NII文件和nrrd文件的随意转换

Posted Mario cai

tags:

篇首语:本文由小常识网(cha138.com)小编为大家整理,主要介绍了NII文件和nrrd文件的随意转换相关的知识,希望对你有一定的参考价值。

import os
from glob import glob
import numpy as np
import vtk


def readnrrd(filename):
    """Read image in nrrd format."""
    reader = vtk.vtkNrrdReader()
    reader.SetFileName(filename)
    reader.Update()
    info = reader.GetInformation()
    return reader.GetOutput(), info


def writenifti(image,filename, info):
    """Write nifti file."""
    writer = vtk.vtkNIFTIImageWriter()
    writer.SetInputData(image)
    writer.SetFileName(filename)
    writer.SetInformation(info)
    writer.Write()


if __name__ == '__main__':
    baseDir = os.path.normpath(r'C:\\Users\\Admin\\Desktop\\EGFR total\\EGFRzhong\\EGFRzhong\\data\\0')
    files = glob(baseDir+'/*.nrrd')
    for file in files:
        m, info = readnrrd(file)
        writenifti(m,  file.replace( '.nrrd','.nii.gz'), info)

以上是关于NII文件和nrrd文件的随意转换的主要内容,如果未能解决你的问题,请参考以下文章

python包NiBabel对医学影像文件格式进行读写并可视化实战:查看和显示.nii.gz.nii文件

多个单张IMA转一个nii

多个单张IMA转一个nii

多个单张IMA转一个nii

加载 nii.zip(压缩)3d 分割文件

使用SimpleITK读取保存处理nii文件