图像分割模型——segmentation_models_pytorch和albumentations 组合实现多类别分割
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篇首语：本文由小常识网(cha138.com)小编为大家整理，主要介绍了图像分割模型——segmentation_models_pytorch和albumentations 组合实现多类别分割相关的知识，希望对你有一定的参考价值。
图像分割模型——segmentation_models_pytorch和albumentations 组合实现多类别分割
摘要
segmentation_models_pytorch是一款非常优秀的图像分割库，albumentations 是一款非常优秀的图像增强库，这篇文章将这两款优秀结合起来实现多类别的图像分割算法。数据集选用CamVid数据集，类别有：‘sky’, ‘building’, ‘pole’, ‘road’, ‘pavement’,‘tree’, ‘signsymbol’, ‘fence’, ‘car’,‘pedestrian’, ‘bicyclist’, 'unlabelled’等12个类别。数据量不大，下载地址：mirrors / alexgkendall / segnet-tutorial · GitCode。
通过这篇文章，你可以学习到：
1、如何在图像分割使用albumentations 增强算法？
2、如何使用dice_loss和cross_entropy_loss？
3、如何segmentation_models_pytorch构架UNET++模型？
4、如何对分割数据做one-hot编码？
项目结构
项目的结构如下：
训练
新建train.py,插入一下代码：
import os
import numpy as np
import cv2
import albumentations as albu
import torch
import segmentation_models_pytorch as smp
from torch.utils.data import DataLoader
from torch.utils.data import Dataset as BaseDataset
导入需要的安装包，接下来编写数据载入部分。
# ---------------------------------------------------------------
### 加载数据
# CamVid数据集中用于图像分割的所有标签类别
CLASSES = ['sky', 'building', 'pole', 'road', 'pavement',
'tree', 'signsymbol', 'fence', 'car',
'pedestrian', 'bicyclist', 'unlabelled']
class Dataset(BaseDataset):
"""CamVid数据集。进行图像读取，图像增强增强和图像预处理.
Args:
images_dir (str): 图像文件夹所在路径
masks_dir (str): 图像分割的标签图像所在路径
class_values (list): 用于图像分割的所有类别数
augmentation (albumentations.Compose): 数据传输管道
preprocessing (albumentations.Compose): 数据预处理
"""
def __init__(
self,
images_dir,
masks_dir,
augmentation=None,
preprocessing=None,
):
self.ids = os.listdir(images_dir)
self.images_fps = [os.path.join(images_dir, image_id) for image_id in self.ids]
self.masks_fps = [os.path.join(masks_dir, image_id) for image_id in self.ids]
# convert str names to class values on masks
self.class_values = list(range(len(CLASSES)))
self.augmentation = augmentation
self.preprocessing = preprocessing
def __getitem__(self, i):
# read data
image = cv2.imread(self.images_fps[i])
image = cv2.cvtColor(image, cv2.COLOR_BGR2RGB)
mask = cv2.imread(self.masks_fps[i], 0)
# 从标签中提取特定的类别 (e.g. cars)
masks = [(mask == v) for v in self.class_values]
mask = np.stack(masks, axis=-1).astype('float')
# 图像增强应用
if self.augmentation:
sample = self.augmentation(image=image, mask=mask)
image, mask = sample['image'], sample['mask']
# 图像预处理应用
if self.preprocessing:
sample = self.preprocessing(image=image, mask=mask)
image, mask = sample['image'], sample['mask']
print(mask.shape)
return image, mask
def __len__(self):
return len(self.ids)
定义类别。类别的顺序对应mask的类别。
self.images_fps和self.masks_fps是图片的list和对应的mask图片的list。
