###haohaohao###图神经网络之神器——PyTorch Geometric 上手 & 实战

Posted 2022-09-02 mishidemudong

图神经网络（Graph Neural Networks, GNN）最近被视为在图研究等领域一种强有力的方法。跟传统的在欧式空间上的卷积操作类似，GNNs通过对信息的传递，转换和聚合实现特征的提取。这篇博客主要想分享下，怎样在你的项目中简单快速地实现图神经网络。你将会了解到怎样用PyTorch Geometric 去构建一个图神经网络，以及怎样用GNN去解决一个实际问题（Recsys Challenge 2015）。

我们将使用PyTorch 和 PyG（PyTorch Geometric Library）。PyG是一个基于PyTorch的用于处理不规则数据（比如图）的库，或者说是一个用于在图等数据上快速实现表征学习的框架。它的运行速度很快，训练模型速度可以达到DGL（Deep Graph Library ）v0.2 的40倍（数据来自论文）。除了出色的运行速度外，PyG中也集成了很多论文中提出的方法（GCN,SGC,GAT,SAGE等等）和常用数据集。因此对于复现论文来说也是相当方便。由于速度和方便的优势，毫无疑问，PyG是当前最流行和广泛使用的GNN库。让我们开始吧。

Requirments:

• Python 3
• PyTorch
• PyTorch Geometric

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PyG Basics

这部分将会带你了解PyG的基础知识。重要的是会涵盖torch_gemotric.data 和 torch_geometric.nn。 你将会了解到怎样将你的图数据导入你的神经网络模型，以及怎样设计一个MessagePassing layer。这个也是GNN的核心。

Data

torch_geometric.data这个模块包含了一个叫Data的类。这个类允许你非常简单的构建你的图数据对象。你只需要确定两个东西：

1. 节点的属性/特征（the attributes/features associated with each node, node features）
2. 邻接/边连接信息（the connectivity/adjacency of each node, edge index）

让我们用一个例子来说明一个写怎样创建一个Data对象。

在这个图里有4个节点，V1,V2,V3,V4,每一个都带有一个2维的特征向量，和一个标签y，代表这个节点属于哪一类。

这两个东西可以用FloatTesonr来表示：

​x = torch.tensor([[2,1],[5,6],[3,7],[12,0]], dtype=torch.float) 
y = torch.tensor([0,1,0,1], dtype=torch.float)

图的节点连接信息要以COO格式进行存储。在COO格式中，COO list 是一个2*E 维的list。第一个维度的节点是源节点(source nodes)，第二个维度中是目标节点(target nodes)，连接方式是由源节点指向目标节点。对于无向图来说，存贮的source nodes 和 target node 是成对存在的。

方式1

​edge_index = torch.tensor([[0,1,2,0,3],
                          [1,0,1,3,2]],dtype=torch,long)

方式2

edge_index = torch.tensor([[0, 1],
                           [1, 0],
                           [2, 1],
                           [0, 3]
                           [2, 3]], dtype=torch.long)

第二种方法在使用时要调用contiguous()方法。

边索引的顺序跟Data对象无关，或者说边的存储顺序并不重要，因为这个edge_index只是用来计算邻接矩阵（Adjacency Matrix）。

把它们放在一起我们就可以创建一个Data了。

# 方法一
import torch

from torch_geometric.data import Data

x = torch.tensor([[2,1],[5,6],[3,7],[12,0]],dtype=torch.float)

y = torch.tensor([[0,2,1,0,3],[3,1,0,1,2]],dtype=torch.long)

​edge_index = torch.tensor([[0,1,2,0,3],
                          [1,0,1,3,2]],dtype=torch,long)

data = Data(x=x,y=y,edge_index=edge_index)
# 方法二
import torch

from torch_geometric.data import Data

x = torch.tensor([[2,1],[5,6],[3,7],[12,0]],dtype=torch.float)

y = torch.tensor([[0,2,1,0,3],[3,1,0,1,2]],dtype=torch.long)

edge_index = torch.tensor([[0, 1],
                           [1, 0],
                           [2, 1],
                           [0, 3]
                           [2, 3]], dtype=torch.long)

data = Data(x=x,y=y,edge_index=edge_index.contiguous())

