服务器安装新版本R及Seurat方法

Posted 2023-04-26

参考技术A Seurat需要很多新的依赖包，否则会安装失败。服务器为CentOS版本。

目前报错的，未完成安装的依赖包有：httr,leiden,plotly,reticulate,SeuratObject.

目前已更新的依赖包包括：

openssl：sudo yum install openssl openssl-devel。更新后可以完成安装httr包。

gcc+版本（本步骤目的为安装RcppTOML）：

首先安装：sudo yum install centos-release-scl scl-utils-build -y

之后运行：sudo yum list all --enablerepo='centos-sclo-rh' | grep "devtoolset-"，查看可用的版本。查看到最新版本为9

之后运行：sudo yum install devtoolset-9-toolchain -y，完成安装

启动：sudo scl enable devtoolset-9 bash（永久启动：echo "source /opt/rh/devtoolset-8/enable" >>/etc/profile，但是没有权限）

这样之后，在启动了devtoolset9的情况下，RcppTOML终于装上了！

geos(for rgeos)安装：sudo yum install geos geos-devel

这些都搞完后，最后成功安装了Seurat。

安装新版本 R 的无痛方式？

【中文标题】安装新版本 R 的无痛方式？

【英文标题】：Painless way to install a new version of R?

【发布时间】：2010-11-26 23:28:38

【问题描述】：

Andrew Gelman recently lamented the lack of an easy upgrade process for R（在 Windows 上可能比在 Linux 上更相关）。从安装软件到复制所有设置/包，是否有人有一个很好的升级技巧？

这个建议包含在 cmets 中，也是我最近一直在使用的。首先安装新版本，然后在旧版本中运行：

#--run in the old version of R
setwd("C:/Temp/")
packages <- installed.packages()[,"Package"]
save(packages, file="Rpackages")

在新版本中紧随其后：

#--run in the new version
setwd("C:/Temp/")
load("Rpackages")
for (p in setdiff(packages, installed.packages()[,"Package"]))
install.packages(p)

【问题讨论】：

这里使用的解决方案的最新程度如何？

我最近用过，效果很好。

***.com/questions/13656699/update-r-using-rstudio

【参考方案1】：

为了完整起见，有一些方法可以防止您遇到此问题。正如 Dirk 所说，将您的软件包保存在计算机上的另一个目录中。

install.packages("thepackage",lib="/path/to/directory/with/libraries")

您也可以使用函数.libPaths 更改默认的.Library 值

.libPaths("/path/to/directory/with/libraries")

这会将此路径作为.Library 变量中的第一个值，并将其设为默认值。

如果您想进一步自动化此操作，您可以在 Rprofile.site 文件中指定它，您可以在 R 构建的 /etc/ 目录中找到该文件。然后它会在每次 R 加载时自动加载，您不必再担心了。您可以从指定目录安装和加载包。

最后，我的 Rprofile.site 中包含一些小代码，允许我在安装新的 R 版本时重新安装所有软件包。您只需在更新到新的 R 版本之前列出它们。我使用包含所有包的更新列表的 .RData 文件来做到这一点。

library(utils)

## Check necessary packages
load("G:\Setinfo\R\packagelist.RData") # includes a vector "pkgs"
installed <- pkgs %in% installed.packages()[, 'Package']
if (length(pkgs[!installed]) >=1)
  install.packages(pkgs[!installed])

我通过在我的 Rprofile.site 中指定 .Last() 来创建 packagelist.RData。如果我安装了一些，这会更新软件包列表：

.Last <- function()
  pkgs <- installed.packages()[,1]
  if (length(pkgs) > length(installed))
    save(pkgs,file="G:\Setinfo\R\packagelist.RData")
  

当我安装新的 R 版本时，我只需将必要的元素添加到 Rprofile.site 文件中，然后重新安装所有包。无论如何，我必须调整 Rprofile.site（使用总和对比，为 Tinn-R 添加额外的代码，这些东西），所以这并不是真正的额外工作。只是需要额外的时间重新安装所有软件包。

