在ubuntu20上面安装R4

Posted 2021-07-24 生信技能树

不得不说，现在各种软件系统的版本更新都好迅速！

一般来说，新安装的ubuntu系统都太干净，缺很多库文件，下面的代码先运行一波！

sudo apt install --fix-missing libcurl4-openssl-dev libxml2-dev libgdal-dev libssl-dev libglu1-mesa-dev libmagick++-dev libudunits2-dev 

sudo apt install -y libcurl4-gnutls-dev
sudo apt install -y  libxml2-dev
sudo apt install -y  openssl 
sudo apt install -y  libssl-dev

安装最新版R语言

使用root权限（系统管理员）安装最新版的R，我们的ubuntu是20，所以选择focal这个代号，然后是cran40，全部的代码如下：

sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
sudo add-apt-repository 'deb https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/bin/linux/ubuntu focal-cran40/'
sudo apt update
sudo apt install r-base

实际上还需要使用root权限（系统管理员）安装一些R包。

安装一些R包

这里我们使用root权限（系统管理员）：sudo  R

options()$repos 
options()$BioC_mirror
#options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
options(BioC_mirror="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/")
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options()$repos 
options()$BioC_mirror

# https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GEOquery.html
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
 install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("KEGG.db",ask = F,update = F)

一般来说不会报错，然后继续安装更多的包：

BiocManager::install(c("GSEABase","GSVA","clusterProfiler" ),ask = F,update = F)
BiocManager::install(c("GEOquery","limma","impute" ),ask = F,update = F)
BiocManager::install(c("org.Hs.eg.db","hgu133plus2.db" ),ask = F,update = F)
 
options()$repos
install.packages('WGCNA')
install.packages(c("FactoMineR", "factoextra"))
install.packages(c("ggplot2", "pheatmap","ggpubr"))
library("FactoMineR")
library("factoextra")

library(GSEABase)
library(GSVA)
library(clusterProfiler)
library(ggplot2)
library(ggpubr)
library(hgu133plus2.db)
library(limma)
library(org.Hs.eg.db)
library(pheatmap)

BiocManager::install("ChAMP")

不得不说，有一些R包真的很难安装，搞了一个下午，比如ChAMP这个甲基化芯片数据处理包，如下；

我的空白ubuntu系统，全部运行完上述代码后，有327个包：

(base) jmzeng@biotrainee:/usr/local/lib/R/site-library$ du -h -d 1 |tail
404K ./ruv
3.2M ./biovizBase
4.5M ./colorspace
1.8M ./prettydoc
444K ./lazyeval
392K ./statmod
5.2M ./WGCNA
156K ./generics
8.0M ./urltools
2.9G .

配置网络服务(选修)

sudo apt install  -y nginx curl

同时需要设置好 /var/www/html 文件夹权限，就是需要增加一个 www-data 的用户组，里面包含的用户都是可以访问的。

sudo chgrp -R www-data /var/www
sudo usermod -a -G www-data  jmzeng
# sudo usermod -a -G www-data  ubuntu
sudo chmod -R 2770 /var/www/html  

同时，也需要管理ubuntu的端口，Nginx安装后，理论上IP可以在浏览器打开访问，但是要求网页端口80的开通的。

ufw是一个主机端的iptables类防火墙配置工具

sudo ufw enable # 打开防火墙
sudo ufw allow 80 ## 打开端口
sudo ufw status ### 查看防火墙状态
sudo ufw allow 8787 ## 打开端口

服务器那边打开端口才可以。

安装rstudio-server

参考：https://rstudio.com/products/rstudio/download-server/debian-ubuntu/

一定要看清楚ubuntu系统的版本哦！

sudo apt-get install gdebi-core
wget https://download2.rstudio.org/server/bionic/amd64/rstudio-server-1.3.1056-amd64.deb
sudo gdebi rstudio-server-1.3.1056-amd64.deb

在这个版本上面，我浪费了至少两个小时。安装shiny和rsutdio的服务器，官网找到最新版咯

• https://www.rstudio.com/products/rstudio/download-server/
• https://www.rstudio.com/products/shiny/shiny-server/

配置shiny权限（选修）

这个呢，基本上只有你真正需要开发自己的网页工具，才用得上哈！

sudo systemctl restart shiny-server

可能需要经常重启，安装成功之后查看端口开放情况：netstat -tln

配置用户组：

sudo groupadd shiny
sudo chgrp -R shiny  /srv/shiny-server/
sudo usermod -a -G shiny jmzeng  

一些自己开发的网页小工具，可以统一存放在 /srv/shiny-server/ 目录。

sudo chmod -R 2775 /srv/shiny-server/
cd /srv/shiny-server/
mkdir -p plot123
cd plot123
mkdir lineplot dotplot scatterplot boxplot barplot histplot pieplot density
mkdir violinplot qqplot errorplot 
mkdir veen upsetr heatmap circos volcano
mkdir genestructure 
 
cd /srv/shiny-server/ 
mkdir analysis 
cd analysis
mkdir deg det deu enrich gsea gsva wgcna timeseries pca tsne 
mkdir kmsurvival cox forest 

cd /srv/shiny-server/
mkdir database
cd database
mkdir tcga icgc ccle gtex encode roadmap 
mkdir ncbi ucsc ensembl 

cd /srv/shiny-server/
mkdir paper 
cd paper  

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