如何转化gromacs轨迹文件 为pdb文件

Posted 2023-05-17

首先是需要用来着色的轨迹文件，单帧或多帧的都行，文件名为dump.pdb 这里要说明一下：文件名的后缀必须是VMD能识别的，建议使用pdb格式或xyz格式的（VMD默认就能打开的格式）。
打开VMD，成功导入轨迹文件或分子文件，VMD main窗口，filesave coordinatesSelected atoms 选择 all；File type选择 pdb,或xyz。Frames下面用默认的就行。格式转换后的文件存在VMD的安装主目录下。
其次为用于给原子着色的数据文件，就是想让原子按哪些数值显示颜色，命名为user.data 数据文件的名字无所谓，但其格式有要求，数据文件里的数值只有单一的一列，而且从第一个值到最后一个值必须与轨迹文件中的原子一一对应，数值之间不能空行。 参考技术A 楼上瞎扯淡。
trr文件保存为pdb，只能是选某一帧的构象进行保存。
你可以用VMD 打开 你的目标文件，md.trr文件，拖动到你想要的某一帧，然后另存为pdb文件。

ntdll.dll 没有 PDB 文件

【中文标题】ntdll.dll 没有 PDB 文件

【英文标题】：no PDB file for ntdll.dll

【发布时间】：2012-11-14 16:27:16

【问题描述】：

尝试调试我正在开发的 dll 项目。我在尝试使用主机应用程序加载此 dll 时收到消息框 Debugging information for 'ntdll.dll' cannot be found or does not match. Cannot find or open the PDB file。如何解决这个问题？

经过一些实验并将 VS2010 设置为从服务器获取符号后，我在构建 dll 时收到以下消息：

DEMO.exe'：已加载“C:\Windows\System32\ntdll.dll”，已加载符号（已删除源信息）。 DEMO.exe'：已加载“C:\Windows\System32\mscoree.dll”，已加载符号（已删除源信息）。 DEMO.exe'：加载了'C:\Windows\System32\kernel32.dll'，加载了符号（源信息被剥离）。 DEMO.exe': 加载'C:\Windows\System32\KernelBase.dll'，加载符号（源信息被剥离）。

但在运行调试时仍然描述了消息框。

【问题讨论】：

您是否使用Microsoft Symbol Server 来获取调试符号文件？如果是这种情况，可能包括 ntdll.dll 在内的某些文件尚未下载。请参阅此处 (support.microsoft.com/kb/311503) 了解更多信息。

我是 Symbol Server 的新手。我正在使用默认的 VS2010 专业安装。我只是想知道为什么从同一张 CD 安装的另一台装有 Visual Studio 的机器没有出现这些消息。

我更新了问题描述。我已下载所需的 PDB 文件，但仍有问题。

您忘记准确描述您为访问此消息框所做的工作。很可能您实际上遇到了异常，并且调试器正试图向您展示发生了什么。由于您没有 Windows 操作系统的源代码，因此无法这样做。异常的下一个可能原因是您的程序正在破坏堆。在“输出”窗口中查看诊断消息。

下载的符号包不如 Microsoft 符号服务器有用，因为 Windows 更新经常修改 ntdll.dll 和其他系统 DLL，这意味着下载的 PDB 已过期。使用符号服务器。

【参考方案1】：

您可以有多种选择。

下载微软提供的符号包。这将为所有系统库下载 PDB。将其解压缩到“c:\symbolcache” 将符号路径设置为 SRV*c:\symbolcache*http://msdl.microsoft.com/download/symbols。在这种情况下，这将下载 PDB 文件并将其存储到“c:\symbolcache”（如果不存在）。

然后您必须将“c:\symbolcache”设置为符号文件路径到您正在使用的任何故障转储分析工具中。