（基因分析黑科技）基于基数排序算法实现的samtools sort

Posted 2021-05-01 生信开发者

        samtools sort的默认内排序算法是来自klib中ksort.c里的ks_mergesort。其实有很大改进提速空间。本人的小伙伴xubl实现了一个基数排序算法，本人在此做了代码整理，既有独立的bamRadisSort，同时也实现了与samtools的无缝整合（可将本人github下的bam_sort.c替换原生samtools的bam_sort.c然后再编译samtools，这样编译出来的samtools sort就是基于基数排序），编译后相比samtools 至少提速30%以上，结果无差别。

        代码已开源在github上，有兴趣的可下载编译后测试下，测试的同学注意下内存分配问题，原则上内存足够的话，内存排序速度是要远大于外排序的。

https://github.com/xiongxu/bamRadixSort