将绘图对象存储在列表中

Posted 2023-02-16

【中文标题】将绘图对象存储在列表中

【英文标题】：Storing plot objects in a list

【发布时间】：2010-12-21 16:36:57

【问题描述】：

我昨天向this 询问了有关在对象中存储绘图的问题。我尝试实施第一种方法（意识到我没有在原始问题中指定我使用的是qplot()）并注意到它没有按预期工作。

library(ggplot2)               # add ggplot2

string = "C:/example.pdf"      # Setup pdf
pdf(string,height=6,width=9)

x_range <- range(1,50)         # Specify Range

# Create a list to hold the plot objects.
pltList <- list()
pltList[]

for(i in 1 : 16)

# Organise data 
y = (1:50) * i * 1000                       # Get y col
x = (1:50)                                  # get x col
y = log(y)                                  # Use natural log

# Regression
lm.0 = lm(formula = y ~ x)                  # make linear model
inter = summary(lm.0)$coefficients[1,1]     # Get intercept
slop = summary(lm.0)$coefficients[2,1]      # Get slope

# Make plot name
pltName <- paste( 'a', i, sep = '' )

# make plot object    
p <- qplot(
    x, y,   
    xlab = "Radius [km]", 
    ylab = "Services [log]",
    xlim = x_range,
    main = paste("Sample",i)
) + geom_abline(intercept = inter, slope = slop, colour = "red", size = 1)        

print(p)     

pltList[[pltName]] = p       


# close the PDF file
dev.off() 

在这种情况下，我使用了示例编号，因此如果只是复制代码，它就会运行。我确实花了几个小时对此感到困惑，但我无法弄清楚出了什么问题。它可以毫无问题地写入第一组 pdf，因此我有 16 个带有正确绘图的 pdf。

那么当我使用这段代码时：

string = "C:/test_tabloid.pdf"
pdf(string, height = 11, width = 17)

grid.newpage()
pushViewport( viewport( layout = grid.layout(3, 3) ) )

vplayout <- function(x, y)viewport(layout.pos.row = x, layout.pos.col = y)

counter = 1

# Page 1
for (i in 1:3)    
    for (j in 1:3)     
         pltName <- paste( 'a', counter, sep = '' )   
         print( pltList[[pltName]], vp = vplayout(i,j) )
         counter = counter + 1
     
 

 dev.off()

我得到的结果是每个图表上的最后一个线性模型线 (abline)，但数据没有改变。当我检查我的情节列表时，似乎所有情节都被最近的情节所覆盖（abline 对象除外）。

一个不太重要的次要问题是如何生成一个多页 pdf，每页上都有多个绘图，但我的代码的主要目标是将绘图存储在一个列表中，以便以后访问。

【参考方案1】：

好的，如果你的绘图命令改为

p <- qplot(data = data.frame(x = x, y = y),
           x, y,   
           xlab = "Radius [km]", 
           ylab = "Services [log]",
           xlim = x_range,
           ylim = c(0,10),
           main = paste("Sample",i)
           ) + geom_abline(intercept = inter, slope = slop, colour = "red", size = 1)           

然后一切都按预期工作。这就是我怀疑正在发生的事情（尽管哈德利可能会澄清一些事情）。当 ggplot2 “保存”数据时，它实际上所做的是保存数据框和参数名称。所以对于我给出的命令，你会得到 ​​p>

> summary(pltList[["a1"]])
data: x, y [50x2]
mapping:  x = x, y = y
scales:   x, y 
faceting: facet_grid(. ~ ., FALSE)
-----------------------------------
geom_point:  
stat_identity:  
position_identity: (width = NULL, height = NULL)

mapping: group = 1 
geom_abline: colour = red, size = 1 
stat_abline: intercept = 2.55595281266726, slope = 0.05543539319091 
position_identity: (width = NULL, height = NULL)

但是，如果您未在 qplot 中指定 data 参数，则所有变量都会在当前范围内进行评估，因为没有附加（读取：已保存）数据框。

data: [0x0]
mapping:  x = x, y = y
scales:   x, y 
faceting: facet_grid(. ~ ., FALSE)
-----------------------------------
geom_point:  
stat_identity:  
position_identity: (width = NULL, height = NULL)

mapping: group = 1 
geom_abline: colour = red, size = 1 
stat_abline: intercept = 2.55595281266726, slope = 0.05543539319091 
position_identity: (width = NULL, height = NULL)

因此，当第二次生成绘图时，它不使用原始值，而是使用x 和y 的当前 值。

【讨论】：

感谢 RCS 和 Jonathan，这解决了问题。我不知道 data 参数以及如何使用它来存储数据。我现在正在检查这本书的那个部分。

【参考方案2】：

我认为您应该在qplot 中使用data 参数，即将您的向量存储在数据框中。

参见 Hadley 的书，第 4.4 节：

对数据的限制很简单：必须是数据框。这是限制性的，与 R 中的其他图形包不同。Lattice 函数可以采用可选的数据框或直接从全局环境中使用向量。 ...

数据作为副本存储在绘图对象中，而不是参考。这有两个 重要后果：如果您的数据发生变化，情节将不会发生变化；和 ggplot2 对象是完全独立的，因此可以将它们保存（）到磁盘，然后加载（）并绘制，而不需要该会话中的任何其他内容。

【讨论】：

我遇到了类似 OP 的问题。我正在使用data.tables，并在我的循环中添加setDF(data) 解决了我的特殊情况。 （有趣的是，copy(data) 不起作用。）您对 ggplot 如何与数据交互的引用让我找到了解决方案。

【参考方案3】：

您的代码中有一个关于列表下标的错误。应该是

pltList[[pltName]]

不是

pltList[pltName]

注意：

class(pltList[1])
[1] "list"

pltList[1] 是一个 list，其中包含 pltList 的第一个元素。

class(pltList[[1]])
[1] "ggplot"

pltList[[1]]是pltList的第一个元素。

【讨论】：

抱歉 - 我的粘贴内容有误。我没有完全理解语法之间的区别，并且一直在编辑它以查看区别。但是，如上所述，我的错误仍然存​​在。

【参考方案4】：

关于您的第二个问题：多页 pdf 很容易——请参阅 help(pdf)：

 onefile: logical: if true (the default) allow multiple figures in one
          file.  If false, generate a file with name containing the
          page number for each page.  Defaults to ‘TRUE’.

对于您的主要问题，我不明白您是要将 plot 输入 存储在列表中以供以后处理，还是 plot 输出。如果是后者，我不确定plot() 返回一个可以存储和检索的对象。

【讨论】：

我希望存储绘图输出。如果我存储绘图输入，是否包括该特定时间的 x 和 y 值？

当然。只需将所有函数参数等存储在列表中。这是非常标准的。但是您存储 plot output 的假设不是。绘图结果与设备相关，并且很可能与操作系统相关。只需写入一个文件，可能是位图，然后显示它。或者编写 GUI 风格的应用程序。或者只是打开多个绘图窗口。

但是，ggplot 很可能会将对象返回给您。在这种情况下，爱德华多的答案就是你的关键。

ggplot 图形确实是通过创建一个规范来构建的，该规范是使用 print.ggplot() 方法转换为图形的。因此，您可以（方便地！）创建一个 ggplot 对象而不打印它，然后使用 ggsave() 直接将其保存到 PDF。或者使用 save() 来保存数据结构。

【参考方案5】：

关于您的第二个问题的另一个建议是使用 Sweave 或 Brew，因为它们可以让您完全控制如何显示多页 pdf。

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