8Linux下配置Java环境

Posted 风中之铃

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篇首语:本文由小常识网(cha138.com)小编为大家整理,主要介绍了8Linux下配置Java环境相关的知识,希望对你有一定的参考价值。

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生物信息很多软件都是用java写的,所以需要在linux上配置java运行环境。平台上的java 是1.7x的版本,但是一些生物信息软件(比如picard,trimmomatic,GATK,)需要更高级版本的java,所以下面的教程是下载安装1.8x以上版本的具体步骤。 注意,这个安装包不需要linux下的root用户权限,普通的user也可以在自己的路径下安装。

下载: http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/jdk8-downloads-2133151.html)下载最新的java压缩包,名字以JDK(java development Kit)开头

 
1、下载后上传到文件夹下,如/home/user/software/java (可以用mkdir /home/user/software/java完成);
2、解压压缩文件: tar zxvf jdk-8u91-linux-x64.tar.gz 生成 jdk1.8.0_91 文件夹
 
3、然后配置环境变量:
 
    vim  ~/.bash_profile    ##/etc/profile
   在文本最后输入下面三行:
   export JAVA_HOME=/home/gql/software/jdk1.8.0_91
   export PATH=$JAVA_HOME/bin:$PATH
   export CLASSPATH=.:$JAVA_HOME/lib/dt.jar:$JVA_HOME/lib/tools.jar
   保存该文件。
   source  ~/.bash_profile

 

JAVA_HOME环境变量JAVA_HOME这个环境变量的设置内容是JDK的安装目录,比如说您的JDK安装在d:/jdk1.6.0这个目录下请您查看一下这个目录下是不是有一个子目录bin,bin目录中是不是有java.exe这个文件,如果 是,那么您的JAVA_HOME环境变量的内容应该为d:/jdk1.6.0。

classpath环境变量,是当我们在开发java程序时需要引用别人写好的类时,要让java解释器知道到哪里去找这个类。通常,sun为我们提供了一些额外的丰富的类包,一个是dt.jar,一个是tools.jar,这两个jar包都位于c:/jdk1.3/lib目录下,所以通常我们都会把这两个jar包加到我们的classpath环境变量中

set classpath=.;c:/jdk1.3/lib/tools.jar;c:/jdk1.3/lib/dt.jar。 注重对于jar包,在classpath中需要跟上完整地文件路径,而不能仅仅跟一个目录。第一个路径的点“.”,代表当前目录,这样当我们运行java AClass的时候,系统就会先在当前目录寻找AClass文件了

 4、测试

 echo $JAVA_HOME
 echo $PATH
 echo $CLASSPATH

  java  -version





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