非Root权限-如何在linux上安装R语言？

Posted 2021-04-08 作图丫

导语

GUIDE ╲

你是否有过这样的困扰：想使用一个R包，但由于没有root权限而感到束手束脚？ 别慌……你只需要用自己的账户重新安装一款R软件，进入到自己目录下的R就可以自由安装R包啦！

背景介绍

非Root权限的账户在linux上安装R时，会遇到各种各样的问题，小编作为资深“踩坑”专家，今天就好好为大家“排排坑”！

配置环境所需文件

在配置环境时，你可能用到的文件及下载地址有（可以直接用wget+下载地址获取）：

	名称	版本	下载地址
1	R	3.5+版本均可	https://cran.r-project.org/src/base/R-3/R-3.6.2.tar.gz
2	bzip2	>=1.0.6	https://sourceforge.net/projects/bzip2/files/latest/download
3	curl	>=7.22.0	https://curl.haxx.se/download/curl-7.61.0.tar.gzYes
4	PCRE	>=8.20 & <10	https://nchc.dl.sourceforge.net/project/pcre/pcre/8.42/pcre-8.42.tar.gzYes
5	xz-lzma	>= 5.0.3	http://tukaani.org/xz/xz-5.2.3.tar.gz
6	zlib	>= 1.2.5	http://zlib.net/zlib-1.2.11.tar.gz

环境配置

01

安装R语言（以3.6.2 version为例）

首先将R-3.6.2.tar.gz下载到目录/your/path下，执行：

cd /your/path/wget https://cran.r-project.org/src/base/R-3/R-3.6.2.tar.gztar -xzvf R-3.6.2.tar.gzcd /your/path/R-3.6.2./configure --prefix=/your/path/R  --enable-R-shlib --with-readline=yes --with-libpng=yes --with-blas make -j3make install

若这步运行成功，恭喜你！可以去庆祝了！

但往往实施起来不那么顺利，可能会遇到各种各样的问题， 请带着你遇到的问题，在下面找解决方案吧……

02

问题盘点

1）.若出现这样的报错：

configure: error: "liblzma library and headers are required"

解决方式：

wget http://tukaani.org/xz/xz-5.2.3.tar.gztar -xzvf xz-5.2.3.tar.gz./configure --prefix=/your/path/xz-5.2.3make -j3make install

解决完毕后，请执行 01过程。

2）.若出现这样的报错：

checking whether PCRE support suffices... configure: error: pcre >= 8.20 library and headers are required

解决方式：

wget https://nchc.dl.sourceforge.net/project/pcre/pcre/8.42/pcre-8.42.tar.gztar -zxvf pcre-8.42.tar.gzcd pcre-8.42./configure --enable-utf8 --prefix=/your/path/pcre-8.42 # 一定要设置enable-utf8;make -j3make install

解决完毕后，请执行 01 过程。

3）.若出现这样的报错：

configure: error: libcurl >= 7.22.0 library and headers are required with support for https

解决方式：

wget https://curl.haxx.se/download/curl-7.61.0.tar.gztar -zxvf curl-7.61.0.tar.gzcd curl-7.61.0/./configure --prefix=/your/path/curl-7.61.0makemake install

解决完毕后，请执行 01 过程。

4）.若出现这样的报错：

checking whether bzip2 support suffices... configure: error: bzip2 library and headers are required

解决方式：

tar -xvzf bzip2-1.0.6.tar.gzcd bzip2-1.0.6make -f Makefile-libbz2_so#此时，需要修改Makefile文件#将CC=gcc 改为 CC=gcc -fPICmake cleanmake  install PREFIX=/your/path/bzip2-1.0.6

解决完毕后，请执行 01 过程。

5）.若出现这样的报错：

C++11 standard requested but CXX11 is not defined

解决方式：

cd /your/path/R-3.6.0/lib64/R/etc/#修改Makeconf文件参数，如下：#CXX11 = g++#CXX11FLAGS = -O2 -g $(LTO)#CXX11PICFLAGS = -fPIC#CXX11STD = 

解决完毕后，请执行 01 过程。

03

按照02遇到的问题 配置好环境后，需要再次执行01过程

当然，再次执行01步骤时可不是照搬，需要做一些修改：

cd /your/path/R-3.6.2#切记要将刚刚改动的软件lib和include路径给出来，用参数LDFLAGS传递，以bzip2,xz为例./configure --prefix=/your/path/R  --enable-R-shlib --with-readline=yes --with-libpng=yes --with-blas LDFLAGS="-L /your/path/bzip2-1.0.6/lib -L /your/path/xz-5.2.2/lib -L /your/path/bzip2-1.0.6/include  -L /your/path/xz-5.2.2/include"make -j3#此时手动修改Makeconf文件，在LDFLAGS这里加上-Wl,-rpath后面跟这两个库的路径，#仍然以bzip2,xz为例#LDFLAGS = -L /your/path/bzip2-1.0.6/lib -L /your/path/xz-5.2.2/lib -Wl,-rpath=/your/path/bzip2-1.0.6/lib  -Wl,-rpath=/your/path/xz-5.2.2/libmake instal

R语言安装成功后，就可以进入到自己路径下的R，去尽情安装你喜欢的R包啦。

安装R包命令1：

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))    install.packages("BiocManager")BiocManager::install("要安装的包")

安装R包命令2 ：

R CMD INSTALL /.../mypackage.tar.gz --library=/your/lib/path

小编总结

很多时候，我们会对一些精美的R包动心，但受限于没有root权限，无法安装使用。

但get了防坑指南的你 就不同了，尽情在你喜欢的R包中自由飞翔吧！

多区域进化分析

方法类R包

绘图类R包

软件介绍

免疫微环境文献解读

免疫浸润分析

肿瘤纯度评估工具

END

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