Java生物信息- 判断碱基有没有连续的重复序列

Posted 2020-08-25

连续的四个碱基的重复

不能判断是否有多个碱基的重复

public class TestConsecutiveBases{

  public static void main (String[] args) {
    java.util.Scanner input = new java.util.Scanner(System.in);
    
    System.out.print("Enter the number of values: ");
    String DNASeq = input.nextLine();
    
    if (isConsecutiveFour(DNASeq))
      System.out.println("The series has consecutive four bases");
    else
    	System.out.println("The series has no consecutive four bases");
  }

  public static boolean isConsecutiveFour(String T) { 
	char[] DT = T.toCharArray();   
    for (int i = 0; i < DT.length - 3; i++) {
      boolean isEqual = true;        
      for (int j = i; j < i + 3; j++) {
        if (DT[j] != (DT[j + 1])) {
          isEqual = false;
          break;
        }
      }
     
      if (isEqual) return true;
    }
    
    return false;
  }
}