sh Run_Picard_LiftOver_VCF.sh

Posted 2021-05-07

tags:

篇首语：本文由小常识网(cha138.com)小编为大家整理，主要介绍了sh Run_Picard_LiftOver_VCF.sh相关的知识，希望对你有一定的参考价值。

#Load Java
module load java  #requires 1.8

#Install Latest Version of Picard
git clone git@github.com:broadinstitute/picard.git

#Add 'chr' to VCF file if necessary
#awk '{if($0 !~ /^#/) print "chr"$0; else print $0}' all-panctx-merged.vcf > all-panctx-merged_chr.vcf

cd ~/project-geschwind/ASD_pancortical_RNAseq/processed_data/genotyping/mergedvcf/

PICARD=/u/home/g/gandalm/project-geschwind/bin/picard/build/libs/picard.jar
java -Xmx6000m -jar /u/local/apps/picard-tools/2.9.0/picard.jar LiftoverVcf \
  I=all-panctx-merged_chr.vcf \
  O=all-panctx-merged_hg38liftOver.vcf \
  C=/u/project/geschwind/gandalm/RefGenome/Homo_sapiens/hg38/liftOver/hg19ToHg38.over.chain2 \
  REJECT=rejected.vcf \
  R=/u/home/g/gandalm/project-geschwind/RefGenome/Homo_sapiens/hg38/Fasta/Homo_sapiens/UCSC/hg38/Sequence/WholeGenomeFasta/genome.fa

以上是关于sh Run_Picard_LiftOver_VCF.sh的主要内容，如果未能解决你的问题，请参考以下文章

sh sh_template.sh

sh sh.sh

Linux下面如何运行 SH文件

配置告警系统主脚本main.sh mon.sh load.sh 502.sh disk.sh

shell 脚本各种执行方式（source ./*.sh, . ./*.sh, ./*.sh）的区别

linux下sh文件的运行