这样我们就创建了一个新的Data。其中x,y,edge_index 是最基本的键值（key）。 你也可以添加自己的key。有了这个data，你可以在程序中非常方便的调用处理你的数据。

Dataset

数据集Dataset的创建不像Data一样简单直接了。Dataset有点像torchvision，它有着自己的规则。

PyG提供两种不同的数据集类：

• InMemoryDataset
• Dataset

要创建一个InMemoryDataset，你必须实现一个函数

• Raw_file_names()

它返回一个包含没有处理的数据的名字的list。如果你只有一个文件，那么它返回的list将只包含一个元素。事实上，你可以返回一个空list，然后确定你的文件在后面的函数process()中。

• Processed_file_names()

很像上一个函数，它返回一个包含所有处理过的数据的list。在调用process()这个函数后，通常返回的list只有一个元素，它只保存已经处理过的数据的名字。

• Download()

这个函数下载数据到你正在工作的目录中，你可以在self.raw_dir中指定。如果你不需要下载数据，你可以在这函数中简单的写一个

pass

就好。

• Process()

这是Dataset中最重要的函数。你需要整合你的数据成一个包含data的list。然后调用 self.collate()去计算将用DataLodadr的片段。下面这个例子来自PyG官方文档。

import torch
from torch_geometric.data import InMemoryDataset


class MyOwnDataset(InMemoryDataset):
    def __init__(self, root, transform=None, pre_transform=None):
        super(MyOwnDataset, self).__init__(root, transform, pre_transform)
        self.data, self.slices = torch.load(self.processed_paths[0])

    @property
    def raw_file_names(self):
        return ['some_file_1', 'some_file_2', ...]

    @property
    def processed_file_names(self):
        return ['data.pt']

    def download(self):
        # Download to `self.raw_dir`.

    def process(self):
        # Read data into huge `Data` list.
        data_list = [...]

        if self.pre_filter is not None:
            data_list [data for data in data_list if self.pre_filter(data)]

        if self.pre_transform is not None:
            data_list = [self.pre_transform(data) for data in data_list]

        data, slices = self.collate(data_list)
        torch.save((data, slices), self.processed_paths[0])

我将会在后面介绍怎样从RecSys 2015 提供的数据构建一个用于PyG的一般数据集。

DataLoader

DataLoader 这个类允许你通过batch的方式feed数据。创建一个DotaLoader实例，可以简单的指定数据集和你期望的batch size。

loader = DataLoader(dataset, batch_size=512, shuffle=True)

DataLoader的每一次迭代都会产生一个Batch对象。它非常像Data对象。但是带有一个‘batch’属性。它指明了了对应图上的节点连接关系。因为DataLoader聚合来自不同图的的batch的x,y 和edge_index，所以GNN模型需要batch信息去知道那个节点属于哪一图。

for batch in loader:
    batch
    >>> Batch(x=[1024, 21], edge_index=[2, 1568], y=[512], batch=[1024])

MessagePassing

这个GNN的本质，它描述了节点的embeddings是怎样被学习到的。

作者已经将MessagePassing这个接口写好，以便于大家快速实现自己的想法。如果想使用这个框架，就要重新定义三个方法：

1. message
2. update
3. aggregation scheme

在实现message的时候，节点特征会自动map到各自的source and target nodes。 aggregation scheme 只需要设置参数就好，sum, mean or max。

对于一个简单的GCN来说，我们只需要按照以下步骤，就可以快速实现一个GCN：

1. 添加self-loop 到邻接矩阵（Adjacency Matrix）。
2. 节点特征的线性变换。
3. 标准化节点特征。
4. 聚合邻接节点信息。
5. 得到节点新的embeddings

步骤1 和 2 需要在message passing 前被计算好。 3 - 5 可以torch_geometric.nn.MessagePassing 类。

添加self-loop的目的是让featrue在聚合的过程中加入当前节点自己的feature，没有self-loop聚合的就只有邻居节点的信息。

Example 1 下面是官方文档的一个GCN例子，其中注释中的Step 1-5对应上文的步骤1-5.