self.class_values，类别对应的index，index的值对应mask上的类别值。
self.augmentation数据增强，使用albumentations增强。
self.preprocessing数据的预处理，包含归一化和标准化，预处理的方法来自smp.encoders.get_preprocessing_fn(ENCODER, ENCODER_WEIGHTS)。
接下来，解释__getitem__函数的内容：
读取图片。
将图片转为RGB，cv2读取图片，默认是BGR，所以需要做转化。
接下来两行代码，实现将mask转为one-hot编码。输入的shape是（360，480）输出是（360，480，12）
图像增强。
图像预处理。
然后返回预处理后的图片和mask。
接下来是图片增强的代码：
def get_training_augmentation():
train_transform = [
albu.HorizontalFlip(p=0.5),
albu.ShiftScaleRotate(scale_limit=0.5, rotate_limit=0, shift_limit=0.1, p=1, border_mode=0),
albu.PadIfNeeded(min_height=384, min_width=480, always_apply=True, border_mode=0),
albu.IAAAdditiveGaussianNoise(p=0.2),
albu.IAAPerspective(p=0.5),
albu.OneOf(
[
albu.CLAHE(p=1),
albu.RandomBrightness(p=1),
albu.RandomGamma(p=1),
],
p=0.9,
),
albu.OneOf(
[
albu.IAASharpen(p=1),
albu.Blur(blur_limit=3, p=1),
albu.MotionBlur(blur_limit=3, p=1),
],
p=0.9,
),
albu.OneOf(
[
albu.RandomContrast(p=1),
albu.HueSaturationValue(p=1),
],
p=0.9,
),
]
return albu.Compose(train_transform)
def get_validation_augmentation():
"""调整图像使得图片的分辨率长宽能被32整除"""
test_transform = [
albu.PadIfNeeded(384, 480)
]
return albu.Compose(test_transform)
def to_tensor(x, **kwargs):
return x.transpose(2, 0, 1).astype('float32')
def get_preprocessing(preprocessing_fn):
"""进行图像预处理操作
Args:
preprocessing_fn (callbale): 数据规范化的函数
(针对每种预训练的神经网络)
Return:
transform: albumentations.Compose
"""
_transform = [
albu.Lambda(image=preprocessing_fn),
albu.Lambda(image=to_tensor, mask=to_tensor),
]
return albu.Compose(_transform)
首先，我们一起查看get_training_augmentation里面的代码。这里比较复杂。这些需要注意的是PadIfNeeded方法。
由于UNet系列的文章经历了5次缩放，所以图片必须被32整除。所以通过填充的方式将图片的尺寸改为（384，480）。
同样，在验证集也要做这样的操作。
to_tensor函数是将图片的值转为tensor，并将维度做交换。由于cv2读取的图片和mask的onehot的维度都是（W，H，C），需要高改为（C，W，H）。
get_preprocessing是对数据做预处理，有归一化和标准化，然后，将图片和mask转为to_tensor。
接下来，将最重要的训练部分：
# $# 创建模型并训练
# ---------------------------------------------------------------
if __name__ == '__main__':
ENCODER = 'efficientnet-b1'
ENCODER_WEIGHTS = 'imagenet'
ACTIVATION = 'softmax' # could be None for logits or 'softmax2d' for multiclass segmentation
DEVICE = 'cuda'
# 使用unet++模型
model = smp.UnetPlusPlus(
encoder_name=ENCODER,
encoder_weights=ENCODER_WEIGHTS,
classes=len(CLASSES),
activation=ACTIVATION,
)
preprocessing_fn = smp.encoders.get_preprocessing_fn(ENCODER, ENCODER_WEIGHTS)
这部分的代码主要是定义模型。
模型选用unet++，解码器是efficientnet-b1，预训练权重为：imagenet。
定义类别。
preprocessing_fn获取 smp.encoders的预处理方法。
# 数据集所在的目录
DATA_DIR = './data/CamVid/'
# 如果目录下不存在CamVid数据集，则克隆下载
if not os.path.exists(DATA_DIR):
print('Loading data...')
os.system('git clone https://github.com/alexgkendall/SegNet-Tutorial ./data')
print('Done!')
