fimo： 扫描motif时需留心的小坑

Posted 2023-04-13

参考技术A

  开始介绍工具之前，先来说一说相关的知识。首先来说一下什么motif，motif就是一种序列pattern，并不是指某一个具体的序列，而是由一组转录因子结合的位点形成的一个序列集合的pattern，你可以把它想象成字符串匹配时的正则表达式。motif扫描就是找出序列中符合pattern的具体序列，这就像用找出字符串中符合正则表达式的字符串子序列一样。
  那么对于扫描motif的功能，有不少现成的工具可以使用，使用比较多的软件有meme工具集(fimo就是这个工具集中一个软件)、homer等。这里只介绍一下fimo，这个工具就是专门用来扫描motif的软件，下面来具体说一说使用方法。

第二个需要自己准备的是fasta文件，就是你需要扫描的基因序列，一般选取基因启动子区域的序列来扫描该基因是否有转录因子结合的motif序列，fasta格式如下截图：

  虽然这个软件使用起来很简单，但是却有一个坑需要注意，就是这个软件有很多选项，可以提供很多参数，你在提供参数时一定要把可选参数放置在位置参数的前面。用我上面的示例命令来解释就是 -oc meme 参数一定要在 JASPAR2020_CORE_vertebrates_non-redundant_pfms_meme.txt test_u1kd2k_strand.fa 这两个参数的前面，如果你还有额外的参数也要放在输入文件的前面， 不然会报错无法运行！ 这一点跟其他软件不太一样，大部分软件的选项参数在前在后都不会影响位置参数，所以大家如果用这个软件的时候要注意参数的位置，以免产生误导性的错误而浪费时间。

  如果你不想麻烦， meme 官网上也提供了所有软件的在线使用，只需提供两个输入文件即可，然后提供一个接受结果的邮箱，提交完任务无需等待，因为运行完毕结果会被贴心地发送到邮件里面。emm，今天就分享到这里了。

motif分析软件-----Homer的安装

1.下载相关程序：

网址：http://homer.ucsd.edu/homer/download.html

下载其中名为configureHomer.pl的文件。

2.新建文件夹：homer

mkdir homer

3.将刚下载的pl文件移至Homer文件夹中：

mv configureHomer.pl homer

4.开始安装Homer软件：

Perl /home/lmt/desktop/homer/configureHomer.pl -install (根据自己的confihureHomer.pl所在的路径更改)

5.老生常谈，将可执行的二进制文件的路径添加至环境变量文件中

vi ~/.bashrc

6.在.bashrc文件的最后一行加上一下内容：

export PATH=/home/lmt/desktop/homer/bin:$PATH

7.激活刚刚添加的环境变量文件：

source .bashrc

8.