局称蛋白质的四级结构。
14、别构效应(allosteric effect)
当蛋白质(酶)与它的配体(某种小分子物质)结合后，引起蛋白质(酶)的空间结构(构象)发生改变，使其适合功能的需要，这种变化称别构效应或变构效应。
15、盐析(Salting out)
向某些蛋白质溶液中加入某些无机盐溶液后，可以使蛋白质凝聚而从溶液中析出，这种作用叫作盐析，可复原。
16、亚基(subunit)
有四级结构的蛋白质的每条具有独立三级结构的多肽链称为亚基或亚单位。
17、蛋白质的等电点(pI)
溶液处于某一PH时，氨基酸解离成正负离子的趋势相等，即成为两性离子，净电荷为零，在电场中不向阳极也不向阴极移动，此时溶液的pH称为氨基酸的等电点。

第三章核酸
1、DNA变性
在某些理化因素作用下，DNA分子互补碱基对之间的氢键断裂，使DNA双螺旋结构松 散，变为单链，即为DNA变性。
2、核酶(ribozyme)
具有催化活性的RNA， 即化学本质是核糖核酸RNA， 却具有酶的催化功能。
3、增色效应
变性的DNA，分子两条互补链可完全解开成为两条单链，使得碱基暴露，260nm 处 紫外吸收增强，这种现象称为增色效应。
4、Tm值
即解链温度，DNA的变性从开始解链到完全解链，是在一个相当窄的温度内完成，在这一范围内，紫外光吸收值达到最大值50%时的温度称为DNA的解链温度，这一现象和结晶的融解过程类似，又称融解温度(Tm)。
5、DNA超螺旋(DNA supercoil)
DNA双螺旋本身进一步盘绕称超螺旋。超螺旋有正超螺旋和负超螺旋两种。当盘旋方向与DNA双螺旋方向相同时，其超螺旋结构为正超螺旋，反之则为负超螺旋，负超螺旋的存在对于转录和复制都是必要的。
6、hnDNA
即核不均一RNA，是mRNA的前体。
7、DNA复性
DNA的复性指变性DNA 在适当条件下，二条互补链全部或部分恢复到天然双螺旋结构的现象，它是变性的一种逆转过程。

第四、五章酶
1、同工酶(isoenzyme)
能够催化相同的化学反应，而酶蛋白的分子结构、理化性质乃至免疫学性质不同的一组酶。
2、酶活性中心(active center)
酶分子中必需基团在一级结构上可能相距很远，但在空间结构上彼此靠近，构成具有特定动态构象的局部空间结构，直接参与酶促反应，与外部的底物特异地结合并使底物转变为产物的区域称为酶的活性中心或活性部位。
3、Km值
是当酶反应速度达到最大反应速度一半时的底物浓度的大小。
4、共价修饰(covalent modification)
酶分子上某些特殊基团在其他酶作用下，发生可逆的共价结合而被修饰，并快速改变的活性称共价修饰调节或化学修饰。
5、酶原(zymogen)
在细胞内合成及初分泌时处于无活性状态的酶的前体。
6、全酶(holoenzyme)
酶蛋白和辅助因子结合形成的具有催化作用的复合物称为全酶。
7、米氏方程(Michaelis-Menten equation)
表示酶促反应的起始速度与底物浓度关系的速度方程，V＝Vmax[S]/(Km+[S])。
8、别构酶(allosteric enzyme)
别构酶一种其活性受到结合在活性部位以外部位的其它分子调节的酶。
9、辅酶(coenzyme)
辅酶是一类可以将化学基团从一个酶转移到另一个酶上的有机小分子，与酶较为松散地结合，对于特定酶的活性发挥是必要的。
10、辅基(prosthetic group)
酶的辅助因子或结合蛋白质的非蛋白部分，其中较小的非蛋白质部分称辅基，与酶或蛋白质结合的非常紧密，用透析法不能除去。

