LAMMPS入门操作基础：Linux基础命令

Posted 2021-04-02 分子动力学

Linux 是一个多用户多任务的操作系统，也是一款自由软件，完全兼容POSIX标准，拥有良好的用户界面，支持多种处理器架构，移植方便，很多工作都是通过命令完成的，学好Linux，首先要掌握常用命令。

Linux系统安装：

Ubuntu16.04安装基础入门教程:

https://jingyan.baidu.com/article/3c48dd348bc005e10be358eb.html

u盘启动盘制作工具

登录Linux：

第一次使用Linux，登录的提示：

必须输入用户名（用户ID）和密码，如果没有，向管理员索要 

在登录提示处输入用户名并回车

用户名是区分大小写的，输入时要注意。然后会提示你输入密码，密码也是区分大小写的

如果用户名和密码正确，那么会成功登录，并看到上次登录信息

登录后会出现命令提示符  $  ，你可以输入其他命令

修改密码：

Linux系统通过密码来保证数据和文件的安全，防止黑客破解和攻击。通过以下方法修改密码：

输入：  password   输入目前使用的密码  输入新密码(新密码不要过于简单)    确认密码

查看目录和文件：

Linux系统中，所有的数据都被保存在文件中，所有的文件又被分配到不同的目录；目录是一种类似树的结构，称为文件系统。

通过 ls 命令来查看当前目录下的文件和目录：

查看目录和文件：

通过 ls -l 命令查看当前目录下的文件和目录更详细的信息：

第一列：文件类型。

第二列：表示文件个数。如果是文件，那么就是1；如果是目录，那么就是该目录中文件的数目。

第三列：文件的所有者，即文件的创建者。

第四列：文件所有者所在的用户组。在Linux中，每个用户都隶属于一个用户组。

第五列：文件大小（以字节计）。

第六列：文件被创建或上次被修改的时间。

第七列：文件名或目录名。

查看目录和文件：

通过 ls -l 命令列出的文件，每一行都是以 a、d、- 或 l 开头，这些字符表示文件类型：

退出登录：

工作完成，退出系统，防止个人信息泄露。logout 命令退出登录，系统自动清理有关信息并断开连接

关闭系统（关机）

注：一般情况下只有超级用户和root用户才有关闭系统的权限

创建文件：

Linux中，可以使用 vi/vim 编辑器创建一个文本文件，例如：

命令会创建文件 testlinux 并打开，按下 i 键即可进入编辑模式，向文件中写入内容。完成编辑后，可以按 esc 键退出编辑模式，输入 :wq 保存退出。

复制文件：

Linux中，可以使用 cp 命令来复制文件，例如：

在当前目录中生成与 filename 一样的 copyfile 文件

重命名文件：

Linux中，可以使用 mv 命令，语法为：

命令把当前目录内的 filename 更改为 newfile 

mv 命令其实是一个移动文件的命令，不但可以更改文件的路径，也可以更改文件名。

删除文件：

Linux中，可以使用 rm命令可以删除文件，语法为：

绝对路径和相对路径：

Linux系统目录有清晰的层次结构，/ 代表根目录，所有的目录都位于 / 下面；文件在层次结构中的位置可以用路径来表示

如果一个路径以 / 开头，就称为绝对路径；它表示当前文件与根目录的关系

不以 / 开头的路径称为相对路径，它表示文件与当前目录的关系

Linux系统，查看当前所在的目录可以使用 pwd 命令：

创建目录：

Linux系统，可以使用 mkdir 命令来创建目录，语法为：

dirname 可以为绝对路径，也可以为相对路径

会在 /tmp 目录下创建 test-dir 目录。

mkdir 成功创建目录后不会输出任何信息，可以通过ls命令查看

进入不同目录：

Linux中，可以使用 cd 命令可以访问不同目录，语法为：

查看文件权限：

通过 ls -l 命令查看与文件权限相关的信息：

第一列的字符可以分为三组，每一组有三个，每个字符都代表不同的权限，分别为读取(r)、写入(w)和执行(x)：

