python Костыльдляпереименованияатомоввpdbсежамивсоответствииснумерациейдимеров。

Posted 2021-05-10

import sys, re

m=re.compile('^HETATM .... XX   LIG    (..)')
r=[]
r1=1
with open(sys.argv[1]) as f:
  for l in f:
    z=m.search(l)
    if z:
      resid=int(z.group(1))
      if not resid in r:
          name='XX%i ' %len(r)
          r.append(resid)
      else:
          name='X%03i' %r1
          r1+=1
      l=l[:12]+name+l[16:]
    sys.stdout.write(l)