LSF - bsub提交的任务关掉了，bjob查看job还在RUN？

Posted 2021-06-08 王万林 Ben

LSF - bsub提交的任务关掉了，bjob查看job还在RUN？

---

文章目录

• LSF - bsub提交的任务关掉了，bjob查看job还在RUN？
• 前言
• 一、原因
• 二、解决方法
• • 步骤1：增加组
  • 步骤2：配置cgred
  • 步骤3：重启
• 三、支持平台
• 总结
• 参考资料

---

前言

HPC环境下，使用打开cgroup的LSF集群，经常会出现这样的情况：bsub提交了一个gnome-terminal，用完之后将gnome-terminal关掉了，这个job还在运行。

通过bjobs -l <JOB ID>查看到执行机，然后登陆上去看，发现有dbus-luanch与dbus-daemon两个进程在运行。正因为这两个进程还在运行，导致LSF判断job还在运行。

---

一、原因

有些应用，像GUI应用，在后台会留下子进程。这样的LSF job会保持RUN状态，就算是将该应用关掉。
原因是在打开了cgroups的LSF，它会等待每一个进程完成后，才判定job为DONE状态。

二、解决方法

解决这个问题，在执行机需要打开cgred，通过适当的配置将残余的进程移到其它子组(sub-group)，如此LSF就不会认为它是job的一部分，这样用户的任务结束job就能正常显示Done。

步骤1：增加组

配置一个永久组，我们叫它leftprocess

sudo vim /etc/cgconfig.conf
group leftprocess {
cpuacct {}
memory {}
freezer {}
cpuset {}
}

步骤2：配置cgred

修改配置文件，使cgred将残余进程移到子组（dub-group）。（在这里我假设残余进程是dbus-daemon）

sudo vim /etc/cgrules.conf

*:dbus freezer,memory,cpuacct leftprocess/

步骤3：重启

重启cgroup与cgred以让配置生效。

sudo sysemctl restart cgconfig

sudo systemctl restart cgred

三、支持平台

---

总结

以上就是在打开cgroups的LSF集群中，处理残余进程的方法。
如有疑问，欢迎留言沟通。

参考资料

https://www.ibm.com/support/pages/how-move-some-child-processes-forked-applications-gui-out-lsf-control-when-cgroup-enabled-cluster
https://www.ibm.com/support/pages/node/632289