Quantile Normalization

Posted 2023-04-30

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篇首语：本文由小常识网(cha138.com)小编为大家整理，主要介绍了Quantile Normalization相关的知识，希望对你有一定的参考价值。

参考技术A

转自： http://www.bio-info-trainee.com/2043.html

提到normalization很多人都烦了，几十种方法，而对于芯片或者其它表达数据来说，最常见的莫过于quantile normalization啦。那么它到底对我们的表达数据做了什么呢？

首先要么要清楚一个概念，表达矩阵的每一列都是一个样本，每一行都是一个基因或者探针，值就是表达量咯。

quantile normalization 就是对每列单独进行排序，排好序的矩阵求平均值，得到 平均值向量 ，然后根据原矩阵的排序情况替换对应的平均值，所以normalization之后的值只有平均值了。具体看下面的图：

在R里面，推荐用preprocessCore 包来做quantile normalization，不需要自己造轮子啦！

但是需要明白什么时候该用quantile normalization，什么时候不应该用，就复杂很多了。

R包做： http://jtleek.com/genstats/inst/doc/02_05_normalization.html

【中文标题】Grafana 多值浮点 histogram_quantile【英文标题】：Grafana multivalue float histogram_quantile 【发布时间】：2019-01-17 11:48:30 【问题描述】：

您好，我正在强迫 histogram_quantile 出现问题。如果我将我的变量设置为多值，那么我可以重复面板。然后我得到了错误提示

在字符 21 处解析错误：意外字符：'\'

我的要求是：

histogram_quantile($percentile, avg((rate(http_server_requests_seconds_bucketinstance=~"$server"[1m]))) by (le, application))

$Percentile 变量以自定义方式启动，其值如下并选择了多值

0.9, 0.5, 0.99

【问题讨论】：

【参考方案1】：

histogram_quantile 函数需要单个浮点数作为输入，而 Grafana 的多值特性会产生类似0\.9|0\.5|0\.99 的东西，它不是浮点数。为此，您需要使用多个表达式。

【讨论】：

【参考方案2】：

变量的默认格式使用反斜杠转义.，因此0.5 变为0\.5。

要不转义.，您可以对变量使用另一种格式，如下所示：$percentile:raw。

More information on format options here.

【讨论】：

以上是关于Quantile Normalization的主要内容，如果未能解决你的问题，请参考以下文章