第六章糖代谢
1、糖酵解(glycolysis)
糖无氧分解即糖酵解，是指葡萄糖在无氧条件下分解生成乳酸并释放出能量的过程。
2、糖异生(gluconeogenesis)
由非糖物质转变为葡萄糖或糖原的过程称为糖异生。
3、糖原(glycogen)
是由许多葡萄糖分子聚合而成的带有分支的高分子多糖类化合物。
4、底物水平磷酸化(substrate level phosophoryltion)
底物在氧化过程中直接将高能磷酸键转移给ADP生成ATP的过程。
5、巴斯德效应(Pasteur effect)
有氧氧化抑制糖酵解的现象。
6、磷酸戊糖途径(pentose phosphate pathway)
指从G-6-P脱氢反应开始，经一系列代谢反应生成磷酸戊糖等中间代谢物，然后再重新进入糖氧化分解代谢途径的一条旁路代谢途径。
7、三羧酸循环(TriCarboxylic Acid cycle，TCA)
三羧酸循环(柠檬酸循环或Krebs循环)是指在线粒体中，乙酰CoA首先与草酰乙酸缩合生成柠檬酸，然后经过一系列的代谢反应，乙酰基被氧化分解，而草酰乙酸再生的循环反应过程。

第七章脂类代谢
1、脂肪酸β-氧化
脂肪酸在体内氧化时在羧基端的β-碳原子上进行氧化，碳链逐次断裂，每次断下一个二碳单位，即乙酰CoA，该过程称作β-氧化。
2、酮体(ketone body)
脂肪酸在肝脏中氧化分解所生成的乙酰乙酸、β-羟丁酸和丙酮三种中间代谢产物统称为酮体。
3、血浆脂蛋白(lipoprotein)
血脂与血浆中的蛋白质结合，以血浆脂蛋白的形式存在及运输。
4、脂肪动员(fat mobilization)
贮存于脂肪组织中的脂肪被一系列脂肪酶水解为甘油和游离脂肪酸并释放入血供全身各组织利用的过程。
5、初级胆汁酸(primary bile acid)
有肝细胞直接合成的胆汁酸成为初级胆汁酸。
6、载脂蛋白(apolipoprotein，Apo)
血浆脂蛋白中的蛋白质部分。
7、必需脂肪酸(essential fatty acid，EFA)
多数脂肪酸在人体内能合成，只有不饱和脂肪酸的亚油酸、亚麻酸和花生四烯酸在体内不能合成，必须从植物油摄取，称为人体必需脂肪酸。
8、脂类(lipid)
脂类是脂肪、类脂及其衍生物的总称，是一类不溶于水而易溶于有机溶剂，并能为机体利用的有机化合物。

第八章生物氧化
1、氧化磷酸化(oxidative phosphorylation)
在线粒体中，底物分子脱下的氢原子经呼吸链传递给氧，在此过程中释放能量使ADP磷酸化生成ATP，这种能量的生成方式就称为氧化磷酸化。
2、呼吸链(respiratory chain)
存在于线粒体内膜上，按一定顺序排列的一系列酶或辅酶。其作用是以传递电子和H+的形式传递代谢物氧化脱下的氢原子，最后使活化的氢与活化的氧结合生成水。该传递链与细胞呼吸过程有关，故称为呼吸链，又称电子传递链。
3、P/O比值
物质氧化时，每消耗一摩尔氧原子所消耗的无机磷的摩尔数称为P/O比值，即ATP生成的摩尔数。
4、高能化合物
指体内氧化分解中，一些化合物通过能量转移得到了部分能量，把这类储存了较高能量的化合物，如三磷酸腺苷(ATP)，磷酸肌酸，称为高能化合物。它们是生物释放，储存和利用能量的媒介，是生物界直接的供能物质。
5、解偶联剂(uncoupler)
使氧化与磷酸化偶联过程脱离的物质称为解偶联剂。