这最后一点等同于原始问题中给出的解决方案。我只是不必担心首先获得“已安装”列表。

同样，如果您的软件包不是从 CRAN 安装的，这将无法完美运行。但是这段代码很容易扩展以包含这些代码。

【讨论】：

@Prasad：谢谢。答案有点过时了，R 2.12 并进一步自动将您自己安装的包保存在主 R 树之外的标准库中的某个位置。所以你现在要做的就是确保你找到那个库并链接到它，如果这不是自己发生的。

@428790：我在哪里可以找到你提到的那个库？

@DanielKrizian 查看内部对象.Library中的默认值。就我而言，如果未更改，它会指向 R 安装文件夹（我特别不喜欢，但很好）

【参考方案2】：

如果您使用的是 Windows，您可能需要使用 installr 软件包：

install.packages("installr")
require(installr)
updateR()

最好的方法是使用 RGui 系统。您的所有包裹都将转移到新文件夹，旧的包裹将被删除或保存（您可以选择其中一个）。 然后，一旦您再次打开 RStudio，它会立即识别出您使用的是更新版本。对我来说，这就像一种魅力。

More info on installr here.

【讨论】：

通过github安装的包呢？

需要说明的是，这是针对Windows的。

【参考方案3】：

两个快速建议：

使用 Gabor 的 batchfiles，据说它包含帮助例如此批量库重定位。警告：我没有使用它们。

不要在已安装 R 版本的“文件树”中安装库。在 Windows 上，我可以将 R 放入 C:/opt/R/R-$version 但使用以下 sn-p 将所有库放入 C:/opt/R/library/ 因为它首先缓解了问题：

$ cat .Renviron         # this is using MSys/MinGW which looks like Cygwin  
## Example .Renviron on Windows    
R_LIBS="C:/opt/R/library"

【讨论】：

我想知道将包从 R 2.8 转移到 R.9 是否会导致任何问题？还是只要在新版本中做一个 update.packages 就一切都好？

我这样做已经有一段时间了，没有遇到任何问题。 R 通常是“向前兼容的”。而 IIRC 只有一次升级（可能是 R 1.9 -> R 2.0）需要重建所有库。

我通常也只是将我的库文件夹复制到我的新安装并运行 update.packages。它似乎工作正常。然而，可选的安装文件夹更加优雅。

只是指出 - 我已经添加了一个答案，R 代码执行 Dirk 的建议（适用于 R windows 用户）

【参考方案4】：

如果您有不是来自 CRAN 的软件包，上述建议的方法将无法完全工作。例如，个人包或从非 CRAN 站点下载的包。

我在 Windows 上的首选方法（将 2.10.1 升级到 2.11.0）：

安装 R-2.11.0 复制R-2.10.0/library/*到R-2.11.0/library/ 对询问您是否可以覆盖的提示回答“否”。 启动 R 2.11.0 运行R命令update.packages()

【参考方案5】：

关于问题中给出的解决方案，如果您已经安装了新版本，运行旧版本的 R 可能并不容易。在这种情况下，您仍然可以从以前的 R 版本中重新安装所有丢失的包，如下所示。

# Get names of packages in previous R version
old.packages <- list.files("/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library")

# Install packages in the previous version. 

# For each package p in previous version...
    for (p in old.packages) 
      # ... Only if p is not already installed
      if (!(p %in% installed.packages()[,"Package"])) 
        # Install p 
        install.packages(p) 
      
    

（请注意，第一行代码中list.files() 的参数应该是您之前R版本的库目录的路径，之前版本中的所有包文件夹都在其中。在我目前的情况下，这是"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library"。如果您之前的 R 版本不是 3.2，或者您使用的是 Windows，这将有所不同。）

if 语句确保一个包没有安装如果

它已经安装在新的 R 版本中，或者 已作为依赖项安装在之前的 for 循环迭代中安装的包中。

【讨论】：

这解决了我的问题，谢谢！这个问题可能听起来有点傻，但是我可以删除旧库吗？

【参考方案6】：

按照 Dirk 的建议，这里有一些 R 代码可以在 Windows 上执行此操作：How to easily upgrade R on windows XP

更新（15.04.11）：我写了一篇关于这个主题的帖子，解释了如何处理upgrading R on windows 7的常见问题

【讨论】：

对于最新版本的 R，Tal 有一个名为 installr 的包，它可以自动执行此过程（目前仅在 Windows 上）r-statistics.com/tag/installr 或 github.com/talgalili/installr

