Linux根据基因ID提取fasta序列
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篇首语：本文由小常识网(cha138.com)小编为大家整理，主要介绍了Linux根据基因ID提取fasta序列相关的知识，希望对你有一定的参考价值。
参考技术A
提取出符合条件的20行序列
grep -A20 + Gene ID + fasta
sh 从CDS #fasta中提取fasta序列
exon_file="N2_GFF_WS245/CDS.gff.gz"
reference="reference/c_elegans.PRJNA13758.WS245.genomic.fa"
paste <(gunzip -kfc ${exon_file}) <(bedtools getfasta -fi ${reference} -bed ${exon_file} -tab -fo -) | grep 'WormBase'
以上是关于Linux根据基因ID提取fasta序列的主要内容，如果未能解决你的问题，请参考以下文章
GENES模块---批量的引物设计、批量的序列提取以及批量翻译
WSL 一行命令 快速合并文件 Fasta Fas合并
BioNano生物纳米分子的“原始数据到完成装配和组装分析”管线与基于序列的基因组FASTA映射
基因组注释之软件使用
scikit-bio 从 gff3 文件中提取基因组特征
请教如何从FASTA文件中批量查找序列