第九章氨基酸代谢
1、必需氨基酸(essential amino acid)
指体内需要而又不能自身合成，必须由食物供给的氨基酸，共有8种。
2、一碳单位(one carbon unit)
某些氨基酸代谢过程中产生的只含有一个碳原子的基团，称为一碳单位。
3、生酮氨基酸(ketogenic amino acid)
分解代谢过程中能转变成乙酰乙酰辅酶A的氨基酸，共有亮氨酸、赖氨酸、色氨酸、苯丙氨酸和酪氨酸5种。
4、生糖氨基酸(glucogenic amino acid)
能通过糖异生转变成葡萄糖的氨基酸。
5、鸟氨酸循环(orinithine cycle)
尿素生成的过程由Hans Krebs 和Kurt Henseleit 提出，称为鸟氨酸循环，又称尿素循环(urea cycle)或Krebs- Henseleit循环。
6、苯酮尿症(phenylketonurics，PKU)
是一种常见的氨基酸代谢病，是由于苯丙氨酸代谢途径中的酶缺陷，使得苯丙氨酸不能转变成为酪氨酸，导致苯丙氨酸及其酮酸蓄积并从尿中大量排出。
7、联合脱氨基作用(transdeamination)
转氨与脱氨相偶联而脱出氨基的作用称联合脱氨基作用，亦称转氨脱氨基作用。
8、丙氨酸-葡萄糖循环(alanine-glucose cycle)
丙氨酸和葡萄糖反复的在肌和肝之间进行氨的转运，故将这一途径称为丙氨酸-葡萄糖循环。
9、氧化脱氨基(oxidative deamination)
氨基酸先经过脱氢生成不稳定的亚氨基酸，然后水解产生α-酮酸和氨，此反应成为氧化脱氨基作用。
10、转氨基作用(transamination)
在转氨酶作用下，某一氨基酸的α-氨基转移到另一种α-酮酸的酮基上，生成相应的氨基酸，原来的氨基酸则转变成α-酮酸的过程。
11、尿素的肠肝循环
血液中的尿素渗入肠道，受肠菌尿素酶水解而生成氨的过程。
12、γ-谷氨酰基循环(γ-glutamyl cycle)
指通过谷胱甘肽的代谢作用将氨基酸吸收和转运的过程。
13、蛋氨酸循环
SAM通过转甲基作用，将甲基转移给甲基接受体后，其本身转变为S-腺苷同型半胱氨酸，进而又转变成同型半胱氨酸，同型半胱氨酸可接受N5-CH3-FH4分子中的甲基再生成蛋氨酸。从蛋氨酸活化为SAM到转出甲基以及再生成蛋氨酸的全过程称为蛋氨酸循环。

第十章核苷酸代谢
1、从头合成(de novo synthesis)
利用一些简单的前体物，如5-磷酸核糖，氨基酸，一碳单位及CO2等，逐步合成嘌呤核苷酸的过程称为从头合成途径。
2、补救途径(salvage pathway)
指利用分解代谢产生的游离碱基或核苷合成相应核苷酸的过程，又称再利用合成途径。
3、痛风(metabolic arthritis)
嘌呤核苷酸分解代谢异常使血尿酸升高，尿酸钠晶体沉积于软骨、关节、软组织及肾脏引起皮下结节，关节疼痛的症状。
4、自杀抑制作用(suicide substrate)
底物类似物经酶催化生成的产物变成了该酶的抑制剂，例如别嘌呤醇对黄嘌呤氧化酶的抑制。
5、Lesch-Nyhan综合征(Lesch-Nyhan syndrome)
也称为自毁容貌症，是先天性嘌呤代谢缺陷病，源于次黄嘌呤-鸟嘌呤磷酸核糖转移酶(HGPRT)的缺失。
第十一章 血红素与胆色素代谢
1、结合胆红素(conjugated bilirubin)
在肝细胞滑面内质网中，胆红素Y-蛋白或胆红素Z-蛋白，在UDP-葡萄糖醛酸转移酶(UGT)催化下，由UDP-葡萄糖醛酸提供葡萄糖醛酸基，胆红素和葡萄糖醛酸基结合转变生成结合胆红素，即葡萄糖醛酸胆红素。
2、游离胆红素(free bilirubin)
胆红素-清蛋白复合物中的胆红素与清蛋白以非共价结合，不牢固、易解离，故称游离胆红素或未结合胆红素、血胆红素。
3、胆色素(bilin)
是血红素的降解产物，血红素游离出金属离子，剩下的卟啉环代谢分解，生成胆色素。
4、范登堡试验(Van den Bergh reaction)
用重氮试剂(重氮苯磺酸)与胆红素吡咯环上亚氨基反应，形成偶氮化合物，其在中性介质中呈紫红色，用来鉴别结合胆红素和未结合胆红素。

