真核生物基因启动子和增强子的异同点？？？

Posted 2023-05-15

增强子(enhancer)指增加同它连锁的基因转录频率的DNA序列。增强子是通过启动子来增加转录的。

增强子能大大增强启动子的活性。增强子有别于启动子处有两点:[1]增强子对于启动子的位置不固定，而能有很大的变动;[2]它能在两个方向产生相作用。一个增强子并不限于促进某一特殊启动子的转录，它能刺激在它附近的任一启动子。首先被发现的增强子是SV40增强子。两个增强子位于基因组的两个串连的72nbp重复中，约在转录起始点上游200bp处，每个72bp重复中有一个。缺失实验显示两个重复缺失一个并不产生什么影响，而如两个均缺失即将大大降低活体内的转录。有人发现，如果将β珠蛋白基因放在含有72bp重复的DNA分子中，它的转录作用在活体内将增高约200倍以上，甚至当此72bp顺序位于离转录起点上游1400bp或下游3000bp时仍有作用。各个基因中的增强子顺序差别较大，但有一个基本的核心顺序(core sequence)：AAAGGTGTGGGTTTGG

参考资料：http://baike.baidu.com/view/212061.htm?fr=ala0_1

参考技术A 相同点：都为表达调控的顺式作用元件
不同点：启动子是转录起始位点上游与RNA聚合酶结合的一段DNA序列，而增强子是与启动子作用增强转录的一些片段，他的位置不固定可以在启动子下游或上游。本回答被提问者采纳

转载：ensemble计划和数据库

原文来源：x2yline在生信进化树上的评论，http://www.biotrainee.com/thread-626-1-1.html

 

Ensemble（ ensembl.org网站是常用真核生物参考基因组来源之一 ）能够对人类基因自动进行注释，包括人类，小鼠，斑马鱼，猪和大鼠等，也包括来自HAVANA的人工注释信息。
Ensembl是一项生物信息学研究计划，旨在开发种能够对真核生物基因组进行自动注释(automatic annotation)并加以维护的软件系统。该计划由英国Sanger研究所Wellcome基金会及欧洲分子生物学实验室所属分部欧洲生物信息学研究所共同协作运营。

Ensembl与NCBI的NCBI Map Viewer和UCSC是最为常用基因组检索数据库。

Ensembl 与NCBI Map Viewer和UCSC最大区别表现在以下5点：
a.Ensembl的基因数据集是依据mRNA和蛋内序列的数据信息白动注释的。数据来源为新的基因组数据，UniProt/SwissProt和UniProt/TrEMBL的蛋白序列，NCBI的RefSeq里的DNA和蛋白序列和EMBL的cDNA序列。
b.Ensembl是一个开源（Perl API ）的全自动的基因注释软件系统，很多网站都采用Ensembl这套软件系统。
c.Ensembl拥存其特有的BioMart功能。BioMart可以依据设定的要求对基 因组进行条件性检索，检索的结果吋以以图表的形式给出。
d.与其它数据库相整合，比如DAS。
e.基因组间的比较分析。

基因注释机构
目前从事基因注释的机构组织有很多，这里列出的只是较为常用的几个。
1. Ensembl:目的是做出最好的基因注释集。
2.Havana (VEGA):是桑格中心的一个基因注释组织，它的目标和Eiisembl—致，因此，结合得也最紧密。
3. HGNC -给出人类基因唯一的名字和符号。
4. UniProt 主要集中于蛋白质的信息注释。

Ensembl的通用基因注释有两种，一是Ensembl GeneBuild，它是自动化注释，速度快，实时更新，在不同物种上均适用；另一种是Wellcome基金会的 Havana (VEGA)小组的注释，它是手工注释，速度慢，但是准确，它依据的都是已经验证过的mRNA和蛋白序列来注释，比较费时。因此Ensembl基因组数据库 中，会有两种注释。

Havana (VEGA)小组的注释常有以下几种类型：
详细信息：http://vega.sanger.ac.uk/info/about/gene_and_transcript_types.html
Protein coding： 包括开放阅读框 (ORF).
Processed transcript：没有开放阅读框（ORF）
Pseudogene：假基因，是指脱氧核糖核酸（DNA）的碱基序列中，一段与其他生物体内已知的基因序列非常相似的片段。但是这个片段由于移码突变或者无义突变破坏了ORF，无法发挥原有的基因功能，也就是无法制造出蛋白质
IG gene：免疫球蛋白家族基因
TR Gene：T细胞受体基因
TEC (To be Experimentally Confirmed)

人类和小鼠基因组的GTF文件与GENCODE计划发布的gene set文件相同。
The GENCODE project 的目标为对人类和小鼠基因组提供高质量的注释信息和实验确证。
The GENCODE gene sets被其他项目作为参考而广泛使用(如 1000 Genomes).
详细内容：https://www.gencodegenes.org/about.html


带有abinitio扩展名的文件为用Genescan和abinitio基因预测工具生成的
预测基因的注释文件