一站式单细胞数据分析软件-OmniAnalyzer全功能介绍（上）

Posted 2021-08-12 Abiosciences

为了帮助更多科研人员解决单细胞数据分析与深度挖掘这一难题，百奥智汇特推出，打破以往数据分析需要很高的生信技术门槛的限制，只需在图形界面设置参数，动动鼠标即可轻松完成单细胞数据分析的全部流程。

OmniAnalyzer是一款独立的单细胞测序数据处理软件，具有多数据集集成能力，可快速、大规模地处理单细胞测序数据。它支持交互式数据可视化、自定义研究数据导入（包括比对和所有下游处理）以及专用客户端应用程序的分析功能。OmniAnalyzer在OmniBrowser的基础上加入了一些独特的分析功能，包括加载本地数据集进行分析、可定制的预处理和聚类、细胞选择和注释、基于TCR/BCR的分析、基于Total-seq的分析、交叉数据集分析等。OmniAnalyzer可在Microsoft Windows/Mac系统环境中流畅运行，简单安装后即可方便地使用。

小编将分三期为大家详细介绍OmniAnalyzer的功能及使用方法。

一、软件简介、批次效应校正、原始数据转换

二、细胞/基因过滤、标准化、细胞分群与细胞类型注释、embedding

三、差异表达分析、相关性分析、marker基因分析，轨迹推断、多组学分析

本期小编将为大家介绍第一部分的内容。

首次访问OmniAnalyzer时，需要激活码并登录。为了更有效地使用这个软件，请参考下面的步骤说明。整个过程如下所示。

软件框架  

SOFTWARE FRAMEWORK

1. Home

① Home：软件概况

② OmniAnalyzer分析流程：软件支持多种组学数据分析，包含降维、聚类、细胞类型注释、差异表达和发育路径推断等通用分析流程。

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2. 上传数据

① New Project：点击侧面New Project按钮进入数据加载界面。

② 数据类型：目前只支持单细胞转录组、免疫组库、表面蛋白和空间转录组数据，根据文件格式不同，可以通过不同的按钮将各种数据格式上传到新建项目(上传路径只支持英文字母、数字和字符)。

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3. 上传项目

① Load Project：点击侧面Load Project按钮进入项目加载界面。

② 上传项目：通过点击Load按钮即可进入之前保存的项目对数据做进一步处理。

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4. 去除批次效应

不同样本实验产生的单细胞数据可能会因为批次、实验、测序、人员等产生批次效应，批次效应的存在很可能会掩盖科学问题的真实情况，因此在数据分析过程中，准确识别样本间的批次效应并进行校正对整个研究至关重要。

① Batch Removal：点击侧面Batch Removal按钮进入去除批次效应界面。

② 算法类型：目前支持Harmony和Pegasus两种算法，或者可直接点击Merge Directly进行直接合并而无需去除批次效应。

③ 数据类型：支持单细胞转录组和表面蛋白数据。

④ 输入文件：通过点击Input Files选择需要输入的文件类型。

⑤ 输出文件：目前支持输出文件类型为：h5ad和loom。

⑥ 文件保存路径：通过点击Saving选择输出文件保存路径，然后点击Go Batch获得去除批次效应的结果。

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5. Fastq文件转换

该模块可在10分钟内将Fastq文件转换成表达矩阵应用在下游分析。

① Fastq Converter：点击侧面Fastq Converter按钮进入Fastq文件转换界面。

② Kallisto Index：上传Kallisto Index文件。

③ Transcript-to-gene mapping：上传参考基因组数据。

④ FASTQ file：上传样本的fastq文件，通常为.fastq.gz格式的文件。

⑤ 单细胞技术：可选择产生fastq文件所用的单细胞技术，如：10X V2, 10X V3等技术。

⑥ 文件保存路径：通过点击Saving选择输出文件保存路径，然后点击Start Converter进行fastq文件转换生成表达矩阵。

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6. Omni系列软件联用

OmniBrowser是百奥智汇的另一款单细胞大数据产品，两款产品联动使用便于单细胞大数据管理与挖掘。

① Open OmniBrowser：点击即可链接到OmniBrowser网站，在网站内浏览单细胞数据，也可将OmniAnalyzer分析好的单细胞数据上传到OmniBrowser中进行可视化展示及比较。

② Download From OmniBrowser：在OmniBrowser中下载单细胞数据即可进行数据分析。

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7. Help

点击Help即可跳转到详细的操作说明界面。

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8. About

点击左侧栏About按钮即可显示出软件版本等信息。

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以上就是本期针对OmniAnalyzer软件总体功能、批次效应校正及原始数据转换部分的介绍，详细的分析流程我们将在后面两期为大家一一展示，敬请期待。

OmniAnalyzer下载网址：https://www.abiosciences.com.cn/analyzer.html

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关于百奥智汇

百奥智汇是一家生命科学技术公司，致力于将单细胞机理研究平台和生物信息学大数据/AI平台充分应用于癌症等重大人类疾病的诊断和治疗。通过创建人类疾病的精准细胞图谱，充分利用自身强大的科研能力、自有平台和数据，百奥智汇将寻找具突破性的疾病诊断和治疗靶标、开发颠覆性的治疗方法。

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