【R>>tSNE】tSNE高效降维

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参考技术A t-SNE:T-Distribution Stochastic Neighbour Embedding, T分布随机近邻嵌入。与PCA一样是常用的降维方法,其主要优势在于能保持局部结构的能力,即高维数据空间中距离相近的点投影到低维空间中仍然相近。
R语言中实现的包:Rtsne

来学习下核心函数 Rtsne() 的主要参数:

下面以常规模型构建过程中产生的risk和riskScore数据为例:

下面结合ggplot2进行绘图:

另一种降维方法:PCA,已在之前的笔记中写过。 【R>>PCA】主成分分析

参考链接:
t-SNE一种高效的降维算法

R语言plotly可视化:使用TSNE算法将数据降维到三维并使用plotly可视化降维后的数据(project data into 3D with t-SNE and px.scatter_3d)

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转录组不求人系列(五):TSNE降维分析及个性化作图

python实现TSNE检验 TSNE降维代码

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R语言plotly可视化:使用TSNE算法将数据降维到二维并使用plotly可视化降维后的数据(project data into 2D with t-SNE and px.scatter)