从 C:\Program Files\R\R-3.6.0\bin\i386 运行 Rgui.exe 并将代码写入控制台：install.packages(installr); library(installr); updateR(TRUE)。最后，出现[1] TRUE。通过 Galili 的优秀软件包，我非常轻松地从 R 3.6.0 传递到 R 3.6.1。谢谢塔尔。

【参考方案7】：

两种选择：

实施我的回答here 如果你在 Eclipse 下使用 R 和 StatET，打开 Run Configurations，点击 Console 选项卡并在名为 R sn-p run after startup 在您选择的目录中添加这一行：.libPaths("C:/R/library")

【参考方案8】：

我在 Windows 8 上，由于某些奇怪的原因，我永远无法使用我的互联网连接安装软件包。

我通常使用 CRAN 的 .zip 文件安装它。

在我从 R 3.2.5 升级到 R 3.3.1 之后。

我只是从

复制了包

C:\Path\to\packa\R\win-library\3.2 到 C:\Path\to\packa\R\win-library\3.3。

然后我重新启动了 R 会话。工作完美。 我还没有检查是否所有的包都运行良好。 但是，我检查的那些工作得很好。 希望这个技巧适用于所有人。

干杯。

【参考方案9】：

如果您有远见，接受的答案可能会起作用，但我已经摆脱了旧版本，因此无法遵循这些指示。 下面描述的步骤适用于从 2.1 和 3.1 升级 OSX。

更新：要获取最新版本的目录（而不是输入 3.1 或 3.2），您可以使用以下命令。第二个直接转换为 R 变量，跳过 . 和 .. 和 .DS_Store，使用：

OLD=$(ls -d /Library/Frameworks/R.framework/Versions/*.* |tail -n 2 | head -n 1)Resources/library/
echo "packages = c(\"`ls $OLD | tail +4| paste -s -d ',' - | sed -E 's|,|\",\"|'g`\")" | tr -d "/" 

（在末尾添加|pbcopy，直接复制到你的Mac剪贴板）

然后在 R 中，您可以粘贴生成的变量。一旦在新版本的 R 中定义了这一点，您就可以按照上面的说明遍历已安装的包...

for (p in setdiff(packages, installed.packages()[,"Package"]))
   install.packages(p, dependencies=TRUE, quiet=TRUE, ask=FALSE)

【参考方案10】：

对我来说这个页面很好 https://www.r-statistics.com/2013/03/updating-r-from-r-on-windows-using-the-installr-package/ 要么 另一个选项是只安装新选项，然后在最后放置，例如在我的电脑中的 Windows 中

.libPaths(c( "D:/Documents/R/win-library/3.2", "C:/Program Files/R/R-3.2.3/library", "C:/Program Files/R/R-3.2.0/library", “D:/Documents/R/win-library/2.15” )

在我的情况下，上一个版本的每个路径我总是把第一个路径是固定的“D：/Documents/R/win-library/3.2” 然后我放了另一个，因为您不需要复制或移动任何包，在我的建议中只需调用它

【参考方案11】：

linux + bash + debian + apt 用户：

如果您要安装/升级到最新版本的 R，那么我们可能会假设您拥有 root 权限。 （不是必需的，只是使过程更简单；为了保持一致性，下面的脚本使用sudo 进行all 安装。） 由于R 包也由root 安装，因此可以将它们放在/usr/local/ 中。

