在 Rmarkdown 中动态创建选项卡不适用于 ggplot，而它适用于 plotly
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【中文标题】在 Rmarkdown 中动态创建选项卡不适用于 ggplot，而它适用于 plotly【英文标题】：Dynamic creation of tabs in Rmarkdown does not work for ggplot while it does for plotly 【发布时间】：2021-11-20 00:28:30 【问题描述】：我一直愿意在rmarkdown 中动态创建tab 内容。
我创建了一个in_tabs，它似乎适用于除ggplot 情节之外的所有内容。
它的工作方式是创建在选项卡中显示嵌套列表所必需的Rmd 代码。
以下可重现的示例显示了该问题：
---
title: "test"
output: html_document
---
```r setup, include = FALSE
library(ggplot2)
library(plotly)
l1 <- list(p1 = data.frame(x=1:10, y=1:10))
l2 <- list(p2 = data.frame(x=100:110, y=100:110))
gplot <- function(data)
p <- ggplot(data) + aes(x=x, y=y) + geom_point() + geom_line()
return(p)
gplotly <- function(data)
p <- ggplot(data) + aes(x=x, y=y) + geom_point() + geom_line()
return(ggplotly(p))
```
```r, code, include = FALSE
in_tabs <- function(l, labels = names(l), level, knit = TRUE, close_tabset = FALSE)
if(is.null(labels))
stop("labels are NULL, it is required not to be so that the tabs have proper names")
names(l) <- labels
rmd_code <- lapply(seq_along(l), FUN = function(i) obj_to_rmd(l[[i]], name = names(l)[i], level = level + 1L))
if(isTRUE(getOption("knitr.in.progress")))
res <- knitr::knit(text = unlist(rmd_code), quiet = TRUE)
cat(res)
else
if(!knit)
cat(unlist(rmd_code))
else
return(l)
if(close_tabset)
cat(paste(get_section(level), ".unlisted .unnumbered .toc-ignore .tabset", "\n"))
get_section <- function(level)
paste(rep("#", times = level), collapse = "")
get_tabset <- function(obj)
ifelse(inherits(obj, "list"), ".tabset", "")
obj_to_rmd <- function(obj, parent_name = "l", name, level)
section_code <- sprintf("%s %s %s\n", get_section(level), name, get_tabset(obj))
if(!inherits(obj, "list"))
rmd_code <- c("```r, echo = FALSE\n",
sprintf("%s$`%s`\n", parent_name, name),
"```\n",
"\n")
else
rmd_code <- c("\n",
lapply(X = seq_along(obj),
FUN = function(i) obj_to_rmd(obj[[i]], sprintf("%s$`%s`", parent_name, name), names(obj)[i], level + 1L)))
return(c(section_code, rmd_code))
```
# plot 1 .tabset
```r, plot-01, results = "asis"
in_tabs(lapply(l1, FUN = gplot), labels = names(l1), level = 1L)
```
# plot 2 .tabset
```r, plot-02, results = "asis"
in_tabs(lapply(l2, FUN = gplot), labels = names(l2), level = 1L)
```
# plot 3 .tabset
```r, plot-03, results = "asis"
in_tabs(lapply(l1, FUN = gplotly), labels = names(l1), level = 1L)
```
# plot 4 .tabset
```r, plot-04, results = "asis"
in_tabs(lapply(l2, FUN = gplotly), labels = names(l2), level = 1L)
```
我得到的输出是：
您可以看到第一个图实际上与第二个图相同的问题，但它不应该！！！
当使用plotly（或我测试过的任何其他东西）时，它会按图 3 和图 4 所示的预期工作
你能帮我解决它吗，我很高兴测试obj_to_rmd接收的对象的类。
PS：rmd 代码in_tabs 生成可以通过运行in_tabs(..., knit = FALSE) 看到。比如
in_tabs(lapply(l1, FUN = gplot), labels = names(l1), level = 1L, knit = FALSE)
## p1
```r, echo = FALSE
plot(l$`p1`)
```
【问题讨论】：
【参考方案1】：正如 stefan 所提到的，问题出在 ggplot 的 id 上，因为它们在某种程度上具有相同的代码块，即使您以不同的方式命名这些块。我不知道这种行为的原因，但您可以通过设置绕过它
```r, include=FALSE
options(knitr.duplicate.label = "allow")
```
