python读写压缩文件

Posted 2021-04-06 生信修炼手册

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对于很大的文本文件，通常会压缩之后再进行存储和传输，比如二代测序的fastsq文件，通常都是gzip压缩之后的格式。对于压缩文件的读写，通过python的内置模块也可以快速搞定。根据压缩格式的不同，提供了以下3个模块

1. gzip

gzip模块用于处理后缀为gz的压缩文件，读取gzip压缩文件的代码如下

>>> import gzip>>> with gzip.open('file.gz', 'rt') as f:...  for line in f:...  print(line)

生成gzip压缩文件的代码如下

>>> with gzip.open('file.gz', 'wt') as f:...  f.write('hello')

2.  bz2

bz2模块用于处理后缀为bz2的压缩文件，读取bz2压缩文件的代码如下

>>> import bz2>>> with bz2.open('file.bz2', 'rt') as f:...  for line in f:...  print(line)

生成bz2压缩文件的代码如下

>>> with bz2.open('file.bz2', 'wt') as f:...  f.write('hello')

3. lzma

lzma模块用于处理后缀为xz的压缩文件，读取xz压缩文件的代码如下

>>> import lzma>>> with lzma.open('file.xz', 'rt') as f:...  for line in f:...  print(line)

生成xz压缩文件的代码如下

>>> with xz.open('file.xz', 'wt') as f:...  f.write('hello')

对于压缩文件，选择压缩格式对应的模块来操作即可。

·end·

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