如何进行dna回文序列分析

Posted 2023-03-09

有没有软件或者是在线网站 可以分析dna 回文序列 的位置 与 其在序列中所占比例的 即 Palindrome unit（PU） 如果能够找到连 不完全回文序列都可以分析的工具 还可以加分
请仔细看问题 这个跟限制性内切酶一点关系都没有
可以仔细点说么 应该使用你说的网站的哪个工具
要知道很多大于8的回文序列不是限制性酶切位点

　　分析：
　　回文结构序列是一种旋转对称结构，在轴的两侧序列相同而反向。当然这两个反向重复序列不一定是连续的。短的回文结构可能是一种特别的信号，如限制性内切酶的识别序列。较长的回文结构容易转化成发夹结构,此种结构的形成可能有助于DNA与特异性DNA结合蛋白结合。

　　特征与功能：
　　回文序列的一般特征： 有对称轴 ； 是自我互补的序列 ； 两条链从 5 ‘ 到 3 ‘方向的序列一致 ； 是 II 类限制酶的识别序列 ；是某些蛋白的识别序列 ； 是基因的旁侧序列。

　　结构：
　　其特点是在该段的碱基序列的互补链之间正读反读都相同（并非在同一条链上正读反读）。
　　例如：
　　在双链中，形成十字架结构
　　5\' GGTACC 3\' 参考技术A 回文序列绝大多数都是限制性内切酶位点（不论是二型内切酶还是三型内切酶），因此用一般的酶切位点寻找工具就能找到，还能找到相关的酶切酶。

一个好用的网站：
http://www.bio-soft.net/sms/index.html

我看了你的问题，也希望你能看看我的回答。

工具可以统计回文序列的碱基数。自己除一下序列长度就是比例了。本回答被提问者采纳 参考技术B 回文序列绝大多数都是限制性内切酶位点（不论是二型内切酶还是三型内切酶），因此用一般的酶切位点寻找工具就能找到，还能找到相关的酶切酶。
回文结构序列是指顺读和反读都一样的序列，广泛存在于各种生物体基因组中。它可以在质粒、病毒和细菌基因组DNA以及真核染色体和细胞器中找到，并且广泛分布于人类癌细胞中。很多蛋白质的结合位点是回文结构：转录因子的结合位点，还有终止子也通常是回文结构。编码小RNA和其它非翻译RNA的基因很多片段也是回文结构。很多功能位点都是回文结构。
使用mega5软件，对已知的多重序列制作系统进化树——NJ图和MP图。
邻接距离矩阵法( NJ)在系统发育树构建中应用最为广泛，可以较快的构建系统树，同时也比较适合于分析较大的数据集，并可以很快地进行自展检验，但缺点是分析的进化距离不能太大。
最大简约法(MP)不需要距离法或似然法在处理核苷酸替代时所必需的假设，因此当序列分歧度较低时使用MP法即可获得更可靠的系统树。