在文档的开头。这应该够了吧。它将为您的每个地块提供不同的块名称。您可以通过从 ggplots 中删除 results = "asis" 来验证这一点，以查看它们不再具有相同的 id。
## ## p1
##
## <img src="test_files/figure-html/unnamed-chunk-2-1.png" />
## ## p2
##
## <img src="test_files/figure-html/unnamed-chunk-1-2-1.png" />
您可以在bookdown.org阅读更多关于允许重复块的信息
【讨论】：
非常感谢，我在“创建”的块上添加了一个随机字符串【参考方案2】：我不能 100% 确定所有细节，因此您必须记住，答案可能涉及一些猜测。
在编织文档knitr 时运行ggplot2 代码并将生成的绘图保存为png，其中文件名是块的名称。
据我检查knitr 生成的md 文件（通过将keep_md: true 添加到YAML），您的代码的问题是，“所有”图都保存在相同的文件名下@ 987654329@，即你的两个ggplot块在最终的md中看起来像这样：
<!-- -->
这也可以通过查看仅包含一个 png 的 figure-html 文件夹来查看。
换一种说法，您的代码基本上可以正常工作，但是您会永久覆盖pngs，因此您最终会得到一个仅显示最后保存的绘图的文档。这也是您的代码适用于 ggplotly 的原因，因为在这种情况下，呈现图表所需的 HTML/JS 代码直接添加到 md 文件中。
在正常情况下knitr 确保所有绘图都保存在唯一的文件名下。我只能猜测为什么在你的情况下这会失败。我的猜测是，问题在于您在调用knitr::knit(text = unlist(rmd_code), quiet = TRUE) 时分别编织每个块，即每个未命名的块都具有相同的名称，并且每个 ggplot 都相应地保存在相同的文件名下。
话虽如此，为了达到您想要的结果，您可以为每个动态代码块添加一个唯一的名称，以便每个绘图都保存在一个唯一的文件名下。
作为一个快速的解决方案，我在in_tabs 和obj_to_rmd 函数中添加了一个id 参数。在in_tabs 的情况下，id 是主文档中块的简单标识符，而在obj_to_rmd 的情况下，我还通过id = paste(id, i, sep = "-") 添加列表元素的标识符：
---
title: "test"
output:
html_document:
keep_md: true
---
```r setup, include = FALSE
library(ggplot2)
library(plotly)
d1 <- data.frame(x = 1:10, y = 1:10)
d2 <- data.frame(x = 100:110, y = 100:110)
l1 <- list(p1 = d1)
l2 <- list(p1 = d2, p2 = d1)
gplot <- function(data)
ggplot(data) +
aes(x = x, y = y) +
geom_point() +
geom_line()
```
```r, code, include = FALSE
in_tabs <- function(l, labels = names(l), level, knit = TRUE, close_tabset = FALSE, id)
if (is.null(labels))
stop("labels are NULL, it is required not to be so that the tabs have proper names")
names(l) <- labels
rmd_code <- lapply(seq_along(l), FUN = function(i) obj_to_rmd(l[[i]], name = names(l)[i], level = level + 1L, id = paste(id, i, sep = "-")))
if (isTRUE(getOption("knitr.in.progress")))
res <- knitr::knit(text = unlist(rmd_code), quiet = TRUE)
cat(res)
else
if (!knit)
cat(unlist(rmd_code))
else
return(l)
if (close_tabset)
cat(paste(get_section(level), ".unlisted .unnumbered .toc-ignore .tabset", "\n"))
get_section <- function(level)
paste(rep("#", times = level), collapse = "")
get_tabset <- function(obj)
if (inherits(obj, "list")) ".tabset" else ""
obj_to_rmd <- function(obj, parent_name = "l", name, level, id)
section_code <- sprintf("%s %s %s\n", get_section(level), name, get_tabset(obj))
if (!inherits(obj, "list"))
rmd_code <- c(
sprintf("```r plot-%s, echo = FALSE\n", id),
sprintf("%s$`%s`\n", parent_name, name),
"```\n",
"\n"
)
else
rmd_code <- c(
"\n",
lapply(
X = seq_along(obj),
FUN = function(i) obj_to_rmd(obj[[i]], sprintf("%s$`%s`", parent_name, name), names(obj)[i], level + 1L)
)
)
return(c(section_code, rmd_code))
```
# plot 1 .tabset
```r, plot-01, results = "asis"
p1 <- lapply(l1, FUN = gplot)
in_tabs(p1, labels = names(l1), level = 1L, id = 1)
```
# plot 2 .tabset
```r, plot-02, results = "asis"
p2 <- lapply(l2, FUN = gplot)
in_tabs(p2, labels = names(l2), level = 1L, id = 2)
```
【讨论】：
原来如此，非常感谢以上是关于在 Rmarkdown 中动态创建选项卡不适用于 ggplot，而它适用于 plotly的主要内容，如果未能解决你的问题，请参考以下文章