conda无法安装与更新
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篇首语:本文由小常识网(cha138.com)小编为大家整理,主要介绍了conda无法安装与更新相关的知识,希望对你有一定的参考价值。
我的 anaconda command prompt 闪退怎么办?
参考技术A 1、打开anaconda command prompt。 2、输入co籂盯焚故莳嘎锋霜福睛nda install xxx就可以了 3、比如要下载numpy,只需要输入conda install numpy,然后选y就ok了。追问我的anaconda command prompt 闪退怎么办?
本回答被提问者采纳在安装 conda 包期间更新 @INC 变量
【中文标题】在安装 conda 包期间更新 @INC 变量【英文标题】:Updating the @INC variable during installation of a conda package 【发布时间】:2019-07-03 17:14:15 【问题描述】:我正在尝试安装 Perl 模块的 conda 包。到目前为止,我可以使用conda-build
创建包。为此,我有一个包含 build.sh
和 meta.yaml
文件的配方。
然后我在新环境中使用conda-install
安装它,我希望能够运行位于我刚刚安装的 Perl 模块中的一些 Perl 脚本。
所有这些步骤都运行良好,但是当我运行一些脚本时,我有一个错误提示:
Can't locate PMP/util.pm in @INC (you may need to install the PMP::util module) (@INC contains: /.autofs/home/antoine/anaconda2/envs/testCustomChannel/lib/site_perl/5.26.2/x86_64-linux-thread-multi /.autofs/home/antoine/anaconda2/envs/testCustomChannel/lib/site_perl/5.26.2 /.autofs/home/antoine/anaconda2/envs/testCustomChannel/lib/5.26.2/x86_64-linux-thread-multi /.autofs/home/antoine/anaconda2/envs/testCustomChannel/lib/5.26.2 .)
如您所见,当我执行 Perl 时,似乎无法识别我的 Perl 模块的某些模块。我知道要解决此问题,我可以修改 @INC 变量并将 bin/ 添加到 PATH 并将 lib/ 添加到 PERL5LIB,但我需要在安装模块期间自动执行此过程。
我真的不知道应该在哪里修改环境变量。在创建包的过程中,例如在build.sh
中添加一些东西?或者我应该在安装过程中管理它,如果是这样,我该怎么做?
任何建议将不胜感激,
谢谢
编辑:
meta.yaml =>
% set name = "module_name" %
% set version = "0.8.3" %
package:
name: " name "
version: " version "
source:
git_url: ssh://git@adress/bspcore/perl_module.git
build:
number: 0
requirements:
host:
- perl
- perl-extutils-makemaker
run:
- perl
about:
home: xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
license: xxx
license_family: xxx
summary: xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
Build.sh =>
#!/bin/bash
if [ -f Build.PL ]; then
perl Build.PL
perl ./Build
# Make sure this goes in site
perl ./Build install --installdirs site
elif [ -f Makefile.PL ]; then
# Make sure this goes in site
perl Makefile.PL INSTALLDIRS=site
make
make install
else
echo 'Unable to find Build.PL or Makefile.PL. You need to modify build.sh.'
exit 1
fi
chmod u+rwx $PREFIX/bin/*
echo "$PREFIX"
编辑 2:
另一个可以帮助你们更好地了解我的情况的编辑。我刚刚意识到,当我构建包时,我的 perl 模块的 lib 文件夹中有 PMP::util
位于 lib/site_perl/5.26.0/Perl_Module
下。我很确定如果我能够将它直接安装在lib/
文件夹下,它将解决这个问题。但是我不确定如何修改 build.sh 文件来修改我们构建 perl 模块的位置。
【问题讨论】:
你是如何安装 perl 5.26.2 的?您正在运行哪些脚本?你是如何运行它们的? Perl 安装:在 meta.yaml 中,我的要求run/host
字段中有 -perl
。我在我的 perl 模块的 t/ 文件夹中运行了一个测试。我通过运行来调用它:perl <path_to_my_script.t>
。 PS:我要编辑我的问题以添加 build.sh 和 meta.yaml 文件:)
感谢您的更新。我之前没有使用过conda
,但我想尝试一下。我可以从某处下载您创建的 conda 包吗?然后我可以尝试在我的机器上安装它
我很想这样做,但它是我公司的 perl 模块。我不能分享给任何人...
