pheatmap行标签顺序大调整

Posted 2023-04-26

参考技术A 在科学论文中，我们经常要用到热图。我们在 热图在单细胞数据分析中的应用 比较系统地介绍了热图的一般规则。但是在实际操作中还是会遇到一些细节问题，如标签顺序。

我们知道一个好的热图，要能反映出数据规律，直觉上就是要有明显的色块。那么色块是如何来的呢？和行与列的顺序有关。如一张好的热图大概率是这样的：

但是如果我们调整顺序，他可以变成这样的：

对我们来说重要的是获得这个顺序，然后指定给绘图函数。我们以熟悉的pheatmap为例来探索一下。首先生成示例数据：

看看数据长什么样子：

默认参数：

这时的顺序是按聚类顺序来的。

不聚类时，行顺序就是我们的输入矩阵的数据顺序。

我们把行名按字母排个序。

这时候就是字母序了。

有时候，我们只想留下聚类结果，并不想展示聚类轴，怎么办呢？

最后，我们把这四张图拼在一起，对读着有个交代。

DoHeatmap clustering specific genes and not top x genes #2261
继续来看pheatmap那些有趣的事情
热图如何去掉聚类树的同时保留聚类的顺序？
【r<-ggplot2】cowplot在网格中排列图形
Arranging plots in a grid
https://github.com/satijalab/seurat/issues/2222

在 R 中的 pheatmap 单元格中显示原始数字

【中文标题】在 R 中的 pheatmap 单元格中显示原始数字

【英文标题】：Showing raw numbers in cells of pheatmap in R

【发布时间】：2022-01-22 13:03:48

【问题描述】：

好吧，我确定我有一个非常基本的问题，但我对 R 语言太陌生，无法解决它。我正在使用 pheatmap 创建一个热图，并希望在每个单元格中显示原始数字，但也对行使用缩放。问题是当我使用 display_numbers = nrow(theatmap_data) 时，它只显示转换后的缩放数字而不是原始值。

这是片段

library(pheatmap)
t(heatmap_data) -> theatmap_data
  
pheatmap((theatmap_data),cluster_rows= FALSE, cluster_cols = FALSE,
           scale ="row", display_numbers = nrow(theatmap_data))

【问题讨论】：

我假设您使用的是pheatmap 包，所以添加了代码。

【参考方案1】：

如果要在单元格内显示原始值，可以使用以下代码：

library(pheatmap)

# Generate a simple matrix
set.seed(1234)
theatmap_data <- matrix(runif(24), ncol=4)
rownames(theatmap_data) <- paste0("G", 1:6)
colnames(theatmap_data) <- paste0("S", 1:4)

# Show the content of the matrix
print(theatmap_data)
#           S1          S2        S3         S4
# G1 0.1137034 0.009495756 0.2827336 0.18672279
# G2 0.6222994 0.232550506 0.9234335 0.23222591
# G3 0.6092747 0.666083758 0.2923158 0.31661245
# G4 0.6233794 0.514251141 0.8372956 0.30269337
# G5 0.8609154 0.693591292 0.2862233 0.15904600
# G6 0.6403106 0.544974836 0.2668208 0.03999592

# display_numbers = matrix of rounded row values
pheatmap((theatmap_data),cluster_rows= FALSE, cluster_cols = FALSE,
           scale ="row", display_numbers = round(theatmap_data,2))

【讨论】：

谢谢！那效果很好。我想我不明白为什么当我尝试： display_numbers = nrow(theatmap_data) 它只显示缩放数字。但是使用 display_numbers = round(theatmap_data,2) 显示未缩放的数据。我还有很多东西要学。

@JeffNKC 嗨，杰夫。在 pheatmap 的帮助下：display_numbers: If this is a matrix (with same dimensions as original matrix), the contents of the matrix are shown instead of original values. 如果您觉得我的回答有用，请接受并投票。