如何定义自定义聚合函数来对一列向量求和？

Posted 2023-02-16

【中文标题】如何定义自定义聚合函数来对一列向量求和？

【英文标题】：How to define a custom aggregation function to sum a column of Vectors?

【发布时间】：2016-02-27 06:24:51

【问题描述】：

我有一个包含两列的 DataFrame，Int 类型的 ID 和 Vector (org.apache.spark.mllib.linalg.Vector) 类型的 Vec。

DataFrame 如下所示：

ID,Vec
1,[0,0,5]
1,[4,0,1]
1,[1,2,1]
2,[7,5,0]
2,[3,3,4]
3,[0,8,1]
3,[0,0,1]
3,[7,7,7]
....

我想做一个groupBy($"ID") 然后通过对向量求和来对每个组内的行应用聚合。

上述示例的期望输出是：

ID,SumOfVectors
1,[5,2,7]
2,[10,8,4]
3,[7,15,9]
...

可用的聚合函数将不起作用，例如df.groupBy($"ID").agg(sum($"Vec") 将导致 ClassCastException。

如何实现自定义聚合函数，允许我对向量或数组进行求和或任何其他自定义操作？

【问题讨论】：

How can I define and use a User-Defined Aggregate Function in Spark SQL?的可能重复

如果有人试图在 pyspark 中做类似的事情，语法在这里：***.com/questions/54354915/…

【参考方案1】：

火花 >= 3.0

您可以将Summarizer 与sum 一起使用

import org.apache.spark.ml.stat.Summarizer

df
  .groupBy($"id")
  .agg(Summarizer.sum($"vec").alias("vec"))

火花

就我个人而言，我不会为 UDAF 烦恼。不仅仅是冗长而且不是很快（Spark UDAF with ArrayType as bufferSchema performance issues）相反，我会简单地使用reduceByKey / foldByKey：

import org.apache.spark.sql.Row
import breeze.linalg.DenseVector => BDV
import org.apache.spark.ml.linalg.Vector, Vectors

def dv(values: Double*): Vector = Vectors.dense(values.toArray)

val df = spark.createDataFrame(Seq(
    (1, dv(0,0,5)), (1, dv(4,0,1)), (1, dv(1,2,1)),
    (2, dv(7,5,0)), (2, dv(3,3,4)), 
    (3, dv(0,8,1)), (3, dv(0,0,1)), (3, dv(7,7,7)))
  ).toDF("id", "vec")

val aggregated = df
  .rdd
  .map case Row(k: Int, v: Vector) => (k, BDV(v.toDense.values)) 
  .foldByKey(BDV.zeros[Double](3))(_ += _)
  .mapValues(v => Vectors.dense(v.toArray))
  .toDF("id", "vec")

aggregated.show

// +---+--------------+
// | id|           vec|
// +---+--------------+
// |  1| [5.0,2.0,7.0]|
// |  2|[10.0,8.0,4.0]|
// |  3|[7.0,15.0,9.0]|
// +---+--------------+

只是为了比较一个“简单的”UDAF。所需的进口：

import org.apache.spark.sql.expressions.MutableAggregationBuffer,
  UserDefinedAggregateFunction
import org.apache.spark.ml.linalg.Vector, Vectors, SQLDataTypes
import org.apache.spark.sql.types.StructType, ArrayType, DoubleType
import org.apache.spark.sql.Row
import scala.collection.mutable.WrappedArray

类定义：

class VectorSum (n: Int) extends UserDefinedAggregateFunction 
    def inputSchema = new StructType().add("v", SQLDataTypes.VectorType)
    def bufferSchema = new StructType().add("buff", ArrayType(DoubleType))
    def dataType = SQLDataTypes.VectorType
    def deterministic = true 

    def initialize(buffer: MutableAggregationBuffer) = 
      buffer.update(0, Array.fill(n)(0.0))
    

    def update(buffer: MutableAggregationBuffer, input: Row) = 
      if (!input.isNullAt(0)) 
        val buff = buffer.getAs[WrappedArray[Double]](0) 
        val v = input.getAs[Vector](0).toSparse
        for (i <- v.indices) 
          buff(i) += v(i)
        
        buffer.update(0, buff)
      
