linux|无需解压查看压缩文件内容

Posted 2021-04-08 生信交流平台

    在linux系统下，我们如果要查看一个压缩文件里面的内容，一般我们会先解压这个文件，然后再通过cat，less，more或者head等命令来查看。当然在压缩文件很小的情况下是没有任何问题的，但是一旦压缩文件本身已经很大了，再去解压就会很耗时。今天小编给大家介绍一个linux下面的命令，在无需解压的情况下查看压缩文件的内容。

zcat是一个命令行实用程序，用于查看压缩文件的内容，而无需对其进行解压缩。 它将压缩文件扩展为标准输出，使您可以查看其内容。 另外，zcat与运行gunzip -c命令完全相同。 zcat有如下参数

-S：指定gzip格式的压缩包的后缀。当后缀不是标准压缩包后缀时使用此选项；-c：将文件内容写到标注输出；-d：执行解压缩操作；-l：显示压缩包中文件的列表；-L：显示软件许可信息；-q：禁用警告信息；-r：在目录上执行递归操作；-t：测试压缩文件的完整性；-V：显示指令的版本信息；-l：更快的压缩速度；-9：更高的压缩比。

下面给大家举两个例子

如果我们直接用cat来查看一个压缩文件，你会看到一串乱码

如果用zcat就能顺利的看到压缩文件中的内容

这条命令在查看测序的fastq.gz文件的时候特别实用，因为一般的测序数据都几十G上百G，你等解压缩好了再去看，既耗时又费劲。如果你只是想看下每条read的长度，或者查看一下index序列，统计一下reads条数等等，这种简单的任务，直接用zcat就可以了。

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