第十二章 DNA的生物合成
1、半保留复制(semiconservative replication)
DNA的复制方式，亲代双链分离后，每条单链均作为新链合成的模板。因此，复制完成时将有两个子代DNA分子，且每个分子的核苷酸序列均与亲代分子相同。
2、拓扑异构酶
DNA拓扑异构酶是存在于细胞核内的一类酶，能够催化DNA链的断裂和结合，从而控制DNA的拓扑状态，以克服DNA复制过程中解链时产生的扭结现象。
3、冈崎片段(Okazaki fragment)
DNA双链进行半保留复制时，在DNA后随链的不连续合成期间生成的片段。
4、复制叉(replication fork)
DNA复制时在DNA链上通过解旋、解链和SSB蛋白的结合等过程形成的Y字型结构称为复制叉。在复制叉处，作为模板的双链DNA解旋，同时合成新的DNA链。
5、端粒酶(telomerase)
是基本的核蛋白逆转录酶，可将端粒DNA加至真核细胞染色体末端。
6、前导链(leading strand)
与复制叉移动的方向一致，通过连续的5ˊ-3ˊ聚合合成的新的DNA链。
7、后随链(lagging strand)
与复制叉移动的方向相反，通过不连续的5ˊ-3ˊ聚合合成的新的DNA链。
8、半不连续复制(Semi-ondisctinuousreplication)
DNA复制的基本过程，指DNA复制时，前导链上DNA的合成是连续的，后随链上是不连续的，故称为半不连续复制。
9、Klenow片段(Klenow fragment)
E.coli(大肠杆菌)DNA聚合酶I经部分水解生成的C末端605个氨基酸残基片段。该片段保留了DNA聚合酶Ⅰ的5ˊ-3ˊ聚合酶和3ˊ-5ˊ外切酶活性，但缺少完整酶的5ˊ-3ˊ外切酶活性。
10、引发体(primosome)
蛋白复合体，主要成份是引物酶和DNA解旋酶，是在合成用于DNA复制的RNA引物时装配的。引发体与DNA结合后随即由引物酶合成RNA引物。
11、反转录(reverse transcription)
反转录是以反义RNA为模板通过反转录酶合成DNA的过程，也称逆转录，是DNA生物合成的一种特殊方式。
12、滚环复制(rolling-circle replication)
噬菌体中常见的DNA复制方式。亲代DNA的一条链在复制起点处被切开，其5ˊ端游离出来。这样，DNA聚合酶Ⅲ便可以将脱氧核糖核苷酸聚合在3ˊ-OH端。当复制向前进行时，亲代DNA上被切断的5ˊ端继续游离下来，并且很快被单链结合蛋白所结合。因为5ˊ端从环上向下解链的同时伴有环状双链DNA环绕其轴不断的旋转，而且以3ˊ-OH端为引物的DNA生长链则不断地以另一条环状DNA链为模板向前延伸，因而称为滚环复制。
13、双向复制(bidirectional replication)
DNA合成时从一个单独的复制起始点上形成两个复制叉，然后相背而行，这种复制方式称为双向复制。

第十三章 RNA的生物合成
1、启动子(Promoters)
RNA聚合酶特异性识别和结合的DNA序列，指导着RNA复制，控制基因表达(转录)的起始时间和表达的程度。
2、核心酶(core enzyme)
大肠杆菌的RNA聚合酶全酶由5个亚基组成σ、β、βˊ和两个α亚基，可写作α2ββˊσ，失去σ亚基的叫核心酶(α2ββˊ)。
3、RNA聚合酶(RNA polymerase)
以一条DNA链或RNA为模板催化由核苷-5′-三磷酸合成RNA的酶，是催化以DNA为模板、三磷酸核糖核苷为底物、通过磷酸二酯键而聚合的合成RNA的酶，也称转录酶。
4、内含子(introns)
基因内的间隔序列，不出现在成熟的RNA分子中，在转录后通过加工被切除。大多数真核生物的基因都有内含子。
5、外显子(expressed region)
真核生物基因的一部分，它在剪接后仍会被保存下来，所有的外显子一同组成了遗传信息，并可在蛋白质生物合成过程中被表达为蛋白质。
6、RNA剪接(RNA splicing)
从DNA模板链转录出的最初转录产物中除去内含子，并将外显子连接起来形成一个连续的RNA分子的过程。
7、不对称转录(Asymmetric transcription)
有两方面含义：一是DNA分子双链上的某一区段，一股链用作模板指引转录，另一股链不转录；其二是模版链并非永远在同一单链上。
8、转录(transcription)
是遗传信息从DNA到RNA的转移。即以双链DNA中的一条链为模板，以4种核苷三磷酸为原料，在RNA聚合酶催化下合成RNA的过程。
9、转录因子(transcription factor)
一些蛋白质因子可以直接或间接结合RNA聚合酶，通过识别DNA序列中的顺式作用元件而调节启动转录，这类蛋白质因子称为转录因子。
10、核酶(ribozyme)
是具有催化功能的RNA分子，是生物催化剂，又称核酸类酶、酶RNA、 核酶类酶RNA。
11、剪接体(splicesome)
进行RNA剪接时形成的多组分复合物，其大小为60S，主要是由小分子的核RNA和蛋白质组成，具有识别mRNA前体的5′剪接位点、3′剪接位点和分支点的功能。
12、RNA复制(RNA replication)
以RNA作为基因组的病毒称为RNA病毒，这类病毒除逆转录病毒外，在宿主细胞都是以病毒的单链RNA为模板合成RNA，这种RNA依赖的RNA合成称为RNA复制。