第一组字符(2-4)表示文件所有者的权限，-rwxr-xr-- 表示所有者拥有读取(r)、写入(w)和执行(x)的权限。

第二组字符(5-7)表示文件所属用户组的权限，-rwxr-xr-- 表示该组拥有读取(r)和执行(x)的权限，但没有写入权限。

第三组字符(8-10)表示所有其他用户的权限，rwxr-xr-- 表示其他用户只能读取(r)文件。

文件访问模式：

文件权限是Linux系统的第一道安全防线，基本的权限有读取(r)、写入(w)和执行(x)：

读取：用户能够读取文件信息，查看文件内容

写入：用户可以编辑文件，向文件写入或删除文件内容

执行：用户可以将文件作为程序来运行

目录访问模式：

目录的访问模式和文件类似，但是稍有不同：  

读取：用户可以查看目录中的文件 

写入：用户可以在当前目录中删除文件或创建文件 

执行：执行权限赋予用户遍历目录的权利，例如执行 cd 和 ls 命令

改变权限：

可以使用 chmod (change mode) 命令来改变文件或目录的访问权限，权限可以使用符号或数字来表示。

命令行终端切换screen：

用户可以通过该软件同时连接多个本地或远程的命令行会话，并在其间自由切换。screen可以看作是窗口管理器的命令行界面版本。它提供了统一的管理多个会话的界面和相应的功能。

在screen环境下，所有的会话都独立的运行，并拥有各自的编号、输入、输出和窗口缓存。用户可以通过快捷键在不同的窗口下切换，并可以自由的重定向各个窗口的输入和输出。

只要screen本身没有终止，在其内部运行的会话都可以恢复。对于远程登录的用户特别有用——即使网络连接中断，用户也不会失去对已经打开的命令行会话的控制。只要再次登录到主机上执行screen –r 就可以恢复会话的运行。

screen语法：

screen [-AmRvx -ls -wipe][-d <作业名称>][-h <行数>][-r <作业名称>][-s ][-S <作业名称>]

-A　  将所有的视窗都调整为目前终端机的大小。

 -d       <作业名称> 　将指定的screen作业离线。

 -h       <行数> 　指定视窗的缓冲区行数。 

-m 　 即使目前已在作业中的screen作业，仍强制建立新的screen作业。 

-r        <作业名称> 　恢复离线的screen作业。 

-R 　  先试图恢复离线的作业。若找不到离线的作业，即建立新的screen作业。 

-s　   指定建立新视窗时，所要执行的shell。 

-S        <作业名称> 　指定screen作业的名称。 

-v 　   显示版本信息。 

-x 　   恢复之前离线的screen作业。 

-ls或--list　显示目前所有的screen作业。 

-wipe 　检查目前所有的screen作业，并删除已经无法使用的screen作业。

Linux环境变量：

登录Linux系统后，Shell会有一个初始化的过程，用来设置环境变量。这个阶段，Shell会读取 /etc/profile 和 .profile 两个文件，过程如下：

  Shell首先检查 /etc/profile 文件是否存在，如果存在，就读取内容，否则就跳过，但是不会报错。 

然后检查你的主目录（登录目录）中是否存在 .profile 文件，如果存在，就读取内容，否则就跳过，也不会报错。

读取完上面两个文件，Shell就会出现 $ 命令提示符：

出现这个提示符，就可以输入命令并调用相应的程序了。

profile文件：

etc/profile文件包含了通用的Shell初始化信息，由Linux管理员维护，一般用户无权修改。 

但是用户可以修改主目录下的 .profile 文件，增加一些个人的初始化信息，包括：  

设置默认终端类型和外观样式

设置 Shell 命令查找路径，即PATH变量 

设置命令提示符

找到主目录下的 .profile文件，使用 vi 编辑器打开并查看内容

设置PATH变量：

在命令提示符下输入一个命令时，Shell 会根据 PATH 变量来查找该命令对应的程序，PATH变量指明了这些程序所在的路径。  

MD软件常用的环境变量的设置如下：