sh MMseqs2更新unknowndb

Posted 2021-05-07

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篇首语：本文由小常识网(cha138.com)小编为大家整理，主要介绍了sh MMseqs2更新unknowndb相关的知识，希望对你有一定的参考价值。

mmseqs concatdbs /PROCESSING/OSD/UNKNOWNS/MMSEQ_MPI/unkdb_update_hmp/unkprot_db \
  /PROCESSING/OSD/UNKNOWNS/MMSEQ_MPI/unkdb_update_hmp/HMPSOAP_db \
  /PROCESSING/OSD/UNKNOWNS/MMSEQ_MPI/unkdb_update_hmp/unkprot_db.withNewSequences

mmseqs concatdbs /PROCESSING/OSD/UNKNOWNS/MMSEQ_MPI/unkdb_update_hmp/unkprot_db_h \
  /PROCESSING/OSD/UNKNOWNS/MMSEQ_MPI/unkdb_update_hmp/HMPSOAP_db_h \
  /PROCESSING/OSD/UNKNOWNS/MMSEQ_MPI/unkdb_update_hmp/unkprot_db.withNewSequences_h

mawk '{print NR"\t"$1}' unkprot_db.withNewSequences_h | sed 's/\x0//g' > unkprot_db.withNewSequences.lookup

mmseqs clusterupdate /PROCESSING/OSD/UNKNOWNS/MMSEQ_MPI/unkdb_update_hmp/unkprot_db \
  /PROCESSING/OSD/UNKNOWNS/MMSEQ_MPI/unkdb_update_hmp/unkprot_db.withNewSequences \
  /PROCESSING/OSD/UNKNOWNS/MMSEQ_MPI/unkdb_update_hmp/unkclust30_2016_11 \
  /PROCESSING/OSD/UNKNOWNS/MMSEQ_MPI/unkdb_update_hmp/newMappedSequenceDB \
  /PROCESSING/OSD/UNKNOWNS/MMSEQ_MPI/unkdb_update_hmp/test_default \
  /PROCESSING/OSD/UNKNOWNS/MMSEQ_MPI/unkdb_update_hmp/tmp --threads 128

以上是关于sh MMseqs2更新unknowndb的主要内容，如果未能解决你的问题，请参考以下文章

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