第十四章蛋白质的生物合成
1、遗传密码(genetic codon)
mRNA上每三个相邻的核苷酸的特定排列顺序，在蛋白质合成中体现为某种氨基酸或其合成的起始和终止信号，统称为遗传密码，或三联体密码。
2、SD序列(Shine-Dalgarno)
核糖体小亚基内部的16S rRNA的3′端，有富含嘧啶的序列，而在mRNA上起始密码子AUG上游的5′端处大约有10个核苷酸，为富含嘌呤碱基的序列，称为SD序列，又称为核糖体结合位点(RBS)。
3、起始密码子(initiator codon)
为AUG，它除作为起始信号外，还代表蛋氨酸密码(原核生物在起始位代表甲酰蛋氨酸)。
4、终止密码子(terminator codon)
为UAA、UAG和UGA，不代表任何氨基酸，又称无义密码。
5、翻译(translation)
mRNA核苷酸排列顺序和蛋白质氨基酸排列顺序存在一种特殊关系，就好象从一种语言翻译成另一种语言的情形相似，故把mRNA到蛋白质过程称为翻译，即蛋白质的生物合成。
6、反密码子(anticodon)
tRNA看上去像三叶草形，其一端是携带氨基酸的部位，另一端有3个碱基，这3个碱基可以与mRNA上的密码子互补配对，因而叫反密码子。
7、氨酰-tRNA
活化氨基酸转移到tRNA分子上，与tRNA的-CCA中腺苷酸所含的核糖3′位的游离羟基以酯键结合，形成相应的氨酰-tRNA。
8、信号肽(signal peptide)
N-端的一段疏水氨基酸组成的肽，约由15～30个氨基酸残基构成。
9、核蛋白体循环(ribosome cycle)
狭义：肽链的延长。包括进位、转肽、移位、脱落的连续循环过程，每循环一次肽链延长一
个氨基酸，此过程也称核糖体循环。
广义：以氨基酰tRNA形式存在的活化氨基酸，即可投入氨基酸缩合成肽的过程，此过程称为核糖体循环或核蛋白循环。
10、分子伴侣(molecular chaperones)
一类在序列上没有相关性但有共同功能的蛋白质，它们在细胞内帮助其他含多肽的结构完成正确的组装，而且在组装完毕后与之分离，不构成这些蛋白质结构执行功能时的组份。
11、干扰素(interferon，IF)
病毒感染真核细胞后由宿主细胞释放的蛋白质因子。能作用于邻近细胞，诱导产生抗病毒蛋白，从而抑制病毒的繁殖。
12、开放阅读框架(open reading frame，ORF)
按5′至3′方向，从mRNA上起始密码子AUG开始，连续读取密码子，一直到终止密码子，即为编码区域。如果这一段密码子序列编码有功能的多肽链，可称为一个开放阅读框架。

第十五章基因表达调控
1、顺式作用元件(cis-acting element)
位于基因旁侧调节(激活或阻遏)基因转录的DNA序列。
2、反式作用因子(trans-acting factor)
直接或间接与顺式作用元件相互作用并影响基因表达的蛋白质，统称为反式作用因子。
3、转录因子(transcription factor)
与顺势作用元件特异结合并启动转录的调节蛋白。
4、阻遏物(repressor)
基于某种调节基因所制成的一种控制蛋白质，具有抑制特定基因、产生特征蛋白质的作用。
5、操纵子(Operon)
原核生物结构基因及其表达调控序列共同组成的基因表达调控单元。
6、结构基因(Structural gene)
是决定合成某一种蛋白质分子结构相应的一段DNA。结构基因的功能是把携带的遗传信息转录给mRNA,再以mRNA为模板合成具有特定氨基酸序列的蛋白质。
7、亮氨酸拉链(leucine zipper)
以同二聚体和(或)异二聚体形成的卷曲螺旋或纤维状的蛋白质。
8、锌指基序(zinc finger)
由25~30个保守的组氨酸-半胱氨酸残基与Zn2+配位结合并形成稳定紧凑的小结构域。
9、增强子(enhancer)、端增强子元件(distant enhancer element)
能加强上游或下游基因转录的效率的DNA序列，又称远端增强子元件。
10、沉默子(slilencer)
与增强子的作用相反，能一直上游或下游基因转录的DNA序列。
11、结构域(domain)
许多大分子蛋白质中，其三级结构通常被分割为一个或数个球形或纤维状的区域，它们折叠得较为紧密，各行其功能。