    

    def merge(buffer1: MutableAggregationBuffer, buffer2: Row) = 
      val buff1 = buffer1.getAs[WrappedArray[Double]](0) 
      val buff2 = buffer2.getAs[WrappedArray[Double]](0) 
      for ((x, i) <- buff2.zipWithIndex) 
        buff1(i) += x
      
      buffer1.update(0, buff1)
    

    def evaluate(buffer: Row) =  Vectors.dense(
      buffer.getAs[Seq[Double]](0).toArray)
 

还有一个用法示例：

df.groupBy($"id").agg(new VectorSum(3)($"vec") alias "vec").show

// +---+--------------+
// | id|           vec|
// +---+--------------+
// |  1| [5.0,2.0,7.0]|
// |  2|[10.0,8.0,4.0]|
// |  3|[7.0,15.0,9.0]|
// +---+--------------+

另请参阅：How to find mean of grouped Vector columns in Spark SQL?。

【讨论】：

我知道诀窍是使用breeze.linalg.DensVector，为什么它可以工作而mllib.linalg 的密集向量没有？

问题是mllib.linalg.Vector的Scala版本没有+方法。

@oluies 除了 UDAF？您可以解构内部数组，单独聚合，然后重新创建。但是，如果您询问开箱即用的清洁解决方案，我不知道。

@zero323 我现在在 Sark 2.0 上尝试这个，我将向量传递给规范化器但没有成功：org.apache.spark.mllib.linalg.DenseVector 无法转换为 org. apache.spark.ml.linalg.Vector 是否有关于 spark 2.0 的更新？

@Rami 你需要o.a.s.ml.linalg 导入。

【参考方案2】：

我建议以下（适用于 Spark 2.0.2 及更高版本），它可能已优化但非常好，您必须提前知道的一件事是创建 UDAF 实例时的矢量大小

import org.apache.spark.ml.linalg._
import org.apache.spark.mllib.linalg.WeightedSparseVector
import org.apache.spark.sql.expressions.MutableAggregationBuffer, UserDefinedAggregateFunction
import org.apache.spark.sql.types._

class VectorAggregate(val numFeatures: Int)
   extends UserDefinedAggregateFunction 

private type B = Map[Int, Double]

def inputSchema: StructType = StructType(StructField("vec", new VectorUDT()) :: Nil)

def bufferSchema: StructType =
StructType(StructField("agg", MapType(IntegerType, DoubleType)) :: Nil)

def initialize(buffer: MutableAggregationBuffer): Unit =
buffer.update(0, Map.empty[Int, Double])

def update(buffer: MutableAggregationBuffer, input: Row): Unit = 
    val zero = buffer.getAs[B](0)
    input match 
        case Row(DenseVector(values)) => buffer.update(0, values.zipWithIndex.foldLeft(zero)case (acc,(v,i)) => acc.updated(i, v + acc.getOrElse(i,0d)))
        case Row(SparseVector(_, indices, values)) => buffer.update(0, values.zip(indices).foldLeft(zero)case (acc,(v,i)) => acc.updated(i, v + acc.getOrElse(i,0d))) 
def merge(buffer1: MutableAggregationBuffer, buffer2: Row): Unit = 
val zero = buffer1.getAs[B](0)
buffer1.update(0, buffer2.getAs[B](0).foldLeft(zero)case (acc,(i,v)) => acc.updated(i, v + acc.getOrElse(i,0d)))

def deterministic: Boolean = true

def evaluate(buffer: Row): Any = 
    val Row(agg: B) = buffer
    val indices = agg.keys.toArray.sorted
    Vectors.sparse(numFeatures,indices,indices.map(agg)).compressed


def dataType: DataType = new VectorUDT()

【参考方案3】：

使用 pyspark 3.0.0，这是我的版本，您可以使用 Summarizer 轻松完成。您的 col 需要是 DenseVector

的类型

from pyspark.ml.stat import Summarizer
sdf.groupBy("ID").agg(Summarizer.mean(sdf.Vec)).show()

注意：pyspark中没有avg函数，但是可以使用mean方法