如何使用 R studio 为每个基因设置不同的颜色并在 ChromoMap 中添加图例？

Posted 2023-02-16

【中文标题】如何使用 R studio 为每个基因设置不同的颜色并在 ChromoMap 中添加图例？

【英文标题】：How to set different color every gene and add legend in ChromoMap using R studio?

【发布时间】：2021-11-24 03:13:40

【问题描述】：

我已经使用chromoMap 绘制了我的数据以使基因在染色体中的位置。 这里

chr file

chr anot file

这些是我的脚本

library(chromoMap)
col.set = c("purple", "#4CBB17","#0096FF", "blue", "brown")
chr.data <- read.csv("chr_file.csv", header=T)
anno.data <- read.csv("chr_anot.csv", header = T)
chromoMap(list(chr.data),list(anno.data), labels = T, data_based_color_map = T,
          data_color = list(c(col.set)))

我得到了这样的结果 output file

我想为每个基因设置不同的颜色并添加图例。

知道我该怎么做吗？请帮我。 谢谢

【参考方案1】：

为了用独特的颜色为每个基因着色，您只需在注释数据中添加第 5 个数据列anno.data 让您说出基因的名称，例如：

anno.data <- cbind.data.frame(anno.data,Symbol=anno.data$element)

然后你的每个基因都会有独特的颜色。此外，对于图例，您只需将 legend 参数设置为 true。

这里是带有一些附加配置选项的代码：

chromoMap(list(chr.data),list(anno.data), 
          # labelling arguments 
          labels = T, 
          label_font = 12,
          label_angle = -55,
          # group annotation arguments
          data_based_color_map = T,
          data_type = "categorical",
          data_colors = list(c(col.set)),
          # for the  legend
          legend = T,
          #adjusting the legend along y-axis
          lg_y = 250,
          #increasing canvas width for legend
          canvas_width = 600,
          #playing with plot properties
          text_font_size = 12,
          chr_color = c("#d3d3d3"))

感谢和问候，

Lakshay（chromoMap 开发者）