分子进化与系统发育

参考：吴祖建, 高芳銮, 沈建国. 生物信息学分析实践[M]. 科学出版社, 2010.

薛大牛说过，搞生物信息的不能挑食，有啥就该做啥。

生物信息中的一大热点就是进化分析，推断出一个物种在整个群体中的进化过程。

先读一篇科普文章：（源宜基因）

生物的进化指的是生物群体性质随时间经历的变化。分子生物学的发展大大加快了进化研究的前进步伐，DNA序列，凭借自身相对稳定的进化演变过程和巨大的信息优势，大大提高了对物种间系统发育关系的推断能力。基因组大小与不同部分进化速率的多样性，分子特征提供了一个从非常近的时间到地球上生命起源时间内的系统发育记录，因而可以比较物种的DNA信息来研究生物的进化关系。

分子进化目前已经成为生物进化研究的重点。进化主要基于基因突变，核苷酸替代、插入缺失、重组和倒位等引发基因突变，突变的基因或DNA序列通过群体水平的遗传漂变或自然选择进行扩散，从而产生新的形态或功能性状，最终在物种间得以固定并传递给其所有后代。

分子进化研究的目的

从物种的一些分子特征出发，了解物种之间的生物系统发生的关系，通过核酸与蛋白序列的同源性比较进而了解基因的进化以及生物系统发生的内在规律。

同源性是指从一些数据中推断出发的两个基因或者蛋白质序列具有共同祖先的结论，属于质的判断，是将待研究序列加入一组与之同源、但来自不同物种的序列中进行多序比较，以确定该序列与其它序列间的同源性大小，常用的多序列比对程序有Clustal-Alignment等，它与Blast的局部匹配搜索不同，多序列比对大多采用全局比对的算法，这对于采用计算机程序的自动多序列比对是一个非常复杂且耗时的过程，特别是在序列数据多且序列长的情况下。

分子进化研究的理论基础是在各种不同的发育谱系及足够大的进化时间尺度中，许多序列的进化速率几乎是恒定不变的。实际上，虽然很多时候存在争议，但是分子进化的确能阐述一此生物系统发生的内在规律。

系统发育分析

系统发育学研究的是任何分类单元的起源与进化关系，系统发育分析就是要推断或者评估这些进化关系。系统发育分析是通过多序列比对，研究一组相关的基因或者蛋白质，推断和评估不同基因间的进化关系。在研究生物进化和系统分类中，常用类似树状分支的图形来概括各种生物之间的亲缘关系，称之为系统发育树。

用于系统发育分析的分子标记选择

分子标记是直接在DNA分子上检测生物间的差异，在DNA水平上遗传变异的直接反映。它是蛋白质、核酸分子的突变为基础，检测生物遗传结构与其变异来反应生物个体间的差异。DNA分子标记可以不同发育时期的个体、任何组织器官甚至细胞进行检测，数量多，遍及整个基因组，多态性高，遗传稳定，不受环境及基因表达的限制。以DNA序列研究物种进化常用方法：第一根据研究对象及目的，选择合适的基因或者DNA区域，并测定目标DNA片段的序列。对于近缘物种，应选择进化速度较快的区域；对于远缘物种，应选择相对保守的区域。第二，通过DNA同源序列的比较，采用一定的系统重建途径与方法，确定基因系统树与物种系统树。任何水平的系统发育问题都能通过选择适当的分子标记解决。

最迅速进化的DNA序列是真核生物的线粒体DNA，对于种内群体与近缘种类的关系探讨非常有利。其它的DNA分子标记进化速率介于mt DNA和r DNA之间。除编码区外，某些基因簇中包含了多样性的转录和非转录区，它们同样提供了从最近到很久时间范围内的系统发育记录。线粒体DNA被作为分子标记已广泛应用于分类学、系统进化、群体遗传、法医学和人类学等方面的研究。

 

中山大学贺雄雷教授Science发表新文章

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