【参考方案1】:
下面是一个简单示例,说明如何创建一个 conda 包来安装 Perl 模块(依赖于 CPAN 模块),它可能会帮助您解决问题:
在 Linux 上安装 miniconda
$ wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
$ bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
# NOTE: I answered "yes" on the question:
# "Do you wish the installer to initialize Miniconda3 ?" in the
# previous command. This will modify ~/.bashrc
$ source ~/.bashrc # activates base environment
# Next command: Do not automatically activate conda for every terminal window,
# instead run "conda activate" from a given terminal window to
# activate locally. The following command also creates ~/.condarc
$ conda config --set auto_activate_base False
创建包:
perl-hello/meta.yaml:
package:
name: perl-hello3
version: "1.0"
source:
path: ../src # NOTE: if you had put "src" in same folder as "meta.yaml",
# conda-build would have include the src folder in info/recipe in
# the generated package. It is not necessary to include the
# source code in the generated package.
requirements:
build:
- perl >= 5.22
- make
run:
- perl >= 5.22
about:
license: Artistic
summary: Simple perl function
../src/:
$ tree ../src
../src
├── lib
│ └── My
│ └── Module.pm
└── Makefile.PL
../src/Makefile.PL:
use utf8;
use ExtUtils::MakeMaker;
WriteMakefile(
MIN_PERL_VERSION => 5.022000,
NAME => 'My::Module',
VERSION_FROM => 'lib/My/Module.pm',
PREREQ_PM =>
'ExtUtils::MakeMaker' => '7.12',
'Data::Dump' => 0,
,
ABSTRACT_FROM => 'lib/My/Module.pm',
AUTHOR => 'Håkon Hægland <hakon.hagland@gmail.com>',
LICENSE => 'perl',
);
../src/lib/My/Module.pm:
package My::Module;
our $VERSION = 0.01;
use strict;
use warnings;
use Exporter qw(import);
our @EXPORT = qw(hello);
our @EXPORT_OK = @EXPORT;
use Data::Dump;
sub hello
print "Hello world!\n";
my $str = "Testing Perl module Data::Dump";
dd $str;
1;
build.sh:
# PERL_MM_USE_DEFAULT=1 -> automatically answer "yes" on config questions
PERL_MM_USE_DEFAULT=1 cpan App::cpanminus
perl $PREFIX/bin/cpanm Data::Dump
perl Makefile.PL INSTALLDIRS=site
make
make install
请注意,我使用perl $PREFIX/bin/cpanm
运行cpanm
。我无法简单地以cpanm
运行它,请参阅Can you rely on the shebang of an installed command during build? 了解更多信息。
构建包
$ conda-build .
(记下生成的输出,并确定生成包的路径。在我的例子中,路径名称是:
/home/hakon/miniconda3/conda-bld/linux-64/perl-hello3-1.0-pl526_0.tar.bz2
上传包到anaconda服务器
在Anaconda Cloud注册一个新用户
安装客户端
$ conda install anaconda-client
登录您的帐户:
$ anaconda login
上传生成的包:
$ anaconda upload /home/hakon/miniconda3/conda-bld/linux-64/perl-hello3-1.0-pl526_0.tar.bz2
测试包(可以在任何 linux 机器上完成):
创建一个新环境:
$ conda create --name perltest
$ conda activate perltest
在新环境下安装包:
$ conda install -c hakonhagland perl-hello3
# Alternatively: You can test the package locally before uploading with
# "conda install --use-local perl-hello3"
测试包:
$ perl -E 'use My::Module; hello'
Hello world!
"Testing Perl module Data::Dump"
【讨论】:
您好,感谢您抽出宝贵时间帮助我解决此问题。你的回答很有帮助!我将解决它以使我的 Perl 模块正常工作。 我很难理解path : ../src
。我一直有一个错误,比如说它不能复制我的 perl 模块的内容。我试图效仿你的榜样。虽然我的情况没有这个问题,因为源代码来自 GitHub :) 但是我仍然无法让它工作,我尝试复制你的小教程,但似乎你把 perl 模块的路径相对于食谱文件夹对吗?
通过使用path: ../src
,我避免将源代码合并到生成的 conda 包中。如果我将src
文件夹与build.sh
放在同一文件夹中,然后在meta.yaml
中使用path: src
,conda-build
将在生成的包中包含info/recipe
中的src
文件夹。
@AntMau 我已更新我的答案以包括从 Anaconda Cloud 安装。现在你可以使用conda install -c hakonhagland perl-hello3
测试我的包,如果你愿意的话!
你好,我又来找你了。我按照你的教程从头开始安装包。我已经能够做到,但我找不到Data::Dumper in @INC
。首先,如果在 build.sh 我有 perl $PREFIX/bin/cpanm Data::Dump
,则构建失败,说文件 cpanm
不存在。我看了看,实际上我有一个cpan
脚本,但没有cpanm
脚本。如果我改用perl $PREFIX/bin/cpan Data::Dump
,则构建工作很艰难,但在那之后,如果我尝试通过运行$ perl -E 'use My::Module; hello'
测试模块,我有这个错误:Can't locate Data/Dump.pm in @INC
以上是关于conda无法安装与更新的主要内容,如果未能解决你的问题,请参考以下文章
如何修复无法在 Conda 上加载本机 Tensorflow 运行时