微生物组单菌株基因组规模代谢网络模型构建工具

Posted 2021-04-07 微生物组大数据挖掘

CarveMe, https://github.com/cdanielmachado/carveme

Gapseq, https://github.com/jotech/gapseq

ModelSeed, https://modelseed.org/genomes/

比较下来，ModelSeed最易用，可以在网页版直接上传基因组序列数据或者注释好的基因数据，均能实现代谢模型的自动化构建。CarveMe是python开发的，可以用命令行实现批量化构建，输入数据为注释好的基因数据。Gapseq是R语言开发的，也可以用命令行实现批量化构建，输入数据为物种的基因组序列数据，其构建速度比以上两个要慢，但根据作者的比较，Gapseq构建的模型质量要更好一些。

以上就是一些建模工具的简单总结，后续如果有机会小编会做更详细的介绍。