NCBI获取基因序列以及不同转录本序列

Posted 2023-03-21

参考技术A 前言： 最近实验室要用northern-blot实验去检测miRNA的表达，对于多年没有设计过探针的我感到一丝恐慌，因为让人尴尬的是我把如何找一个基因表达的转录本也就是mRNA序列找出来这件事给彻底忘记了。不过还好，经过周围人的提醒和自己的摸索，已经可以在NCBI上自如的获取基因给mRNA序列了

关键词： NCBI 基因  转录本  mRNA序列  探针（建议在查找实验之前先把概念理清楚）

1 首先是打开NCBI官网，左上角选择框选择Gene，输入基因名字，比如GAPDH，点击Search；

值得注意的是，这里给出的序列中虽然是atcg四种碱基，但它指示的不是DNA序列，而是mRNA序列，如果要设计与RNA能够杂交的探针，直接截取一段（5‘-3’）放在peimer5引物设计软件中获取它的反向互补序列就行了。这个反向互补序列就是probe序列，可以直接在5‘端或者3’端加修饰发送给生物公司合成了。