云原生动态周报 |华为云主导抗疫药物筛选科研成果"神农项目"登上国际化学顶刊封面

Posted 2021-04-02 容器魔方

云原生一周精选

1——华为云主导抗疫药物筛选科研成果"神农项目"登上国际化学顶刊封面

2——安全第一？Prometheus 2.24最终在HTTP服务端点上支持TLS

3——Github单体到微服务之旅

4——CNCF云原生调查周五截止

1

-华为云主导抗疫药物筛选科研成果"神农项目"登上国际化学顶刊封面-

日前，化学信息学领域国际顶级期刊《Journal of Chemical Information and Modeling》（化学信息与建模）出版了2020年12月新冠特刊，封面为中国古代传说中神农辨药尝百草的画面。该期封面刊出的正是华为云EI医疗智能体团队主导的抗疫课题——“神农项目”前期成果：新冠病毒药物虚拟筛选在线交互Web服务。“神农项目”也是迄今为止全球最大的完全免费公开的新冠药物虚拟筛选数据库。

新型冠状病毒（COVID-19）的出现在全球范围影响了人类健康，寻找有效治愈新冠肺炎的治疗方式是临床医生和药物研发人员最紧迫的工作。计算机辅助药物筛选根据病毒靶点和小分子药物的3D结构，计算病毒蛋白与药物之间的结合能量，实现从成千上万的小分子库中筛选出与病毒结合最紧密的候选药物，从而快速为药物研究和临床试验提供方向。

为了全面、系统地评估药物对新冠病毒所有靶点蛋白的结合情况，2020年2月，华为云EI医疗智能体团队与华中科技大学同济医学院基础医学院、华中科技大学同济医学院附属武汉儿童医院、西安交通大学第一附属医院、中科院北京基因组研究所迅速成立联合团队，从新冠病毒蛋白序列开始，针对所有21个靶点蛋白进行同源建模、分子动力学模拟优化，获取靶点蛋白的3D结构，对超过8500个已上市、进入临床的小分子药物进行了约18万种药物-靶点配对情况的计算评估，让研究人员可以同时从21个蛋白的角度，综合、无偏地评估药物效果，从而为后续的药物机制研究、临床试验提供线索。

2

-安全第一？Prometheus 2.24最终在HTTP服务端点上支持TLS-

 

Prometheus团队已推出了该年度的第一个版本，从而提高了监视系统的安全性，并对其命令行工具promtool和时间序列数据库TSDB进行了一些改进。

经过几年的讨论，Prometheus 2.24是支持TLS和HTTP端点的基本身份验证的第一个版本。新增功能旨在提供一种安全地传输数据的方式，并且随着Prometheus扩展到注重隐私的企业设置中，可能是更受要求的功能之一。

在HTTP 2.24中，另一个受到相当多关注的组件是HTTP API。该团队不仅修复了一个漏洞以避免双通道关闭，而且还添加了验证以检查api / v1 / series中的匹配器是否为空，因为这可能导致早期版本中的内存使用大量增加。

为了统一API之间的行为，HTTP API现在带有对标签名称匹配器的支持，这使得它们可以过滤并允许实现一些自动完成用例。

对于TSDB，Prometheus团队决定，由于内存处理方面的某些更改，因此不再需要在压缩后立即调用运行时垃圾回收，并相应地调整了实现。在用户报告检查点不断增加的问题之后，对于压缩时间特别长的情况，它还添加了一些日志记录。

3

-Github单体到微服务之旅-

由于团队带来的所有不同文化，规范和技术堆栈，GitHub需要从根本上重新考虑他们如何进行软件开发。他们正在向微服务架构迁移，该架构使不同的团队以及系统和技术能够和谐地协同工作。

GitHub前软件工程副总裁Sha Ma谈到了GitHub如何引入微服务架构来发展其当前的Ruby on Rails整体架构以适应QCon Plus 2020的未来扩展。

GitHub通过数据分离开始了对微服务体系结构的实施-将现有数据分为功能组，并分解跨越功能域的现有查询。接下来，他们确定了核心服务以及应首先提取出的整体的重力引力，以作为其他服务的基础。

Ma提到，从整体式服务向微服务的转变不仅仅是一个架构上的决定。她表示，这实际上影响了组织中的每个开发人员，并且从根本上改变了他们的工作方式和沟通方式（康威定律）：“团队必须更加注意合约，界限和异步通信。随着团队在技术堆栈方面获得更多自治权，团队还需要做出更多决策。”

Ma说：“从大型单体架构过渡到分布式微服务架构，这是一段漫长而艰巨的旅程。” 她提到这不会是一夜之间的转变，它的范围很可能会比最初预期的要大得多，并且花费的时间会更长。她说：“这将需要文化上的转变；它将需要最佳实践方面的培训；它将需要改变您的工作方式。”

InfoQ采访了Sha Ma，讨论了GitHub为什么开始向微服务迁移，单体带来了哪些优势，他们打算如何保留它们所面临的挑战，迁移如何影响组织以及他们学到了什么。

原文链接：https://www.infoq.com/news/2021/01/monolith-microservices-github/

4

-CNCF云原生调查周五截止-

CNCF云原生调查把脉社区，以便更好地了解CNCF项目和云原生技术的采用情况。

调查结果会载入报告和大家分享，突出CNCF在各个行业中观察到的新的变化趋势。

诚邀你参与此次调查，CNCF将从参与者中选出10人送出CNCF士多$100.00礼券。

参与调查的截止日期是2021年1月15日。快速行动——请务必在今天提交你对调查的回应，并确保你的声音被听到。

手机扫描二维码答题

推荐阅读

扫描二维码 ｜ 加入技术交流群