如何在 R 中为多个热图设置动画

Posted 2023-02-16

【中文标题】如何在 R 中为多个热图设置动画

【英文标题】：How to animate several heatmaps in R

【发布时间】：2021-09-29 16:10:39

【问题描述】：

我有 30 个方阵形式的热图。每个热图都链接到一个日期，我想创建一个动画，根据日期从一个热图过渡到下一个。为此，我在R 中使用gganimate，但遇到了一些问题。让我用一些随机数据展示一个例子

# GENERATE RANDOM DATA. 30 3X3 MATRICES STORED IN list_matrices
pacman::p_load(tidyverse, ggplot2, av, gganimate)

list_matrices = list()
for(i in 1:30)list_matrices[[i]] = matrix(runif(9), nrow=3)

# PUT ALL THE MATRICES TOGETHER INTO A TIBBLE AND 
# DO A PIVOT LONGER IN ORDER TO USE GGPLOT

for(i in 1:length(list_matrices))

  tmp_result = list_matrices[[i]] %>%  as_tibble() %>% 
    mutate(rowname = c('a', 'b', 'c'),
           frame = i) %>%
    pivot_longer(-c(rowname, frame), names_to = 'colname')
  if(i == 1)
  
    df_result = tmp_result
   else
    df_result = rbind(df_result, tmp_result)
  

这是我将绘制的数据框：

> df_result
# A tibble: 270 x 4
rowname frame colname  value
<chr>   <int> <chr>    <dbl>
1 a         1  V1      0.456 
2 a         1  V2      0.716 
3 a         1  V3      0.316 
4 b         1  V1      0.724 
5 b         1  V2      0.766

我创建了情节：

p <- ggplot(data = df_result, aes(x = rowname, y = colname, fill = value)) + 
  geom_tile() + 
  geom_text(aes(label = round(value, 3))) +
  scale_fill_gradient(low="white", high="red", limits=c(0, 1))

p + transition_time(frame) +
  labs(title = "Date: frame_time")

我在这里遇到三个问题

我将其输出到视频中，但无论 list_matrices 中的矩阵数量（即，无论我拥有多少热图），视频总是持续 10 秒，因此过渡太快了。有没有办法增加视频时长？

视频质量很差。有没有办法提高质量？

我将变量的值包含在热图中，并且我已将geom_text(aes(label = round(value, 3))) 设置为四舍五入，但视频中的某些热图显示的小数位数超过 3。知道为什么会发生这种情况以及如何解决吗？

【参考方案1】：

你的三个问题可以这样解决

将 fps 更改为 1 以减慢速度（进一步修改以减慢速度）。

另存为png 以获得更好的视频质量

在标签中使用as.character() 结束您的回合。

p <- ggplot(data = df_result, aes(x = rowname, y = colname, fill = value)) + geom_tile() + geom_text(aes(label = as.character(round(value,3)))) + scale_fill_gradient(low="white", high="red", limits=c(0, 1))

pp <- p + transition_time(frame) + labs(title = "Date: frame_time")

animate(pp, fps=1, dev="png")