c_cpp 从fermi2指数获得k-mer计数
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/* To compile this program, you need rld0.{h,c} from ropebwt2 or fermi2:
*
* gcc -g -O2 -Wall -o occ1 rld0.c occ1.c
*/
#include <string.h>
#include <stdint.h>
#include <stdio.h>
#include "rld0.h"
static unsigned char seq_nt6_table[128] = { // lookup table
0, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5,
5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5,
5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5,
5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5,
5, 1, 5, 2, 5, 5, 5, 3, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5,
5, 5, 5, 5, 4, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5,
5, 1, 5, 2, 5, 5, 5, 3, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5,
5, 5, 5, 5, 4, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5
};
int main(int argc, char *argv[])
{
int i, j;
rld_t *e;
if (argc < 3) {
fprintf(stderr, "Usage: occ1 <index.fmd> <string1> [string2 [...]]\n");
return 1;
}
e = rld_restore_mmap(argv[1]);
for (i = 2; i < argc; ++i) {
char *s = argv[i];
uint64_t k = 0, l = e->mcnt[0]; // e->mcnt[0]: the total number of symbols
for (j = strlen(s) - 1; j >= 0; --j) {
int c = s[j] >= 0 && s[j] <= 127? seq_nt6_table[(int)s[j]] : 5; // nt6 base encoding
k = e->cnt[c] + rld_rank11(e, k, c); // using rld_rank21() will be faster
l = e->cnt[c] + rld_rank11(e, l, c);
if (k == l) break; // no occurrences
}
printf("%lld\t%s\n", (long long)(l - k), s);
}
rld_destroy(e);
return 0;
}
以上是关于c_cpp 从fermi2指数获得k-mer计数的主要内容,如果未能解决你的问题,请参考以下文章
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