import torch
from torch_geometric.nn import MessagePassing
from torch_geometric.utils import add_self_loops, degree

class GCNConv(MessagePassing):
    def __init__(self, in_channels, out_channels):
        super(GCNConv, self).__init__(aggr='add')  # "Add" aggregation.
        self.lin = torch.nn.Linear(in_channels, out_channels)

    def forward(self, x, edge_index):
        # x has shape [N, in_channels]
        # edge_index has shape [2, E]

        # Step 1: Add self-loops to the adjacency matrix.
        edge_index, _ = add_self_loops(edge_index, num_nodes=x.size(0))

        # Step 2: Linearly transform node feature matrix.
        x = self.lin(x)

        # Step 3-5: Start propagating messages.
        return self.propagate(edge_index, size=(x.size(0), x.size(0)), x=x)

    def message(self, x_j, edge_index, size):
        # x_j has shape [E, out_channels]

        # Step 3: Normalize node features.
        row, col = edge_index
        deg = degree(row, size[0], dtype=x_j.dtype)
        deg_inv_sqrt = deg.pow(-0.5)
        norm = deg_inv_sqrt[row] * deg_inv_sqrt[col]

        return norm.view(-1, 1) * x_j

    def update(self, aggr_out):
        # aggr_out has shape [N, out_channels]

        # Step 5: Return new node embeddings.
        return aggr_out

所有的逻辑代码都在forward()里面，当我们调用propagate()函数之后，它将会在内部调用message()和update()。

Example 2 下面是一个SAGE的例子

import torch
from torch.nn import Sequential as Seq, Linear, ReLU
from torch_geometric.nn import MessagePassing
from torch_geometric.utils import remove_self_loops, add_self_loops
class SAGEConv(MessagePassing):
    def __init__(self, in_channels, out_channels):
        super(SAGEConv, self).__init__(aggr='max') #  "Max" aggregation.
        self.lin = torch.nn.Linear(in_channels, out_channels)
        self.act = torch.nn.ReLU()
        self.update_lin = torch.nn.Linear(in_channels + out_channels, in_channels, bias=False)
        self.update_act = torch.nn.ReLU()
        
    def forward(self, x, edge_index):
        # x has shape [N, in_channels]
        # edge_index has shape [2, E]
        
        
        edge_index, _ = remove_self_loops(edge_index)
        edge_index, _ = add_self_loops(edge_index, num_nodes=x.size(0))
        
        
        return self.propagate(edge_index, size=(x.size(0), x.size(0)), x=x)

    def message(self, x_j):
        # x_j has shape [E, in_channels]

        x_j = self.lin(x_j)
        x_j = self.act(x_j)
        
        return x_j

    def update(self, aggr_out, x):
        # aggr_out has shape [N, out_channels]


        new_embedding = torch.cat([aggr_out, x], dim=1)
        
        new_embedding = self.update_lin(new_embedding)
        new_embedding = self.update_act(new_embedding)
        
        return new_embedding

上面的部分主要介绍了怎样把数据编程Data，以及通过MessagPassing来实现自己的想法，也就是怎样生成新的embeddings。至于怎样训练模型可以看下面的内容，以及参考官方的示例（https://github.com/rusty1s/pytorch_geometric/tree/master/examples）。

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A Real-World Example —— RecSys Challenge 2015

RecSys Challenge 2015 是一个推荐算法竞赛。参与者被要求完成以下两个任务：

• 通过一个点击序列预测是否会产生一个购买行为。
• 预测哪个产品将要被购买。

首先，我们可以在官网（https://recsys.acm.org/recsys15/challenge/）下载数据并且构建成一个数据集。然后开始做第一个任务，因为它比较简单。竞赛提供了两个主要的数据集。 yoochoose-clicks.dat 和 yoochoose-buys.dat，分别各自包含点击事件和购买事件。

Preprocessing

在下载完数据之后，我们需要对它进行预处理，这样它可以被fed进我们的模型。

from sklearn.preprocessing import LabelEncoder

df = pd.read_csv('../input/yoochoose-click.dat', header=None)
df.columns=['session_id','timestamp','item_id','category']

buy_df = pd.read_csv('../input/yoochoose-buys.dat', header=None)
buy_df.columns=['session_id','timestamp','item_id','price','quantity']

item_encoder = LabelEncoder()
df['item_id'] = item_encoder.fit_transform(df.item_id)
df.head()

