Error in unoecdf(cc, pdiff[case], Wi[case] * PTB.Vi[case]) : NA/NaN/Inf in foreign function call

Posted 2022-11-09 Data+Science+Insight

Error in unoecdf(cc, pdiff[case], Wi[case] * PTB.Vi[case]) : 
  NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 5)

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Error in unoecdf(cc, pdiff[case], Wi[case] * PTB.Vi[case]) :   NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 5)

问题：

解决：

完整错误：

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问题：

使用survIDINRI包比较新旧模型的差异、遇到错误。

## here consider pbc dataset in survival package as an example
library(survival)
dat=pbc[1:312,]
dat$time=as.numeric(dat$time)
##定义生存结局
dat$status=ifelse(dat$status==2, 1, 0)
##定义时间点
t0=365*5
##基础回归模型变量矩阵
indata0=as.matrix(subset(dat, select=c(time,status,age,bili,albumin)))
##增加1个预测变量新模型
indata1=as.matrix(subset(dat, select=c(time,status,age,bili,albumin,protime)))
##旧模型中预测变量矩阵
covs0<-as.matrix(indata0[,c(-1,-2)])
##新模型中预测变量矩阵
covs1<-as.matrix(indata1[,c(-1,-2)])
library(survIDINRI)
x<-IDI.INF(dat[,2:3], covs0, covs1, t0, npert=1000)
##dat[,2:3]设置生存结局，dat数据集第2、3两列分别是生存时间与终点。
##covs0, covs1,为旧模型与新模型的协变量矩阵
##t0为设置的时间。npert设置迭代次数。
IDI.INF.OUT(x)
##输出结果IDI.INF计算结果：
##m1：Result of IDI. 
##m2：Result of continuous-NRI.
##m3：Result of median improvement in risk score.
IDI.INF.GRAPH(x)

解决：

第一种情况：数据编码问题

如果你的状态变量是二分类，但是编码初始不是0,1,而是1,2那么需要把编码基于业务规则编码回到0,1；

D$status=as.numeric(D$status==2) 

D$status=as.numeric(D$status==1)

第二种情况：格式问题

数据格式的问题，把数据转化为tibble格式；

library(tibble)  
mydata=as_tibble(mydata)

第三种情况：数据中有缺失值NA

删除数据中的缺失值NA（删除包含缺失值的样本）

完整错误：

Error in unoecdf(cc, pdiff[case], Wi[case] * PTB.Vi[case]) : 
  NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 5)

综合判别改善指数(Integrated Discrimination Improvement, IDI)。这个指标也用于判断预测模型改善情况，与上一讲的净重新分类指数(NRI)有类似也有不同。
IDI是由Pencina等人于2008年提出的一个非常新的判别指标。由于它考虑了不同切点的情况，可以用来反映模型的整体改善状况，在一定程度上补齐了NRI的短板。同时，虽然AUC也考虑到了不同切点，但是AUC的改善情况在临床中不易解释，IDI也因此弥补了AUC的缺陷，可以形象地展示研究对象被准确重新判别的比例。
因此，当我们在进行2个疾病模型比较，或者2个指标诊断效能比较时，除了传统的ROC曲线及其AUC，也可以同时给出NRI和IDI，更加全面多层次的展示模型的改善情况。

 

参考：survIDINRI package ERROR res.IDI.INF function R - Stack Overflow

参考：survIDINRI/FUN-IDI-ver017.R at master · cran/survIDINRI · GitHub

参考：r - IDI.INF function to compare two Cox regression models, error? - Stack Overflow

参考：r - Error in do_one(nmeth) : NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 1) - Stack Overflow

参考：r - Rcorr NA/Nan/Inf in foreign function call - Stack Overflow