# 训练集
x_train_dir = os.path.join(DATA_DIR, 'train')
y_train_dir = os.path.join(DATA_DIR, 'trainannot')
# 验证集
x_valid_dir = os.path.join(DATA_DIR, 'val')
y_valid_dir = os.path.join(DATA_DIR, 'valannot')
# 加载训练数据集
train_dataset = Dataset(
x_train_dir,
y_train_dir,
augmentation=get_training_augmentation(),
preprocessing=get_preprocessing(preprocessing_fn)
)
# 加载验证数据集
valid_dataset = Dataset(
x_valid_dir,
y_valid_dir,
augmentation=get_validation_augmentation(),
preprocessing=get_preprocessing(preprocessing_fn)
)
# 需根据显卡的性能进行设置，batch_size为每次迭代中一次训练的图片数，num_workers为训练时的工作进程数，如果显卡不太行或者显存空间不够，将batch_size调低并将num_workers调为0
train_loader = DataLoader(train_dataset, batch_size=2, shuffle=True, num_workers=0)
valid_loader = DataLoader(valid_dataset, batch_size=1, shuffle=False, num_workers=0)
这部分的代码主要是数据集加载。
定义数据集所在路径。
获取训练集和验证集的路径。
加载训练集和验证集。
将训练集和测试集放入DataLoader中，根据显卡的大小定义batch_size，训练集需要shuffle，验证集不需要。
然后，定义loss
loss = smp.utils.losses.DiceLoss() + smp.utils.losses.CrossEntropyLoss()
metrics = [
smp.utils.metrics.IoU(threshold=0.5),
smp.utils.metrics.Recall()
]
optimizer = torch.optim.Adam([
dict(params=model.parameters(), lr=0.0001),
])
loss是DiceLoss和CrossEntropyLoss组合。
评分标准为IoU和Recall。
优化器选用Adam。
# 创建一个简单的循环，用于迭代数据样本
train_epoch = smp.utils.train.TrainEpoch(
model,
loss=loss,
metrics=metrics,
optimizer=optimizer,
device=DEVICE,
verbose=True,
)
valid_epoch = smp.utils.train.ValidEpoch(
model,
loss=loss,
metrics=metrics,
device=DEVICE,
verbose=True,
)
# 进行40轮次迭代的模型训练
max_score = 0
for i in range(0, 40):
print('\\nEpoch: '.format(i))
train_logs = train_epoch.run(train_loader)
valid_logs = valid_epoch.run(valid_loader)
# 每次迭代保存下训练最好的模型
if max_score < valid_logs['iou_score']:
max_score = valid_logs['iou_score']
torch.save(model, './best_model.pth')
print('Model saved!')
if i == 25:
optimizer.param_groups[0]['lr'] = 1e-5
print('Decrease decoder learning rate to 1e-5!')
创建TrainEpoch和ValidEpoch循环用来迭代数据集。
按照迭代次数循环，保存最好的模型。
完成上面的工作后就可以开始训练了。
测试
完成训练后就开始测试部分。
import os
import albumentations as albu
import cv2
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np
import segmentation_models_pytorch as smp
import torch
from torch.utils.data import Dataset as BaseDataset
os.environ['CUDA_VISIBLE_DEVICES'] = '0'
导入所需要的包
# ---------------------------------------------------------------
### 加载数据
# CamVid数据集中用于图像分割的所有标签类别
CLASSES = ['sky', 'building', 'pole', 'road', 'pavement',
'tree', 'signsymbol', 'fence', 'car',
'pedestrian', 'bicyclist', 'unlabelled']
class Dataset(BaseDataset):
"""CamVid数据集。进行图像读取，图像增强增强和图像预处理.
