ubuntu14.04下搭建GraphLab集群

Posted 2022-11-28 AlexP5

ubuntu14.04下搭建GraphLab集群

1. GraphLab简单介绍

  GraphLab是CMU（卡耐基梅隆大学）开发的一个以vertex为计算单元的大规模图处理系统，是继google的Pregel之后的第一个开源的大规模图处理系统，它解决了传统MapReduce框架对于机器学习应用的处理中最突出的两个问题（频繁迭代计算和大量节点通信）引起的计算效率的问题，与Haloop，Twister等基于MapReduce批量处理不同的是，它采用Pregel的以vertex为计算单元，并将机器学习抽象成GAS（gather，apply，scatter）三个步骤，然后按该抽象模型设计实现算法，事实已经证明该框架对于机器学习这一类跟图处理关系紧密的应用有很好的效果。

  我们部署的版本是PowerGraph，是github上面的开源项目，可以直接基于它开发C++应用。现在GraphLab的小组已经成立了公司，对应的产品为GraphLab-Create,在原有的基础上用Python进行封装，还进行了一些优化。GraphLab-Create并不是免费的，可以加入Academic Program免费试用一年。相应地，他们小组也逐渐弃用了PowerGraph。

2. 整体部署说明

  GraphLab的这个PowerGraph项目包括处于顶层的核心API、机器学习和数据挖掘的工具包。通过TCP/IP进行进程间通信，使用MPI来启动和管理PowerGraph程序，而且每一个程序都是多线程的。

  在安装和编译GraphLab源代码之前，需要先安装配置SSH免密码登陆和MPI。因为结点间需要管理远程进程，就必须保证在节点间执行指令的时候不需要输入密码，所以需要SSH免密码登陆，而MPI的实现应用（MPI是一套标准，有很多此标准的实现应用，如MPICH2）则为并行应用提供消息传递或者相关服务。

3. 搭建过程

3.1. 安装Linux操作系统

1) 主机环境说明

集群中使用了3台主机，每台主机有CPU核4个，内存16G，每台主机上安装的操作系统为Ubuntu14.04 Desktop 64bit，每台主机上面都使用相同的用户名。注意graphlab的主机之间是没有主次之分的。

3.2. 修改主机文件

1) 在每台主机上修改主机名

可能安装系统的时候主机名不是自己想要的，那么就需要修改自己的主机名，如果觉得不影响，可以不作任何修改。

(1). 修改文件/etc/hostname,把主机名修改为自己想要的名字 
(2). 修改文件/etc/hosts,把原来的主机名改为新的主机名

2) 在每台主机上修改主机文件

需要把其他主机的IP和主机名对应关系写在/etc/hosts文件中，那么集群中的主机就通过主机名互相识别，某一个主机的/etc/hosts文件内容示例如下：

127.0.0.1       localhost
192.168.0.5 graphlabmaster
192.168.0.6  graphlabslave1
192.168.0.7  graphlabslave2

\\#The following lines are desirable for IPv6 capable hosts
::1     ip6-localhost ip6-loopback
fe00::0 ip6-localnet
ff00::0 ip6-mcastprefix
ff02::1 ip6-allnodes
ff02::2 ip6-allrouters

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我们配置的集群有三台主机，分别是graphlabmaster,graphlabslave1和graphlabslave2,前面是他们对应的IP地址，需要注意的是：默认会有一行内容为127.0.0.1+主机名，删掉就可以了。

3.3. 配置ssh免密码登陆

参见ssh配置。

3.4. 安装编译GraphLab

1) 为每台主机更新一下源，保证获取的安装包都是最新的

sudo apt-get update

2) 为每台主机安装GraphLab的依赖库

sudo apt-get install gcc g++ build-essential libopenmpi-dev openmpi-bin default-jdk cmake zlib1g-dev git

3) 从GitHub上下载GraphLab(接下来的操作在一台主机上)

　　选取集群中的一台机器，进入要安装GraphLab的目录，使用如下的git命令下载GraphLab

git clone https://github.com/graphlab-code/graphlab.git

4) 编译GraphLab

　　进入graphlab文件夹，使用graphlab自带的configure脚本配置编译环境

cd graphlab 
./configure

　　配置成功后会在graphlab文件夹内生成release和debug两个新的目录。这两个目录分别对应不同项目的发行版和测试版，在这两个目录中都可以编译GraphLab的所有Toolkit，分别对应发行版和测试版。编译后发行版与测试版的不同是，发行版在编译过程中程序都做了优化，运行速度更快。

　　还有一点需要特别指出，GraphLab不仅提供了分布式大规模图计算模型，而且基于该模型实现了很多实用的工具集，这些工具集可以分成六类：主题建模、图分析、聚类、协同过滤、图模型和计算机视觉。可以根据自己的需要只编译其中的某一类或几类。如果全部编译，第一次编译时会下载很多的库文件，耗费很长时间。我只对其中的图分析工具集比较感兴趣，所以只编译了这一个。同时我也编译了apps目录中的相应样例代码。

　　编译release目录下的apps子目录：

cd release/apps 
make -j 3

　　第二行中的参数-j 3是利用了make的并行编译特性，3指的是同时进行三个编译任务。该数字越大，并行性越高，编译速度越快，但是占用内存也越多。如果该数字过大，会因内存不够用而使编译过程卡住。

　　编译release目录下的toolkits中的graph_analytics：

cd release/toolkits/graph_analytics 
make -j 3

　　如果希望编译整个GraphLab，那么可以在release目录下运行如下命令：

cd release 
make -j 3

　　注意事项：编译的过程不一定都顺利，可能会有文件下载失败的问题和权限问题等

如果提示hash not match,则为文件内容不全，下载失败。解决办法：首先检查是否使用代理，网上说代理一般是不能成功的。如果没有使用代理，还是不能成功，可以自己手动下载文件，然后把文件放在指定的目录即可。

/hadoop/src/hadoop/src/c++/libhdfs/configure: Permission denied，则是文件权限的问题，解决办法： 
chmod a+rx /hadoop/src/hadoop/src/c++/libhdfs/configure

就是给所以用户加上读和执行的权限。

5) 集群测试

　　在所有结点上创建一个文件，文件名为“machines”，文件里面内容为所有结点的主机名,最好是在一台主机上面新建文件，然后复制至其他主机，保证内容相同。内容示例如下： 
graphlabmaster 
graphlabslave1 
graphlabslave2

　　在安装GraphLab的主机上面运行如下命令，GraphLab提供了脚本用于分发编译好的二进制可执行文件到集群中的所有其他机器上。在你下载并编译了GraphLab的那台机器上，使用下面的命令来分发二进制可执行文件和相关库文件把一些GraphLab文件拷贝至其他主机 
　　cd ~/graphlab/release/toolkits 
　　~/graphlab/scripts/mpirsync 
　　cd ~/graphlab/deps/local 
　　~/graphlab/scripts/mpirsync

　　单机测试，在每一台机器上，运行如下的命令来测试分发到每台机器上的二进制可执行程序能否正确运行： 
cd ~/graphlab/release/toolkits/graph_analytics/ 
./pagerank –powerlaw=10000

　　分布式测试，在任意一台机器上，运行如下两条命令： 
cd ~ 
mpiexec -n 2 -hostfile machines 
graphlab/release/toolkits/graph_analytics/pagerank –powerlaw=100000

　　如果上述命令能够正确无误执行，那么GraphLab分布式集群运算环境搭建就算完成了。

4. 主要参考资料

(1) GraphLab部署过程 
(2) 搭建GraphLab集群总结