因为数据集很大。我们用子图以方便演示。

#randomly sample a couple of them
sampled_session_id = np.random.choice(df.session_id.unique(), 1000000, replace=False)
df = df.loc[df.session_id.isin(sampled_session_id)]
df.nunique()

为了确定一个ground truth。 对于一个给定的session，是否存在一个购买事件。我们简单的检查是否一个 session_id 在 yoochoose-clicks.dat 也出现在 yoochoose-buys.dat 中。

df['label'] = df.session_id.isin(buy_df.session_id)
df.head()

 

数据集的构建 Dataset Construction

在预处理步骤之后，就可以将数据转换为Dataset对象了。在这里，我们将session中的每个item都视为一个节点，因此同一session中的所有items都形成一个图。为了构建数据集，我们通过session_id对预处理的数据进行分组，并在这些组上进行迭代。在每次迭代中，对每个图中节点索引应0开始。

import torch
from torch_geometric.data import InMemoryDataset
from tqdm import tqdm

class YooChooseBinaryDataset(InMemoryDataset):
    def __init__(self, root, transform=None, pre_transform=None):
        super(YooChooseBinaryDataset, self).__init__(root, transform, pre_transform)
        self.data, self.slices = torch.load(self.processed_paths[0])

    @property
    def raw_file_names(self):
        return []
    @property
    def processed_file_names(self):
        return ['../input/yoochoose_click_binary_1M_sess.dataset']

    def download(self):
        pass
    
    def process(self):
        
        data_list = []

        # process by session_id
        grouped = df.groupby('session_id')
        for session_id, group in tqdm(grouped):
            sess_item_id = LabelEncoder().fit_transform(group.item_id)
            group = group.reset_index(drop=True)
            group['sess_item_id'] = sess_item_id
            node_features = group.loc[group.session_id==session_id,['sess_item_id','item_id']].sort_values('sess_item_id').item_id.drop_duplicates().values

            node_features = torch.LongTensor(node_features).unsqueeze(1)
            target_nodes = group.sess_item_id.values[1:]
            source_nodes = group.sess_item_id.values[:-1]

            edge_index = torch.tensor([source_nodes, target_nodes], dtype=torch.long)
            x = node_features

            y = torch.FloatTensor([group.label.values[0]])

            data = Data(x=x, edge_index=edge_index, y=y)
            data_list.append(data)
        
        data, slices = self.collate(data_list)
        torch.save((data, slices), self.processed_paths[0])
        

 

在构建好数据集，我们使用shuffle()方法确保数据集被随机打乱。然后把数据集分成 3份，分别用作 training validation and testing.

dataset = dataset.shuffle()
train_dataset = dataset[:800000]
val_dataset = dataset[800000:900000]
test_dataset = dataset[900000:]
len(train_dataset), len(val_dataset), len(test_dataset)

Build a Graph Neural Networks

以下GNN引用了PyG官方Github存储库中的示例之一，并使用上面的example 2的SAGEConv层(不同于官方文档中的SAGEConv())。此外，还对输出层进行了修改以与binary classification设置匹配。

embed_dim = 128
from torch_geometric.nn import TopKPooling
from torch_geometric.nn import global_mean_pool as gap, global_max_pool as gmp
import torch.nn.functional as F
class Net(torch.nn.Module):
    def __init__(self):
        super(Net, self).__init__()

        self.conv1 = SAGEConv(embed_dim, 128)
        self.pool1 = TopKPooling(128, ratio=0.8)
        self.conv2 = SAGEConv(128, 128)
        self.pool2 = TopKPooling(128, ratio=0.8)
        self.conv3 = SAGEConv(128, 128)
        self.pool3 = TopKPooling(128, ratio=0.8)
        self.item_embedding = torch.nn.Embedding(num_embeddings=df.item_id.max() +1, embedding_dim=embed_dim)
        self.lin1 = torch.nn.Linear(256, 128)
        self.lin2 = torch.nn.Linear(128, 64)
        self.lin3 = torch.nn.Linear(64, 1)
        self.bn1 = torch.nn.BatchNorm1d(128)
        self.bn2 = torch.nn.BatchNorm1d(64)
        self.act1 = torch.nn.ReLU()
        self.act2 = torch.nn.ReLU()        
  