Args:
images_dir (str): 图像文件夹所在路径
masks_dir (str): 图像分割的标签图像所在路径
class_values (list): 用于图像分割的所有类别数
augmentation (albumentations.Compose): 数据传输管道
preprocessing (albumentations.Compose): 数据预处理
"""
def __init__(
self,
images_dir,
masks_dir,
augmentation=None,
preprocessing=None,
):
self.ids = os.listdir(images_dir)
self.images_fps = [os.path.join(images_dir, image_id) for image_id in self.ids]
self.masks_fps = [os.path.join(masks_dir, image_id) for image_id in self.ids]
# convert str names to class values on masks
self.class_values = list(range(len(CLASSES)))
self.augmentation = augmentation
self.preprocessing = preprocessing
def __getitem__(self, i):
# read data
image = cv2.imread(self.images_fps[i])
image = cv2.cvtColor(image, cv2.COLOR_BGR2RGB)
mask = cv2.imread(self.masks_fps[i], 0)
# 从标签中提取特定的类别 (e.g. cars)
masks = [(mask == v) for v in self.class_values]
mask = np.stack(masks, axis=-1).astype('float')
# 图像增强应用
if self.augmentation:
sample = self.augmentation(image=image, mask=mask)
image, mask = sample['image'], sample['mask']
# 图像预处理应用
if self.preprocessing:
sample = self.preprocessing(image=image, mask=mask)
image, mask = sample['image'], sample['mask']
return image, mask
def __len__(self):
return len(self.ids)
# ---------------------------------------------------------------
### 图像增强
def get_validation_augmentation():
"""调整图像使得图片的分辨率长宽能被32整除"""
test_transform = [
albu.PadIfNeeded(384, 480)
]
return albu.Compose(test_transform)
def to_tensor(x, **kwargs):
return x.transpose(2, 0, 1).astype('float32')
def get_preprocessing(preprocessing_fn):
"""进行图像预处理操作
Args:
preprocessing_fn (callbale): 数据规范化的函数
(针对每种预训练的神经网络)
Return:
transform: albumentations.Compose
"""
_transform = [
albu.Lambda(image=preprocessing_fn),
albu.Lambda(image=to_tensor, mask=to_tensor),
]
return albu.Compose(_transform)
上面的代码是数据加载和数据增强，和训练集的代码一样。
# 图像分割结果的可视化展示
def visualize(**images):
"""PLot images in one row."""
n = len(images)
plt.figure(figsize=(16, 5))
for i, (name, image) in enumerate(images.items()):
plt.subplot(1, n, i + 1)
plt.xticks([])
plt.yticks([])
plt.title(' '.join(name.split('_')).title())
plt.imshow(image)
plt.show()
可视化测试结果，展示原图，真实的mask，预测的mask。
# ---------------------------------------------------------------
if __name__ == '__main__':
DATA_DIR = './data/CamVid/'
# 测试集
x_test_dir = os.path.join(DATA_DIR, 'test')
y_test_dir = os.path.join(DATA_DIR, 'testannot')
ENCODER = 'efficientnet-b1'
ENCODER_WEIGHTS = 'imagenet'
ACTIVATION = 'softmax' # could be None for logits or 'softmax2d' for multiclass segmentation
DEVICE = 'cuda'
preprocessing_fn = smp.encoders.get_preprocessing_fn(ENCODER, ENCODER_WEIGHTS)
# ---------------------------------------------------------------
# $# 测试训练出来的最佳模型
# 加载最佳模型
best_model = torch.load('./best_model.pth')
# 创建测试数据集
test_dataset = Dataset(
x_test_dir,
y_test_dir,
augmentation=get_validation_augmentation(),
preprocessing=get_preprocessing(preprocessing_fn),
)
# ---------------------------------------------------------------
# $# 图像分割结果可视化展示
# 对没有进行图像处理转化的测试集进行图像可视化展示
test_dataset_vis = Dataset(
x_test_dir, y_test_dir
)
# 从测试集中随机挑选3张图片进行测试
for i in range(3):
n = np.random.choice(len(test_dataset))
image_vis = test_dataset_vis[n][0].astype('uint8')
image, gt_mask = test_dataset[n]
gt_mask = (np.argmax(gt_mask, axis=0) * 255 / (gt_mask.shape[0])).astype(np.uint8)
x_tensor = torch.from_numpy(image).to(DEVICE).unsqueeze(0)
pr_mask = best_model.predict(x_tensor)
pr_mask = (pr_mask.squeeze().cpu().numpy())
pr_mask = (np.argmax(pr_mask, axis=0) * 255 / (pr_mask.shape[0])).astype(np.uint8)
# 恢复图片原来的分辨率
gt_mask = cv2.resize(gt_mask, (480, 360))
pr_mask = cv2.resize(pr_mask, (480, 图像分割之活动轮廓模型之Snake模型简介
论文笔记图像分割和图像配准联合学习模型——DeepAtlas
图像分割模型——segmentation_models_pytorch和albumentations 组合实现多类别分割