下面对curl 的调用假定您已经对R 的sid 版本感兴趣，这是最新的不稳定 版本（在构建/检查R 包时需要) 即

cat /etc/apt/sources.list | grep 'sid' || exit 1

虽然这可以很容易地用最近的稳定版本替换，例如buster。

请注意，我没有像typically recommended那样使用key。这不是必需的，特别是如果（如下面的脚本中）我们在R 本身（下面的Rscript -e）安装包within。此外，此类密钥往往每隔几年就会损坏/更换。因此，当然欢迎您在文件R.sh 中添加以下前言：

sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com \ --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9

R 包 的array 显然并不详尽，但提供了一些我个人认为有用的示例。使用debian 包r-recommended 进行全新安装/升级，如下所示，应该提供所有标准“推荐”包的最新版本（例如survival）。我相信 CRAN 版本和相关debian 包的更新之间可能会有一点延迟。因此，如果必须拥有最新版本的“推荐”R 软件包，您可能希望将其中的一些添加到下面的 array。

在下面的过程中安装的 debian 包 也不是必需的（用于使用r-base）也不是详尽的，但提供了一个否。 “附加组件”对于合理的数量很重要。 R 个包。

无论如何...将以下内容放入R.sh：

sudo apt update && sudo apt --yes full-upgrade
sudo apt install --yes libappstream4 curl
### ov1 = online version; lv1 = local version (i.e. currently installed)
ov1=$(curl --silent --url https://packages.debian.org/sid/r-base |
    grep 'meta name=\"Keywords\"' |
    grep --only-matching '[0-9].*[0-9]') ; echo $ov1
## command -v = print a description of COMMAND similar to the `type' builtin
## && = if prior command succeeds, then do; || = if prior fails, then do
command -v 'R --version' &&
    lv1=$(R --version |
              grep --only-matching '[0-9\.]*[0-9]' |
              ## || = otherwise
              head -1) ||
        lv1=0
## 'lt' = less than
if dpkg --compare-versions "$lv1" 'lt' "$ov1" 
then ## declare -a = indexed array
     declare -a deb1=('r-base' 'r-base-dev' 'r-recommended')
     for i in "$deb1[@]"
     do sudo apt install --yes "$i"
     done
fi
### certain Debian packages are required by 'R' so best have these first
sudo apt install --yes ccache libcairo2-dev libxml2-dev libcurl4-openssl-dev \
     libssl-dev liblapack-dev libssl-dev
declare -a pkg1=('data.table' 'ggplot2' 'knitr' 'devtools' 'roxygen2')
## installing as 'root' so these are installed in
Rscript -e ".libPaths()[1]"
for i in "$pkg1[@]"
do sudo Rscript -e "install.packages('$i', dependencies=TRUE)"
done
### other useful additions
sudo apt install --yes libblas-dev libboost-dev libarmadillo-dev \
     jags pandoc pandoc-citeproc 
sudo apt update && sudo apt full-upgrade

然后执行它，例如假设已经在目录中：source R.sh。

安装包（无论是debian 还是R）一个接一个 在shell 的循环中有点低效，但允许更简单地跟踪错误，恕我直言。可能需要一些时间，具体取决于否。的R 包，所以可能最简单的方法是让它在一夜之间运行......

【讨论】：

不确定为什么“生存”出现在补充包列表中。 （很可能我误导了这个 bash 脚本。）它一直是“推荐”的包，因为......永远。如果您没有使用该脚本安装所有推荐的软件包，则应该对其进行修改。还认为任何使用 linux 的人都需要 r-base-devel 包集。为什么不添加 Michael Rutter 的 PPA？

谢谢！根据您有用的 cmets 进行更新。同意，不需要经常安装已经在r-recommended 中的软件包。 'r-base-devel' 被称为 r-base-dev（debian 包） - 已经包含在内。我不反对使用安全密钥（答案已更新）。答案远离使用PPA = Personal Package Archives，因为它们必然依赖于一个人，因此可能会出错。正如 Michael Rutter 本人所说（2012 年）：“如果您一直在使用 CRAN，那么没有理由更改为 PPA，因为在两个位置都提供了相同的软件包。”

【参考方案12】：

在linux中，现在很简单。只需制作：

install.packages("ropenblas")
ropenblas::rcompiler()