    def forward(self, data):
        x, edge_index, batch = data.x, data.edge_index, data.batch
        x = self.item_embedding(x)
        x = x.squeeze(1)        

        x = F.relu(self.conv1(x, edge_index))

        x, edge_index, _, batch, _ = self.pool1(x, edge_index, None, batch)
        x1 = torch.cat([gmp(x, batch), gap(x, batch)], dim=1)

        x = F.relu(self.conv2(x, edge_index))
     
        x, edge_index, _, batch, _ = self.pool2(x, edge_index, None, batch)
        x2 = torch.cat([gmp(x, batch), gap(x, batch)], dim=1)

        x = F.relu(self.conv3(x, edge_index))

        x, edge_index, _, batch, _ = self.pool3(x, edge_index, None, batch)
        x3 = torch.cat([gmp(x, batch), gap(x, batch)], dim=1)

        x = x1 + x2 + x3

        x = self.lin1(x)
        x = self.act1(x)
        x = self.lin2(x)
        x = self.act2(x)      
        x = F.dropout(x, p=0.5, training=self.training)

        x = torch.sigmoid(self.lin3(x)).squeeze(1)

        return x

Training

训练自定义GNN非常容易，只需迭代从训练集构造的DataLoader，然后反向传播损失函数。在这里，使用Adam作为优化器，将学习速率设置为0.005，将Binary Cross Entropy作为损失函数。

def train():
    model.train()

    loss_all = 0
    for data in train_loader:
        data = data.to(device)
        optimizer.zero_grad()
        output = model(data)
        label = data.y.to(device)
        loss = crit(output, label)
        loss.backward()
        loss_all += data.num_graphs * loss.item()
        optimizer.step()
    return loss_all / len(train_dataset)
    
device = torch.device('cuda')
model = Net().to(device)
optimizer = torch.optim.Adam(model.parameters(), lr=0.005)
crit = torch.nn.BCELoss()
train_loader = DataLoader(train_dataset, batch_size=batch_size)
for epoch in range(num_epochs):
    train()

Validation

标签存在大量的negative标签，数据是高度不平衡的，因为大多数会话之后都没有任何购买事件。换句话说，一个愚蠢的模型可能会预测所有的情况为negative，从而使准确率达到90％以上。因此，代替准确度，AUC是完成此任务的更好指标，因为它只在乎阳性实例的得分是否高于阴性实例。我们使用来自Sklearn的现成AUC计算功能。

def evaluate(loader):
    model.eval()

    predictions = []
    labels = []

    with torch.no_grad():
        for data in loader:

            data = data.to(device)
            pred = model(data).detach().cpu().numpy()

            label = data.y.detach().cpu().numpy()
            predictions.append(pred)
            labels.append(label)

Result

以下是对模型进行1个epoch的训练，并打印相关参数：

for epoch in range(1):
    loss = train()
    train_acc = evaluate(train_loader)
    val_acc = evaluate(val_loader)    
    test_acc = evaluate(test_loader)
    print('Epoch: :03d, Loss: :.5f, Train Auc: :.5f, Val Auc: :.5f, Test Auc: :.5f'.
          format(epoch, loss, train_acc, val_acc, test_acc))

Conclusion

到此，你已经学会了PyG的基本用法，包括数据集的构建，定制GNN网络，训练GNN模型。以上代码以及主要内容均来自于官方文档以及https://towardsdatascience.com/hands-on-graph-neural-networks-with-pytorch-pytorch-geometric-359487e221a8 这个博客。希望对你有所帮助。更多PyG的介绍和example可以查询官方文档和官方的Github库。

最后，

Sharing is carrying.

参考链接：

Fast Graph Representation Learning with PyTorch Geometric​rlgm.github.io

 

PyTorch Geometric Documentation​pytorch-geometric.readthedocs.io

 

Hands-on Graph Neural Networks with PyTorch & PyTorch Geometric​towardsdatascience.com