sh extract_sequences

Posted

tags:

篇首语：本文由小常识网(cha138.com)小编为大家整理，主要介绍了sh extract_sequences相关的知识，希望对你有一定的参考价值。

# Need to download seqkit
# fx2tab converst a fasta to tabular format
seqkit fx2tab allORFs.fasta | sort -k1,1 --parallel 32 -S20% > allORFs.sorted.tsv

# grep list of headers against tabular fasta then convert back to standard fasta
LC_ALL=C grep -w -F -f <(sort -k1,1 toextract.txt)  allORFs.sorted.tsv | seqkit tab2fx  > toextract.fasta

以上是关于sh extract_sequences的主要内容，如果未能解决你的问题，请参考以下文章

如何使我的命令行在具有扩展名（.sh）和名称如“weird.sh.sh.sh”的文件上工作

sh sh_template.sh

sh sh.sh

Linux下面如何运行 SH文件

配置告警系统主脚本main.sh mon.sh load.sh 502.sh disk.sh

shell 脚本各种执行方式（source ./*.sh, . ./*.sh, ./*.sh）的区别